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万見
- EMDB-3579: 30S ribosomal subunit with partial density for ribosomal protein S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3579
タイトル30S ribosomal subunit with partial density for ribosomal protein S1
マップデータNone
試料
  • 複合体: the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expressomes and free ribosomes (see related entry EMDB 3580 and related publication). This structure shows additional density for ribosomal protein S1 and weak density for the RNA Polymerase.
    • Other: ribosome
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Kohler R / Mooney RA / Mills DJ / Landick R / Cramer P
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Architecture of a transcribing-translating expressome.
著者: R Kohler / R A Mooney / D J Mills / R Landick / P Cramer /
要旨: DNA transcription is functionally coupled to messenger RNA (mRNA) translation in bacteria, but how this is achieved remains unclear. Here we show that RNA polymerase (RNAP) and the ribosome of can ...DNA transcription is functionally coupled to messenger RNA (mRNA) translation in bacteria, but how this is achieved remains unclear. Here we show that RNA polymerase (RNAP) and the ribosome of can form a defined transcribing and translating "expressome" complex. The cryo-electron microscopic structure of the expressome reveals continuous protection of ~30 nucleotides of mRNA extending from the RNAP active center to the ribosome decoding center. The RNAP-ribosome interface includes the RNAP subunit α carboxyl-terminal domain, which is required for RNAP-ribosome interaction in vitro and for pronounced cell growth defects upon translation inhibition in vivo, consistent with its function in transcription-translation coupling. The expressome structure can only form during transcription elongation and explains how translation can prevent transcriptional pausing, backtracking, and termination.
履歴
登録2017年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月22日-
マップ公開2017年4月26日-
更新2017年4月26日-
現状2017年4月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0245
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0245
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3579.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.86 Å/pix.
x 260 pix.
= 483.6 Å		1.86 Å/pix.
x 260 pix.
= 483.6 Å		1.86 Å/pix.
x 260 pix.
= 483.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0245 / ムービー #1: 0.0245
最小 - 最大-0.0736037 - 0.15664811
平均 (標準偏差)0.00044244496 (±0.0048991847)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 483.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.861.861.86
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z483.600483.600483.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.0740.1570.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expre...

全体名称: the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expressomes and free ribosomes (see related entry EMDB 3580 and related publication). This structure shows additional density for ...名称: the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expressomes and free ribosomes (see related entry EMDB 3580 and related publication). This structure shows additional density for ribosomal protein S1 and weak density for the RNA Polymerase.
要素
  • 複合体: the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expressomes and free ribosomes (see related entry EMDB 3580 and related publication). This structure shows additional density for ribosomal protein S1 and weak density for the RNA Polymerase.
    • Other: ribosome

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超分子 #1: the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expre...

超分子名称: the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expressomes and free ribosomes (see related entry EMDB 3580 and related publication). This structure shows additional density for ...名称: the sample contained a mixture of in vitro assembled E.coli expressomes and free ribosomes (see related entry EMDB 3580 and related publication). This structure shows additional density for ribosomal protein S1 and weak density for the RNA Polymerase.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: ribosome

分子名称: ribosome / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
not applic able

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 16.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 71835
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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