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万見
- PDB-6epa: Structure of dNCS-1 bound to the NCS-1/Ric8a protein/protein inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6epa
タイトルStructure of dNCS-1 bound to the NCS-1/Ric8a protein/protein interaction regulator IGS-1.76
要素FI18190p1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Calcium sensor / synapse regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / neuromuscular junction development / regulation of signal transduction / vesicle-mediated transport / synaptic vesicle / chemical synaptic transmission / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BNQ / Frequenin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Sanchez-Barrena, M.J. / Daniel, M. / Infantes, L.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2011-28184-C02-02 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-59796-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRYC-2008-03449 スペイン
European Commission - InstructR&D Pilot Project APPID 99 スペイン
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Deciphering the Inhibition of the Neuronal Calcium Sensor 1 and the Guanine Exchange Factor Ric8a with a Small Phenothiazine Molecule for the Rational Generation of Therapeutic Synapse Function Regulators.
著者: Roca, C. / Martinez-Gonzalez, L. / Daniel-Mozo, M. / Sastre, J. / Infantes, L. / Mansilla, A. / Chaves-Sanjuan, A. / Gonzalez-Rubio, J.M. / Gil, C. / Canada, F.J. / Martinez, A. / Sanchez- ...著者: Roca, C. / Martinez-Gonzalez, L. / Daniel-Mozo, M. / Sastre, J. / Infantes, L. / Mansilla, A. / Chaves-Sanjuan, A. / Gonzalez-Rubio, J.M. / Gil, C. / Canada, F.J. / Martinez, A. / Sanchez-Barrena, M.J. / Campillo, N.E.
履歴
登録2017年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FI18190p1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5447
ポリマ－21,9221
非ポリマー6226
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Trp Emission Fluorescence
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.843, 55.456, 61.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FI18190p1 / Frequenin 2 / isoform A / isoform B / isoform C / isoform D


分子量: 21922.443 Da / 分子数: 1
変異: As reported in a previous publication (Romero-Pozuelo et al., JCS 2014) Drosophila Frq2 suffers edition process and besides de curated sequence, the I178M mutant also exists naturally
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Frq2, Dmel\CG5907, Frq, frq, frq2, Frq2-RA, CG5907, Dmel_CG5907
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VWX8

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非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BNQ / ~{N}-(1,3-benzothiazol-2-yl)-3,3-diphenyl-propanamide


分子量: 358.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H18N2OS
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5 and 25% w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979256 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979256 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→41.112 Å / Num. obs: 116619 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1008 / CC1/2: 0.389 / Rpim(I) all: 0.825 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4by4

4by4


解像度: 1.82→41.112 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 25.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 1573 4.87 %
Rwork0.1886 --
obs0.1905 32275 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→41.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 36 165 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5542192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.696985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8201-1.87880.3291090.33932774X-RAY DIFFRACTION98
1.8788-1.9460.37711440.31012813X-RAY DIFFRACTION100
1.946-2.02390.30761500.28012773X-RAY DIFFRACTION100
2.0239-2.1160.30521730.24332789X-RAY DIFFRACTION100
2.116-2.22760.29271100.21942815X-RAY DIFFRACTION100
2.2276-2.36710.26671590.20342795X-RAY DIFFRACTION100
2.3671-2.54980.23271750.18542745X-RAY DIFFRACTION100
2.5498-2.80640.1871620.17062772X-RAY DIFFRACTION100
2.8064-3.21230.2521620.17562795X-RAY DIFFRACTION100
3.2123-4.04670.1991200.16222803X-RAY DIFFRACTION100
4.0467-41.12270.19251090.16812828X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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