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- PDB-5it9: Structure of the yeast Kluyveromyces lactis small ribosomal subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5it9
タイトルStructure of the yeast Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the cricket paralysis virus IRES.
要素
  • (Ribosomal protein ...) x 33
  • 18S ribosomal RNA
  • Cricket paralysis virus IRES RNA
キーワードRIBOSOME / IRES / small / subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


90S preribosome / translation regulator activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...90S preribosome / translation regulator activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S4, central domain / Phosducin; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S21 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; ...N-terminal domain of TfIIb - #150 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S4, central domain / Phosducin; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S21 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / RNA-binding S4 domain / SH3 type barrels. - #30 / Ribosomal protein L30/S12 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / K homology (KH) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Other non-globular / N-terminal domain of TfIIb / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Double Stranded RNA Binding Domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Single Sheet / Ribosomal protein S19A/S15e / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / KLLA0F18040p ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / KLLA0F18040p / Small ribosomal subunit protein uS5 / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / RP21 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / RP41 / S16a / Small ribosomal subunit protein eS21 / RPS23 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Cricket paralysis virus (ウイルス)
Kluyveromyces lactis (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Murray, J. / Savva, C.G. / Shin, B.S. / Dever, T.E. / Ramakrishnan, V. / Fernandez, I.S.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
National Institutes of HealthIntramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of ribosome recruitment and translocation by type IV IRES.
著者: Jason Murray / Christos G Savva / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / V Ramakrishnan / Israel S Fernández /
要旨: Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps ...Viral mRNA sequences with a type IV IRES are able to initiate translation without any host initiation factors. Initial recruitment of the small ribosomal subunit as well as two translocation steps before the first peptidyl transfer are essential for the initiation of translation by these mRNAs. Using electron cryomicroscopy (cryo-EM) we have structurally characterized at high resolution how the Cricket Paralysis Virus Internal Ribosomal Entry Site (CrPV-IRES) binds the small ribosomal subunit (40S) and the translocation intermediate stabilized by elongation factor 2 (eEF2). The CrPV-IRES restricts tvhe otherwise flexible 40S head to a conformation compatible with binding the large ribosomal subunit (60S). Once the 60S is recruited, the binary CrPV-IRES/80S complex oscillates between canonical and rotated states (Fernández et al., 2014; Koh et al., 2014), as seen for pre-translocation complexes with tRNAs. Elongation factor eEF2 with a GTP analog stabilizes the ribosome-IRES complex in a rotated state with an extra ~3 degrees of rotation. Key residues in domain IV of eEF2 interact with pseudoknot I (PKI) of the CrPV-IRES stabilizing it in a conformation reminiscent of a hybrid tRNA state. The structure explains how diphthamide, a eukaryotic and archaeal specific post-translational modification of a histidine residue of eEF2, is involved in translocation.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / em_software ...em_image_scans / em_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _em_software.name
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_sites / cell ...atom_sites / cell / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8124
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein uS2
B: Ribosomal protein eS1
C: Ribosomal protein uS5
D: Ribosomal protein uS3
E: Ribosomal protein eS4
F: Ribosomal protein uS7
G: Ribosomal protein eS6
H: Ribosomal protein eS7
I: Ribosomal protein eS8
J: Ribosomal protein uS4
K: Ribosomal protein eS10
L: Ribosomal protein uS17
M: Ribosomal protein eS12
N: Ribosomal protein uS15
O: Ribosomal protein uS14
P: Ribosomal protein uS19
Q: Ribosomal protein uS9
R: Ribosomal protein eS17
S: Ribosomal protein uS13
T: Ribosomal protein eS19
U: Ribosomal protein uS10
V: Ribosomal protein eS21
W: Ribosomal protein uS8
X: Ribosomal protein uS21
Y: Ribosomal protein eS24
Z: Ribosomal protein eS25
a: Ribosomal protein eS26
b: Ribosomal protein eS27
c: Ribosomal protein eS28
d: Ribosomal protein eS29
e: Ribosomal protein eS30
f: Ribosomal protein eS31
g: Ribosomal protein RACK1
2: 18S ribosomal RNA
i: Cricket paralysis virus IRES RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,183,862118
ポリマ－1,181,72235
非ポリマー2,14183
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
Ribosomal protein ... , 33種, 33分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#1: タンパク質 Ribosomal protein uS2 / 40S ribosomal protein S0


分子量: 22882.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CN12
#2: タンパク質 Ribosomal protein eS1 / 40S ribosomal protein S1


分子量: 24488.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWD0
#3: タンパク質 Ribosomal protein uS5 / KLLA0F09812p


分子量: 23162.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKL3
#4: タンパク質 Ribosomal protein uS3 / KLLA0D08305p


分子量: 24830.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRK7
#5: タンパク質 Ribosomal protein eS4 / 40S ribosomal protein S4


分子量: 29486.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWJ2
#6: タンパク質 Ribosomal protein uS7 / KLLA0D10659p


分子量: 22912.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRA3
#7: タンパク質 Ribosomal protein eS6 / 40S ribosomal protein S6


分子量: 25810.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM04
#8: タンパク質 Ribosomal protein eS7 / KLLA0C13519p


分子量: 21033.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CTD6
#9: タンパク質 Ribosomal protein eS8 / 40S ribosomal protein S8


分子量: 22511.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CMG3
#10: タンパク質 Ribosomal protein uS4 / KLLA0E23673p


分子量: 20882.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM18
#11: タンパク質 Ribosomal protein eS10 / KLLA0B08173p


分子量: 11423.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CVZ5
#12: タンパク質 Ribosomal protein uS17 / KLLA0A10483p


分子量: 17712.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CX80
#13: タンパク質 Ribosomal protein eS12 / 40S ribosomal protein S12


分子量: 13124.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLU4
#14: タンパク質 Ribosomal protein uS15 / KLLA0F18040p


分子量: 16858.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJK0
#15: タンパク質 Ribosomal protein uS14 / 40S ribosomal protein S14 / RP59


分子量: 13458.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P27069
#16: タンパク質 Ribosomal protein uS19 / KLLA0F07843p


分子量: 14055.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKV4
#17: タンパク質 Ribosomal protein uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 15656.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875N2
#18: タンパク質 Ribosomal protein eS17 / KLLA0B01474p


分子量: 14728.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWU3
#19: タンパク質 Ribosomal protein uS13 / KLLA0B01562p


分子量: 16953.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWT9
#20: タンパク質 Ribosomal protein eS19 / KLLA0A07194p


分子量: 15747.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXM0
#21: タンパク質 Ribosomal protein uS10 / KLLA0F25542p


分子量: 12032.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CIM1
#22: タンパク質 Ribosomal protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXT6
#23: タンパク質 Ribosomal protein uS8 / 40S ribosomal protein S22


分子量: 14513.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW21
#24: タンパク質 Ribosomal protein uS21 / RPS23


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q875M3
#25: タンパク質 Ribosomal protein eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15063.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU44
#26: タンパク質 Ribosomal protein eS25 / KLLA0B06182p


分子量: 7939.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW78
#27: タンパク質 Ribosomal protein eS26 / KLLA0D05115p


分子量: 11454.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CS01
#28: タンパク質 Ribosomal protein eS27 / 40S ribosomal protein S27


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNL2
#29: タンパク質 Ribosomal protein eS28 / 40S ribosomal protein S28 / S33


分子量: 7073.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P33285
#30: タンパク質 Ribosomal protein eS29 / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6322.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPG3
#31: タンパク質 Ribosomal protein eS30 / KLLA0C04809p


分子量: 6329.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUH5
#32: タンパク質 Ribosomal protein eS31 / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 7958.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: P69061
#33: タンパク質 Ribosomal protein RACK1 / KLLA0E12277p


分子量: 35612.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNI7

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 2i

#34: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 573508.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis (酵母)
#35: RNA鎖 Cricket paralysis virus IRES RNA


分子量: 61462.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricket paralysis virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 8895506

-
非ポリマー , 2種, 83分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Kluyveromyces lactis small ribosomal subunit in complex with the Cricket paralysis virus IRES
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lacti (酵母)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 milimolarMES-KOH1
2100 milimolarKCL1
38 milimolarMgCl(2)1
42 milimolarDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EPU粒子像選択
2EPU1.8画像取得
4CTFFINDCTF補正
9RELION1.4初期オイラー角割当
13REFMAC5.8モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54481 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.8→257.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.848 / SU B: 43.619 / SU ML: 0.614 / σ(F): 0 / ESU R: 0.945
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4131 --
obs0.4131 541724 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 119.994 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å26.48 Å2-4.09 Å2
2--5.72 Å2-0.25 Å2
3----5.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→257.28 Å
リガンド溶媒全体
原子数83 0 80144
Biso mean19.98 --
残基数--6820
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01587007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0258292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.571125182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2343136509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.7697.37312851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15922.5811701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.34157302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5415405
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3930.21214305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0266228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0219071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.75711.14619356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.75811.14519355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.27216.67224132
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.818 40236 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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