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万見
- PDB-5x8r: Structure of the 30S small subunit of chloroplast ribosome from s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x8r
タイトルStructure of the 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 17
  • 16S rRNA
  • protein S10
  • protein S17
  • protein S20
  • protein S21
  • protein bTHXc
  • protein cS22
  • protein cS23
  • protein plastid pY
キーワードRIBOSOME / Cryo-EM / chloroplast ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / chloroplast rRNA processing / negative regulation of translational elongation / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / chloroplast thylakoid membrane ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / chloroplast rRNA processing / negative regulation of translational elongation / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix Hairpins - #1480 / Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily ...: / Helix Hairpins - #1480 / Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal domain / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S18 / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30s Ribosomal Protein S18 / Ribosomal protein S1-like / 30s ribosomal protein s13; domain 2 / Ribosomal protein S13/S18, C-terminal domain / Ribosomal protein S20 / 30s Ribosomal Protein S19; Chain A / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Helix hairpin bin / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / 30S ribosomal protein / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein bTHXc ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Small ribosomal subunit protein uS2c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bS1c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / 30S ribosomal protein S20, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Small ribosomal subunit protein cS23 / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Ahmed, T. / Shi, J. / Bhushan, S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
MOEAcRF Tier 1, 2014-T1-001-019 (RG32/14) シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Unique localization of the plastid-specific ribosomal proteins in the chloroplast ribosome small subunit provides mechanistic insights into the chloroplastic translation.
著者: Tofayel Ahmed / Jian Shi / Shashi Bhushan /
要旨: Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, ...Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, cS23, bTHXc, cL37 and cL38) which have been suggested to play important regulatory roles in translation. However, their exact locations on the chloroplast ribosome remain elusive due to lack of a high-resolution structure, hindering our progress to understand their possible roles. Here we present a cryo-EM structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach resolved to 3.4 Å and focus our discussion mainly on the architecture of the 30S small subunit (SSU) which is resolved to 3.7 Å. cS22 localizes at the SSU foot where it seems to compensate for the deletions in 16S rRNA. The mRNA exit site is highly remodeled due to the presence of cS23 suggesting an alternative mode of translation initiation. bTHXc is positioned at the SSU head and appears to stabilize the intersubunit bridge B1b during thermal fluctuations. The translation factor plastid pY binds to the SSU on the intersubunit side and interacts with the conserved nucleotide bases involved in decoding. Most of the intersubunit bridges are conserved compared to the bacteria, except for a new bridge involving uL2c and bS6c.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年6月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software
Item: _em_image_scans.dimension_height / _em_image_scans.dimension_width / _em_software.name
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.52024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6710
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
c: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
e: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
f: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic
g: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
h: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
i: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic
j: protein S10
k: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
l: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
m: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic
o: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
p: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
q: protein S17
r: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
s: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic
t: protein S20
u: protein S21
y: protein plastid pY
a: 16S rRNA
w: protein cS23
d: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
v: protein cS22
n: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic
x: protein bTHXc
8: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)913,91826
ポリマ－913,91826
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area101650 Å2
ΔGint-770 kcal/mol
Surface area316430 Å2

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要素

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30S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 bcefghiklmoprsdn8

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S2, chloroplastic


分子量: 26736.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P08242
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3, chloroplastic


分子量: 24965.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09595
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S5, chloroplastic


分子量: 27696.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9ST69
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic


分子量: 16341.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82403
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S7, chloroplastic


分子量: 17378.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82129
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S8, chloroplastic


分子量: 15527.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09597
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S9, chloroplastic


分子量: 17092.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82278
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S11, chloroplastic


分子量: 14927.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06506
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S12, chloroplastic


分子量: 13794.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62128
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S13, chloroplastic


分子量: 14418.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82163, UniProt: B8AQA7*PLUS
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S15, chloroplastic


分子量: 10778.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3I4
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S16, chloroplastic


分子量: 10454.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28807
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S18, chloroplastic


分子量: 12079.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3K7
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic / CS-S23


分子量: 10632.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06508
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S4, chloroplastic


分子量: 23454.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P13788
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S14, chloroplastic


分子量: 11809.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06507
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S1, chloroplastic / CS1


分子量: 40472.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P29344

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タンパク質 , 7種, 7分子 jqtuywv

#8: タンパク質 protein S10


分子量: 13882.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RWE7, UniProt: P82162*PLUS
#14: タンパク質 protein S17


分子量: 12195.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RRR0, UniProt: P82137*PLUS
#17: タンパク質 protein S20


分子量: 12178.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82130*PLUS
#18: タンパク質 protein S21


分子量: 16096.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RHF9, UniProt: P82024*PLUS
#19: タンパク質 protein plastid pY


分子量: 26851.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHQ6, UniProt: P19954*PLUS
#21: タンパク質 protein cS23


分子量: 13808.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RJX3, UniProt: P82412*PLUS
#23: タンパク質 protein cS22


分子量: 21691.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R1W7, UniProt: P82277*PLUS

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 ax

#20: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 483466.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084
#25: タンパク質・ペプチド protein bTHXc


分子量: 5188.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RMU8, UniProt: P47910*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 30S small subunit of chloroplast ribosome from spinach
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris HCl, pH 7.6, 100 mM KCl, 10 mM MgOAc, 100 mM sucrose, 7 mM 2-mercaptoethanol, 1 unit/ml RNase inhibitor, 0.1% protease inhibitor
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 133333 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3161
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 187946
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81305 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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