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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uj9 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) | ||||||||||||
要素 | bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1),Multidrug resistance-associated protein 1 | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / multidrug resistance | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity ...Sphingolipid de novo biosynthesis / Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-family proteins mediated transport / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / xenobiotic transport / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of inflammatory response / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Johnson, Z.L. / Chen, J. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition by the Multidrug Resistance Protein MRP1. 著者: Zachary Lee Johnson / Jue Chen / 要旨: The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that confers resistance to many anticancer drugs and plays a role in the disposition and efficacy of several ...The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that confers resistance to many anticancer drugs and plays a role in the disposition and efficacy of several opiates, antidepressants, statins, and antibiotics. In addition, MRP1 regulates redox homeostasis, inflammation, and hormone secretion. Using electron cryomicroscopy, we determined the molecular structures of bovine MRP1 in two conformations: an apo form at 3.5 Å without any added substrate and a complex form at 3.3 Å with one of its physiological substrates, leukotriene C. These structures show that by forming a single bipartite binding site, MRP1 can recognize a spectrum of substrates with different chemical structures. We also observed large conformational changes induced by leukotriene C, explaining how substrate binding primes the transporter for ATP hydrolysis. Structural comparison of MRP1 and P-glycoprotein advances our understanding of the common and unique properties of these two important molecules in multidrug resistance to chemotherapy. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uj9.cif.gz | 261.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uj9.ent.gz | 201.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5uj9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5uj9_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5uj9_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5uj9_validation.xml.gz | 44.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5uj9_validation.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5uj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/5uj9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8559MC 8560C 5ujaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10802 (タイトル: Cryo-electron microscopy reconstruction of apo bovine MRP1 Data size: 804.5 Data #1: Unaligned and uncorrected multiframe movies of bovine apo MRP1 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 159701.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ABCC1, MRP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GntI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8HXQ5 |
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配列の詳細 | Residues 31-194, corresponding to TMD0, are modeled as poly-alanine. The register in this region ...Residues 31-194, corresponding to TMD0, are modeled as poly-alanine. The register in this region could not be confidently established and thus the numbering assigned to the residues is putative. The poly-alanine regions have been renamed as unknown |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.17 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GntI- / プラスミド: Baculovirus | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 400-mesh Au Holey Carbon Grids | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 37000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 84 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2232 |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 251986 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251986 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.49→148 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / ESU R: 0.448 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 265.842 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 9857 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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