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万見
- PDB-5zwh: Covalent bond formation between histidine of Vitamin D receptor (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zwh
タイトルCovalent bond formation between histidine of Vitamin D receptor (VDR) and a full agonist having an ene-ynone group via conjugate addition reaction
要素
  • 13-meric peptide from DRIP205 NR2 BOX peptide
  • Vitamin D3 receptor
キーワードHORMONE / HORMONE covalent modifier transcription factor VitaminD3 enone Michael addition electrophile
機能・相同性
機能・相同性情報


enucleate erythrocyte development / negative regulation of bone trabecula formation / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / mammary gland branching involved in thelarche / SUMOylation of intracellular receptors ...enucleate erythrocyte development / negative regulation of bone trabecula formation / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / Vitamin D (calciferol) metabolism / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / mammary gland branching involved in thelarche / SUMOylation of intracellular receptors / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear Receptor transcription pathway / bile acid nuclear receptor activity / response to bile acid / dense fibrillar component / core mediator complex / positive regulation of parathyroid hormone secretion / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / apoptotic process involved in mammary gland involution / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to vitamin D / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / vitamin D binding / calcitriol binding / LBD domain binding / lithocholic acid binding / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / thyroid hormone generation / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / Generic Transcription Pathway / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / negative regulation of ossification / monocyte differentiation / positive regulation of hepatocyte proliferation / embryonic hindlimb morphogenesis / vitamin D receptor signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / bile acid signaling pathway / intestinal absorption / lens development in camera-type eye / nuclear thyroid hormone receptor binding / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / embryonic hemopoiesis / embryonic placenta development / megakaryocyte development / cellular response to steroid hormone stimulus / histone acetyltransferase binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / response to aldosterone / RSV-host interactions / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / fat cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of calcium ion transport / nuclear retinoid X receptor binding / decidualization / general transcription initiation factor binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / animal organ regeneration / heterochromatin / erythrocyte development / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ubiquitin ligase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / transcription coregulator activity / T-tubule / RORA activates gene expression / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / positive regulation of erythrocyte differentiation / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / liver development / nuclear receptor coactivator activity / skeletal system development / mRNA transcription by RNA polymerase II / nuclear receptor binding / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / apoptotic signaling pathway / animal organ morphogenesis / PPARA activates gene expression / Heme signaling / response to calcium ion / Nuclear Receptor transcription pathway / euchromatin / brain development
類似検索 - 分子機能
: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...: / Mediator complex, subunit Med1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1 / Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9KX / Chem-9N9 / Vitamin D3 receptor / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Yoshizawa, M. / Itoh, T. / Anami, Y. / Kato, A. / Yoshimoto, N. / Yamamoto, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification of the Histidine Residue in Vitamin D Receptor That Covalently Binds to Electrophilic Ligands
著者: Yoshizawa, M. / Itoh, T. / Hori, T. / Kato, A. / Anami, Y. / Yoshimoto, N. / Yamamoto, K.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
C: 13-meric peptide from DRIP205 NR2 BOX peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9854
ポリマ－32,1662
非ポリマー8192
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.300, 42.520, 41.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 30595.037 Da / 分子数: 1 / 変異: 165-211 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vdr, Nr1i1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13053
#2: タンパク質・ペプチド 13-meric peptide from DRIP205 NR2 BOX peptide


分子量: 1570.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15648*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-9KX / (2S)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-7a-methyl-4-[2-[(3R,5R)-4-methylidene-3,5-bis(oxidanyl)cyclohexylidene]ethylidene]-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-1-yl]oct-4,6-diene-3-one


分子量: 410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38O3
#4: 化合物 ChemComp-9N9 / (E,2S)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-7a-methyl-4-[2-[(3R,5R)-4-methylidene-3,5-bis(oxidanyl)cyclohexylidene]ethylidene]-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-1-yl]oct-6-en-4-yn-3-one


分子量: 408.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H36O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細9N9 and 9KX are in alternate conformations of each other.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MOPS-Na, Na-Formate, PEG 4000, Ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→32.7 Å / Num. obs: 10580 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 2.38→32.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 12.279 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.579 / ESU R Free: 0.307 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27889 522 5 %RANDOM
Rwork0.23463 ---
obs0.23689 10001 94.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5 Å2-0 Å2-1.36 Å2
2--4.79 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.38→32.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1927 0 60 14 2001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6162.0122760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.30934488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0065245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.37625.0683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.13715341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.756157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4654.146989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4594.143988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6196.2081231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6186.211232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4184.2261042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4174.2261042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.586.2851530
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.65738.6618610
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.65738.6668606
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 39 -
Rwork0.317 729 -
obs--96.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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