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- PDB-6eyj: E-selectin lectin, EGF-like and two SCR domains complexed with gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eyj
タイトルE-selectin lectin, EGF-like and two SCR domains complexed with glycomimetic ligand NV354
要素E-selectin
キーワードCELL ADHESION / CELL-ADHESION MOLECULE / C-TYPE LECTIN / INFLAMMATION / LEUKOCYTE / GLYCOMIMETIC / CATCH-BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament-based process / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / oligosaccharide binding / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cortical cytoskeleton ...actin filament-based process / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / oligosaccharide binding / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cortical cytoskeleton / positive regulation of receptor internalization / phospholipase binding / response to tumor necrosis factor / clathrin-coated pit / response to interleukin-1 / response to cytokine / Cell surface interactions at the vascular wall / calcium-mediated signaling / caveola / transmembrane signaling receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of inflammatory response / response to lipopolysaccharide / inflammatory response / membrane raft / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / : / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Sushi repeat (SCR repeat) ...Selectin superfamily / Selectin, C-type lectin-like domain / : / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / Laminin / Laminin / C-type lectin-like/link domain superfamily / EGF-like domain / C-type lectin fold / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C5H / E-selectin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Zihlmann, P. / Preston, R.C. / Varga, N. / Ernst, B. / Maier, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: E-selectin lectin with different glycomimetic ligands
著者: Varga, N. / Zihlmann, P. / Preston, R.C. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Ernst, B.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E-selectin
B: E-selectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,05420
ポリマ－62,6122
非ポリマー4,44218
水4,540252
1
A: E-selectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,52710
ポリマ－31,3061
非ポリマー2,2219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E-selectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,52710
ポリマ－31,3061
非ポリマー2,2219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.580, 71.040, 92.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 E-selectin / CD62 antigen-like family member E / Endothelial leukocyte adhesion molecule 1 / ELAM-1 / Leukocyte- ...CD62 antigen-like family member E / Endothelial leukocyte adhesion molecule 1 / ELAM-1 / Leukocyte-endothelial cell adhesion molecule 2 / LECAM2


分子量: 31305.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SELE, ELAM1 / プラスミド: pCDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P16581
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-C5H / (2~{S})-3-cyclohexyl-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)-6-[(1~{R},2~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(trifluoromethyl)oxan-2-yl]oxycyclohexyl]oxy-oxan-4-yl]oxy-propanoic acid


分子量: 632.618 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H43F3O13
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1 M Mops pH 6.2, 11-14% PEG8000, after microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.22 Å / Num. obs: 33972 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3343 / CC1/2: 0.612 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C16

4c16


解像度: 2.2→56.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU R Cruickshank DPI: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.286 / SU Rfree Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.216
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1650 4.86 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 33972 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.4832 Å20 Å2-1.1862 Å2
2---3.9006 Å20 Å2
3----8.5826 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→56.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4358 0 284 244 4886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094792HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.126564HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2172SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes134HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes680HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4792HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion682SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5302SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 132 4.57 %
Rwork0.2663 2756 -
all0.2671 2888 -
obs--97.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1645-4.3259-2.13153.49161.10453.9414-0.2648-0.3476-0.2836-0.19840.07320.1802-0.2966-0.41810.1916-0.25930.0761-0.038-0.0897-0.0768-0.1406-14.2179-52.804279.819
23.734-1.36990.59752.04322.34727.44360.0726-0.33250.473-0.3386-0.16640.3194-1.0634-0.26810.0938-0.09070.1559-0.0460.037-0.09280.108-17.3631-42.255187.3866
37.7062-5.4244-0.15172.02390.36770.7059-0.0822-0.1297-0.22080.1755-0.0123-0.0917-0.0870.19280.0945-0.38960.04390.0017-0.10360.05270.401213.1857-66.344276.9954
410.4039-3.49753.377101.00270.4578-0.0509-0.1061-0.05950.02690.0560.28760.02670.3409-0.0051-0.4270.07120.0684-0.02070.23030.339837.5237-77.234978.4086
512.3672-0.08673.15538.41192.93913.85780.2356-0.3439-1.219-0.05990.3805-1.64010.3191-0.0139-0.6161-0.39810.06170.095-0.28420.18120.509672.3941-90.551177.0689
69.34812.8803-2.01863.2186-0.06663.08560.14250.04570.16070.2919-0.1662-0.3496-0.13040.02460.0237-0.2167-0.0383-0.0304-0.29770.1354-0.14075.27-51.250759.9256
74.03150.9011-1.18125.4054-0.66747.84670.38410.23870.83020.3484-0.17180.0308-1.3003-0.2117-0.2122-0.0374-0.02590.0797-0.26430.13270.04998.5288-40.040953.6483
812.97025.85711.1831.27910.27520.31030.0582-0.0347-0.6111-0.0710.08730.1074-0.0828-0.1798-0.1455-0.283-0.0588-0.0221-0.20580.04620.4721-22.1718-65.155460.7764
95.25741.24731.7700.04890.20840.0117-0.4772-0.5143-0.1403-0.2215-0.46420.007-0.19330.2098-0.2997-0.05840.0216-0.1823-0.02920.4508-46.5701-75.570157.8292
1010.57310.5225.49589.02050.15644.68860.05880.1694-1.09670.13370.18631.51640.2475-0.262-0.2451-0.1564-0.04270.0939-0.1971-0.01380.5098-81.518-89.011456.4812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|52 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|53 - A|115 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|116 - A|167 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|168 - A|218 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|219 - A|280 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|1 - B|52 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|53 - B|115 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|116 - B|167 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|168 - B|218 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|219 - B|280 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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