+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6179 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | One state of F-Actin at near-atomic resolution | |||||||||
マップデータ | reconstruction of F-actin | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | helical polymer / actin filament | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Galkin VE / Orlova A / Vos MR / Schroder GF / Egelman EH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Near-atomic resolution for one state of F-actin. 著者: Vitold E Galkin / Albina Orlova / Matthijn R Vos / Gunnar F Schröder / Edward H Egelman / 要旨: Actin functions as a helical polymer, F-actin, but attempts to build an atomic model for this filament have been hampered by the fact that the filament cannot be crystallized and by structural ...Actin functions as a helical polymer, F-actin, but attempts to build an atomic model for this filament have been hampered by the fact that the filament cannot be crystallized and by structural heterogeneity. We have used a direct electron detector, cryo-electron microscopy, and the forces imposed on actin filaments in thin films to reconstruct one state of the filament at 4.7 Å resolution, which allows for building a reliable pseudo-atomic model of F-actin. We also report a different state of the filament where actin protomers adopt a conformation observed in the crystal structure of the G-actin-profilin complex with an open ATP-binding cleft. Comparison of the two structural states provides insights into ATP-hydrolysis and filament dynamics. The atomic model provides a framework for understanding why every buried residue in actin has been under intense selective pressure. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6179.map.gz | 17.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6179-v30.xml emd-6179.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6179.gif 80_6179.gif | 46.2 KB 3.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6179 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6179_validation.pdf.gz | 334.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6179_full_validation.pdf.gz | 334.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6179_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6179 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | reconstruction of F-actin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Skeletal muscle actin
全体 | 名称: Skeletal muscle actin |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Skeletal muscle actin
超分子 | 名称: Skeletal muscle actin / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: polymer / Number unique components: 1 |
---|
-分子 #1: actin
分子 | 名称: actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: skeletal muscle |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
日付 | 2014年10月9日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 850 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | IHRSR |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 27.6 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 166.7 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, Spider |