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- PDB-5opt: Structure of KSRP in context of Trypanosoma cruzi 40S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5opt
タイトルStructure of KSRP in context of Trypanosoma cruzi 40S
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 26
  • (Ribosomal protein ...) x 5
  • 18S rRNA
  • Activated protein kinase C receptor, putative
  • RNA-binding protein, putative
  • Ubiquitin/ribosomal protein S27a, putative
キーワードRIBOSOME / Kinetoplastids / cryo-EM / KSRP
機能・相同性
機能・相同性情報


translation regulator activity / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / phosphorylation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...translation regulator activity / ribosome binding / kinase activity / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / phosphorylation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 ...Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S26 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / SH3 type barrels. - #30 / K homology (KH) domain / Ribosomal protein L30/S12 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S26 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein S29, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S11, putative / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein S20, putative / 40S ribosomal protein S14, putative / 40S ribosomal protein S33, putative / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S13, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S2, putative / Ribosomal protein S19, putative / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein S3, putative / 40S ribosomal protein S27, putative / 40S ribosomal protein S6 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S24 / RNA-binding protein, putative / 40S ribosomal protein S3a-2 / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S18, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / 40S ribosomal protein S5, putative / 40S ribosomal protein S21, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Brito Querido, J. / Mancera-Martinez, E. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Chicher, J. / Simonetti, A. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
The French National Research AgencyANR-14-ACHN-0024 フランス
LABEXANR-10-LABX-0036_NETRNA フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The cryo-EM Structure of a Novel 40S Kinetoplastid-Specific Ribosomal Protein.
著者: Jailson Brito Querido / Eder Mancera-Martínez / Quentin Vicens / Anthony Bochler / Johana Chicher / Angelita Simonetti / Yaser Hashem /
要旨: Kinetoplastids are potentially lethal protozoan pathogens affecting more than 20 million people worldwide. There is a critical need for more specific targets for the development of safer anti- ...Kinetoplastids are potentially lethal protozoan pathogens affecting more than 20 million people worldwide. There is a critical need for more specific targets for the development of safer anti-kinetoplastid therapeutic molecules that can replace the scarce and highly cytotoxic current drugs. The kinetoplastid ribosome represents a potential therapeutic target due to its relative structural divergence when compared with its human counterpart. However, several kinetoplastid-specific ribosomal features remain uncharacterized. Here, we present the near-atomic cryoelectron microscopy structure of a novel bona fide kinetoplastid-specific ribosomal (r-) protein (KSRP) bound to the ribosome. KSRP is an essential protein located at the solvent face of the 40S subunit, where it binds and stabilizes kinetoplastid-specific domains of rRNA, suggesting its role in ribosome integrity. KSRP also interacts with the r-protein eS6 at a region that is only conserved in kinetoplastids. The kinetoplastid-specific ribosomal environment of KSRP provides a promising target for the design of safer anti-kinetoplastidian drugs.
履歴
登録2017年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3844
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3844
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
p: Activated protein kinase C receptor, putative
q: Ribosomal protein S29, putative
r: 40S ribosomal protein S16, putative
t: 40S ribosomal protein S15, putative
u: 40S ribosomal protein S18, putative
L: 40S ribosomal protein S4
M: 40S ribosomal protein S23, putative
O: 40S ribosomal protein S5, putative
Q: Ribosomal protein S7, putative
R: 40S ribosomal protein S13, putative
S: 40S ribosomal protein S27, putative
T: 40S ribosomal protein S26
U: 40S ribosomal protein S33, putative
V: 40S ribosomal protein S14, putative
W: 40S ribosomal protein S3a-2
X: 40S ribosomal protein S11, putative
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: 40S ribosomal protein S8
b: 40S ribosomal protein S9, putative
f: 40S ribosomal protein SA
d: 40S ribosomal protein S2, putative
e: 40S ribosomal protein S15a, putative
g: 40S ribosomal protein S21, putative
a: Ribosomal protein S25, putative
i: 40S ribosomal protein S12
j: Ubiquitin/ribosomal protein S27a, putative
P: 40S ribosomal protein S6
k: 40S ribosomal protein S17, putative
l: Ribosomal protein S20, putative
m: 40S ribosomal protein S3, putative
n: 40S ribosomal protein S10, putative
o: Ribosomal protein S19, putative
c: 40S ribosomal protein S30
h: RNA-binding protein, putative
E: 18S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,416,99235
ポリマ－1,416,99235
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area204110 Å2
ΔGint-1489 kcal/mol
Surface area433550 Å2
手法PISA

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 pjh

#1: タンパク質 Activated protein kinase C receptor, putative


分子量: 35070.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511211.120, Tc00.1047053511211.130 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTN2
#26: タンパク質 Ubiquitin/ribosomal protein S27a, putative


分子量: 16608.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510409.39 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D1T6
#34: タンパク質 RNA-binding protein, putative


分子量: 27676.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511727.270 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DY32

-
Ribosomal protein ... , 5種, 5分子 qQalo

#2: タンパク質 Ribosomal protein S29, putative


分子量: 6651.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053506025.14, Tc00.1047053511209.54, Tc00.1047053511805.15
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CXR4
#9: タンパク質 Ribosomal protein S7, putative


分子量: 24896.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506593.30 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CUC7
#24: タンパク質 Ribosomal protein S25, putative


分子量: 12379.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053504105.94, Tc00.1047053509233.190 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTX6
#29: タンパク質 Ribosomal protein S20, putative


分子量: 13248.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053508475.10, Tc00.1047053508823.120, Tc00.1047053508823.140
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D6H7
#32: タンパク質 Ribosomal protein S19, putative


分子量: 18861.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510879.20 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DJY1

+
40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 rtuLMORSTUVWXYZbfdegiPkmnc

#3: タンパク質 40S ribosomal protein S16, putative


分子量: 16841.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053503899.20, Tc00.1047053503899.30 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DEK4
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S15, putative


分子量: 17554.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053511809.130, Tc00.1047053511809.99, Tc00.1047053511811.10
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DGZ5
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S18, putative


分子量: 17585.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506679.100, Tc00.1047053506679.94 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E093
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30936.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053509683.117, Tc00.1047053511051.39, Tc00.1047053511051.50
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D5P4
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative


分子量: 15960.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053504181.20, Tc00.1047053504181.30, Tc00.1047053509695.180, Tc00.1047053509695.184
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DTQ1
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S5, putative


分子量: 21292.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506297.150, Tc00.1047053506297.160 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E0Q3
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S13, putative


分子量: 17295.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511291.90 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DC38
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S27, putative / Ribosomal protein S27 / putative


分子量: 9581.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053506963.14, Tc00.1047053511233.14, Tc00.1047053511277.175
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DN73
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12793.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053503801.20, Tc00.1047053508817.60 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CYE4
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S33, putative


分子量: 12427.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511237.60 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D7C8
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S14, putative


分子量: 15596.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053409117.20, Tc00.1047053506945.230, Tc00.1047053508823.50
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D6I5
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S3a-2


分子量: 29909.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511001.9, Tc00.1047053511001.18 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DZ41
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S11, putative


分子量: 20018.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053508319.70, Tc00.1047053508405.40 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D0U7
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15706.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507681.150, Tc00.1047053507681.160 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DW38
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 25246.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511903.110 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DU83
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S9, putative


分子量: 22181.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053504163.30, Tc00.1047053506401.120 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4D4S1
#20: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 27885.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510425.19 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CQ63
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S2, putative


分子量: 28574.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053503833.40, Tc00.1047053506213.60, Tc00.1047053511287.120, Tc00.1047053511287.40
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DIZ9
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S15a, putative


分子量: 14683.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506297.330 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E0N6
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S21, putative


分子量: 26094.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510101.420 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E3M0
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15792.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053503395.50, Tc00.1047053506181.59 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4CSL1
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28344.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510769.49 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DSU0
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative


分子量: 22680.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053508827.70 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DK40
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S3, putative


分子量: 24188.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
遺伝子: Tc00.1047053504021.109, Tc00.1047053507677.39, Tc00.1047053509353.30
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DMK9
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative


分子量: 18284.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506679.140, Tc00.1047053506679.150 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4E088
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7445.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.83, Tc00.1047053507019.86 / 発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: Q4DA48

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RNA鎖 , 1種, 1分子 E

#35: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 746696.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: GenBank: 320364483

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S ribosome from Trypanosoma cruzi / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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