[日本語] English
万見
- PDB-6c09: Ternary crystal structure of the 3C8 TCR-CD1c-monoacylglycerol complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c09
タイトルTernary crystal structure of the 3C8 TCR-CD1c-monoacylglycerol complex
要素
  • (3C8 T cell receptor ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1c
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell Receptor / Antigen Presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding ...glycolipid binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / T-cell surface glycoprotein CD1c / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Wun, K.S. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用
ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2018
タイトル: T cell autoreactivity directed toward CD1c itself rather than toward carried self lipids.
著者: Wun, K.S. / Reijneveld, J.F. / Cheng, T.Y. / Ladell, K. / Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Miners, K.L. / McLaren, J.E. / Grant, E.J. / Haigh, O.L. / Watkins, T.S. / Suliman, S. / Iwany, S. / ...著者: Wun, K.S. / Reijneveld, J.F. / Cheng, T.Y. / Ladell, K. / Uldrich, A.P. / Le Nours, J. / Miners, K.L. / McLaren, J.E. / Grant, E.J. / Haigh, O.L. / Watkins, T.S. / Suliman, S. / Iwany, S. / Jimenez, J. / Calderon, R. / Tamara, K.L. / Leon, S.R. / Murray, M.B. / Mayfield, J.A. / Altman, J.D. / Purcell, A.W. / Miles, J.J. / Godfrey, D.I. / Gras, S. / Price, D.A. / Van Rhijn, I. / Moody, D.B. / Rossjohn, J.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be added later
著者: Wun, K.S. / Rossjohn, J.
履歴
登録2017年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1c
B: Beta-2-microglobulin
C: 3C8 T cell receptor alpha-chain
D: 3C8 T cell receptor beta-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,71015
ポリマ－95,4644
非ポリマー1,24611
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, The assembly broadly follows that of previously established T cell receptor - MHC complex.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11830 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area36110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.170, 173.170, 82.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1c


分子量: 32283.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1C / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29017
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 12646.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

-
3C8 T cell receptor ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 3C8 T cell receptor alpha-chain


分子量: 22947.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#4: タンパク質 3C8 T cell receptor beta-chain


分子量: 27587.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

-
糖 , 1種, 1分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 23分子

#6: 化合物 ChemComp-EKG / (2R)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate / 1-O-パルミトイル-D-グリセロ-ル


分子量: 330.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H38O4
#7: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium thiocynate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→80 Å / Num. obs: 30233 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 99.46 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4343 / CC1/2: 0.15 / Rpim(I) all: 0.76 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OV6, 1BD2

3ov6

1bd2


解像度: 2.95→37.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.503 / SU Rfree Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.278
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1530 5.07 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 30198 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 92.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1962 Å20 Å20 Å2
2---5.1962 Å20 Å2
3---10.3924 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→37.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6125 0 79 13 6217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016403HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.188719HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2060SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes131HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes957HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6403HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion824SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6864SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.05 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2965 130 4.45 %
Rwork0.2406 2792 -
all0.243 2922 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8849-3.02932.40793.0614-1.78182.4864-0.16340.49680.3139-0.0205-0.0975-0.3704-0.11530.4920.2609-0.08550.1940.0074-0.1204-0.021-0.287396.9147-27.2621-21.9431
24.84140.09560.03933.36880.28496.9493-0.0338-0.0264-0.3199-0.06640.0501-0.3442-0.14860.6622-0.0163-0.00230.1962-0.0144-0.02830.0576-0.1279122.8123-45.1833-0.3454
34.2392-0.0733-0.61373.2147-0.04834.24170.14310.4234-1.0804-0.3496-0.04970.18960.8412-0.0348-0.0934-0.00770.2545-0.1265-0.1139-0.1553-0.0011107.909-51.5759-14.5674
43.1256-0.73881.69844.87250.31453.1170.1528-0.08110.0056-0.0746-0.11950.07040.11390.1517-0.03330.1110.0240.054-0.1198-0.0087-0.215575.6646-3.8155-23.7592
53.571-1.08-0.04422.85760.16290.9028-0.0215-0.40660.14910.53570.06260.6546-0.4619-0.5644-0.04110.01750.30920.19780.09470.10160.056746.51112.8854-29.9859
610.3172-0.2731.53812.674-1.94653.86930.2411-0.463-0.77380.21550.20110.27460.5175-0.3225-0.44220.1801-0.02-0.0369-0.22910.0308-0.21865.9422-22.8108-31.4745
71.67351.8109-0.57076.4481-0.71952.5964-0.2651-0.13970.1447-0.00070.45231.1507-0.1439-1.02-0.1873-0.24910.0476-0.00170.10740.2333-0.003645.73450.6096-40.6732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|187 A|302 - A|302 A|303 - A|303 A|304 - A|304 }A7 - 187
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|187 A|302 - A|302 A|303 - A|303 A|304 - A|304 }A302
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|187 A|302 - A|302 A|303 - A|303 A|304 - A|304 }A303
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|187 A|302 - A|302 A|303 - A|303 A|304 - A|304 }A304
5X-RAY DIFFRACTION2{ A|188 - A|279 }A188 - 279
6X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|99 }B2 - 99
7X-RAY DIFFRACTION4{ C|2 - C|110 }C2 - 110
8X-RAY DIFFRACTION5{ C|111 - C|199 }C111 - 199
9X-RAY DIFFRACTION6{ D|3 - D|117 }D3 - 117
10X-RAY DIFFRACTION7{ D|118 - D|246 }D118 - 246

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る