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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nbz | ||||||
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タイトル | Wzz dodecamer fitted by MDFF to the Wzz experimental map from cryo-EM | ||||||
要素 | WzzB | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Wzz Polysaccharide Chain Length membrane protein Cryo-electron microscopy Single particle analysis | ||||||
機能・相同性 | Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / lipopolysaccharide biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Chain length determinant protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å | ||||||
データ登録者 | Ford, R.C. / Kargas, V. / Collins, R.F. / Whitfield, C. / Clarke, B.R. / Siebert, A. / Bond, P.J. / Clare, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Full-length, Oligomeric Structure of Wzz Determined by Cryoelectron Microscopy Reveals Insights into Membrane-Bound States. 著者: Richard F Collins / Vasileios Kargas / Brad R Clarke / C Alistair Siebert / Daniel K Clare / Peter J Bond / Chris Whitfield / Robert C Ford / 要旨: Wzz is an integral inner membrane protein involved in regulating the length of lipopolysaccharide O-antigen glycans and essential for the virulence of many Gram-negative pathogens. In all Wzz ...Wzz is an integral inner membrane protein involved in regulating the length of lipopolysaccharide O-antigen glycans and essential for the virulence of many Gram-negative pathogens. In all Wzz homologs, the large periplasmic domain is proposed to be anchored by two transmembrane helices, but no information is available for the transmembrane and cytosolic domains. Here we have studied purified oligomeric Wzz complexes using cryoelectron microscopy and resolved the transmembrane regions within a semi-continuous detergent micelle. The transmembrane helices of each monomer display a right-handed super-helical twist, and do not interact with the neighboring transmembrane domains. Modeling, flexible fitting and multiscale simulation approaches were used to study the full-length complex and to provide explanations for the influence of the lipid bilayer on its oligomeric status. Based on structural and in silico observations, we propose a new mechanism for O-antigen chain-length regulation that invokes synergy of Wzz and its polymerase partner, Wzy. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nbz.cif.gz | 912.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nbz.ent.gz | 753 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nbz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5nbz_validation.pdf.gz | 854.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5nbz_full_validation.pdf.gz | 946.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5nbz_validation.xml.gz | 80.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5nbz_validation.cif.gz | 119.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/5nbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/5nbz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26760.129 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35272*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dodecameric complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.36 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20mM Tris pH 7.5, 150mM NaCl, 0.025% dodecyl maltoside. |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Dodecamers with C12 symmetry with a small fraction of head-to-head D12 complexes. |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: 1 x 4sec blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 9 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 22000 / 詳細: ResMap / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |
原子モデル構築 | PDB-ID: 4.0E+29 / PDB chain-ID: A / Accession code: 4.0E+29 / Pdb chain residue range: 55-291 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |