+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3np6 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The crystal structure of Berberine bound to DNA d(CGTACG) | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DRUG-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / B-DNA | Function / homology | BERBERINE / DNA | ![]() Method | ![]() ![]() ![]() ![]() Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Gratteri, P. / Bilia, A.R. | ![]() ![]() Title: X-Ray diffraction analyses of the natural isoquinoline alkaloids Berberine and Sanguinarine complexed with double helix DNA d(CGTACG) Authors: Ferraroni, M. / Bazzicalupi, C. / Bilia, A.R. / Gratteri, P. History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 23.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 14.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 639.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 641.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 3.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 4.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3nx5C ![]() 1xcsS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: DNA chain | Mass: 1809.217 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: Synthetic DNA #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Chemical | ChemComp-BER / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.46 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 Details: MPD, MgCl2, NaCl, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SEALED TUBE / Type: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / Wavelength: 1.542 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: OXFORD ONYX CCD / Detector: CCD / Date: Jan 22, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→39.42 Å / Num. obs: 3159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 43.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 29.04 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1XCS Resolution: 2.3→39.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / WRfactor Rfree: 0.2752 / WRfactor Rwork: 0.2204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7005 / SU ML: 0.212 / SU R Cruickshank DPI: 0.0769 / SU Rfree: 0.0594 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.059 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 36.44 Å2 / Biso mean: 18.1113 Å2 / Biso min: 2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→39.42 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
|