PDB-6r2n: Crystal structure of KlGlk1 glucokinase from Kluyveromyces lactis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r2n

タイトル

Crystal structure of KlGlk1 glucokinase from Kluyveromyces lactis

要素

Glucokinase-1

キーワード

TRANSFERASE / Kluyveromyces lactis / glucokinase / sugar metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

glucokinase / mannokinase activity / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Kluyveromyces lactis (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.596 Å

データ登録者

Zak, K. / Wator, E. / Grudnik, P.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of Kluyveromyces lactis Glucokinase ( Kl Glk1).
著者: Zak, K.M. / Kalinska, M. / Wator, E. / Kuska, K. / Krutyholowa, R. / Dubin, G. / Popowicz, G.M. / Grudnik, P.

履歴

登録	2019年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r2n.cif.gz	795.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r2n.ent.gz	680 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r2n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o8mS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3a9u-d 4uj3-1 5u95-2 5c7m-1 3hmn-2 5ejj-1 5l2w-d 5aqh-d 3r6s-4 3r12-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucokinase-1

B: Glucokinase-1

C: Glucokinase-1

ヘテロ分子

160 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucokinase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glucokinase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Glucokinase-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.011, 122.771, 360.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-601- HOH
2	1	C-634- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...
2	1	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...
3	1	(chain C and (resid 3 through 7 or (resid 8...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	PRO	PRO	(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...	A	A	3 - 4	2 - 3
1	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...	A	A	5	4
1	3	SER	SER	TYR	TYR	(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...	A	A	2 - 481	1 - 475
1	4	SER	SER	TYR	TYR	(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...	A	A	2 - 481	1 - 475
1	5	SER	SER	TYR	TYR	(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...	A	A	2 - 481	1 - 475
1	6	SER	SER	TYR	TYR	(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...	A	A	2 - 481	1 - 475
2	1	ASP	ASP	SER	SER	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...	B	B	3 - 25	2 - 24
2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...	B	B	27 - 36	26 - 35
2	3	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...	B	B	37	36
2	4	SER	SER	TYR	TYR	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...	B	B	2 - 481	1 - 475
2	5	SER	SER	TYR	TYR	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...	B	B	2 - 481	1 - 475
2	6	SER	SER	TYR	TYR	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...	B	B	2 - 481	1 - 475
2	7	SER	SER	TYR	TYR	(chain B and (resid 3 through 25 or resid 27...	B	B	2 - 481	1 - 475
3	1	ASP	ASP	THR	THR	(chain C and (resid 3 through 7 or (resid 8...	C	C	3 - 7	2 - 6
3	2	LYS	LYS	ALA	ALA	(chain C and (resid 3 through 7 or (resid 8...	C	C	8 - 9	7 - 8
3	3	SER	SER	TYR	TYR	(chain C and (resid 3 through 7 or (resid 8...	C	C	2 - 481	1 - 475

#1: タンパク質	Glucokinase-1 / Glucose kinase 1 / GLK-1 分子量: 53160.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: GLK1, KLLA0C01155g / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6CUZ3, glucokinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M KBr and 30 % PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.596→49.08 Å / Num. obs: 69999 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.596→2.689 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 6782 / CC_1/2: 0.528 / R_pim(I) all: 0.482 / R_rim(I) all: 0.681 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3o8M

3o8m

解像度: 2.596→49.077 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 24.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2431	2108	1.58 %
R_work	0.2045	-	-
obs	0.2051	69999	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 259.93 Å² / B_iso mean: 83.3925 Å² / B_iso min: 27.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.596→49.077 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10914	0	111	196	11221
B_iso mean	-	-	96.15	53.66	-
残基数	-	-	-	-	1423

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5961	X-RAY DIFFRACTION	8.512	TORSIONAL
1	2	B	5961	X-RAY DIFFRACTION	8.512	TORSIONAL
1	3	C	5961	X-RAY DIFFRACTION	8.512	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5962-2.6566	0.3865	137	0.3778	8563	8700	95
2.6566-2.723	0.3077	138	0.3447	8539	8677	98
2.723-2.7966	0.2945	141	0.2934	8868	9009	100
2.7966-2.8789	0.2666	143	0.2721	8828	8971	100
2.8789-2.9718	0.2924	142	0.2635	8879	9021	100
2.9718-3.078	0.2761	140	0.2671	8880	9020	100
3.078-3.2012	0.2852	140	0.2473	8850	8990	100
3.2012-3.3469	0.251	143	0.2205	8816	8959	100
3.3469-3.5233	0.3073	136	0.2315	8718	8854	99
3.5233-3.7439	0.2549	143	0.2067	8815	8958	99
3.7439-4.0329	0.208	140	0.1824	8648	8788	98
4.0329-4.4385	0.2227	141	0.1613	8853	8994	99
4.4385-5.0802	0.2116	143	0.1527	8742	8885	100
5.0802-6.3983	0.2118	139	0.1942	8831	8970	100
6.3983-49.0856	0.2145	142	0.171	8777	8919	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4523	-0.2186	0.7079	1.0958	0.0479	1.173	-0.0348	-0.0044	-0.2983	0.116	0.1104	0.0119	0.1028	0.0152	-0.0781	0.2958	-0.0096	0.0454	0.3124	0.0176	0.4626	13.6813	41.1743	181.1031
2	2.1287	0.7544	0.1892	1.245	-0.1817	1.549	0.0007	0.3071	0.2225	0.2306	-0.0102	-0.0382	-0.6061	0.2527	-0.0028	0.7963	-0.235	-0.1055	0.6397	0.0868	0.4821	14.8305	0.4193	215.3348
3	0.662	-0.1046	-0.0432	1.7394	0.1	3.001	0.1678	-0.2209	-0.0786	0.4422	0.1504	0.0956	0.1307	-0.6058	-0.2857	0.7409	-0.2203	-0.1104	0.7543	0.1481	0.5249	46.578	38.9541	241.3224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2 through 481)	A	2 - 481
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 2 through 481)	B	2 - 481
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 2 through 481)	C	2 - 481

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関連情報:EMDBヘッダ

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