PDB-5zol: Crystal structure of a three sites mutantion of FSAA complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zol

タイトル

Crystal structure of a three sites mutantion of FSAA complexed with HA and product

要素

Fructose-6-phosphate aldolase 1

キーワード

LYASE / Fructose-6-phosphate aldolase / donor / acceptor / mutant / flexible

機能・相同性

機能・相同性情報

ketone catabolic process / fructose 6-phosphate aldolase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.172 Å

データ登録者

Wu, L. / Yang, X.H. / Yu, H.W. / Zhou, J.H.

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: The engineering of decameric d-fructose-6-phosphate aldolase A by combinatorial modulation of inter- and intra-subunit interactions.
著者: Yang, X. / Wu, L. / Li, A. / Ye, L. / Zhou, J. / Yu, H.

履歴

登録	2018年4月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zol.cif.gz	437.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zol.ent.gz	356 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zol_validation.pdf.gz	600.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zol_full_validation.pdf.gz	627.1 KB	表示
XML形式データ	5zol_validation.xml.gz	102.8 KB	表示
CIF形式データ	5zol_validation.cif.gz	131.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/5zol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rxf-d 3s1w-1 4s1f-1 3s1u-1 3s1v-1 3s0c-1 4rz4-d 4rxg-d 3s1x-1 4xz9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fructose-6-phosphate aldolase 1

B: Fructose-6-phosphate aldolase 1

C: Fructose-6-phosphate aldolase 1

D: Fructose-6-phosphate aldolase 1

E: Fructose-6-phosphate aldolase 1

F: Fructose-6-phosphate aldolase 1

G: Fructose-6-phosphate aldolase 1

H: Fructose-6-phosphate aldolase 1

I: Fructose-6-phosphate aldolase 1

J: Fructose-6-phosphate aldolase 1

ヘテロ分子

273 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.085, 103.085, 492.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-465- HOH
2	1	G-519- HOH

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質	Fructose-6-phosphate aldolase 1 / Fructose-6-phosphate aldolase A / FSAA 分子量: 26928.037 Da / 分子数: 10 / 変異: T31I/T59Q/Q195I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fsaA, fsa, mipB, ybiZ, b0825, JW5109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離

#1: タンパク質

Fructose-6-phosphate aldolase 1 / Fructose-6-phosphate aldolase A / FSAA

分子量: 26928.037 Da / 分子数: 10 / 変異: T31I/T59Q/Q195I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fsaA, fsa, mipB, ybiZ, b0825, JW5109 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離

-
非ポリマー , 6種, 946分子

#2: 化合物	ChemComp-4Y8 / 1-hydroxypropan-2-one / ヒドロキシアセトン分子量: 74.079 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-LW2 / (3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(thiophen-2-yl)butan-2-one 分子量: 186.228 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₀O₃S
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-LW1 / thiophene-2-carbaldehyde / チオフェン-2-カルボアルデヒド分子量: 112.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄OS
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Hepes pH7.2, 18% PEG 4000, 10% isopropyl alcohol, 0.2M ammonium sulfate, 0.01M disodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 161347 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 16.3 % / Net I/σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.17→2.21 Å / 冗長度: 15.8 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.172→22.7 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.43

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	7801	4.99 %
R_work	0.1908	-	-
obs	0.1929	156443	96.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.172→22.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16191	0	204	913	17308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16683
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	22684
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.447	12221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2905

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1723-2.197	0.3436	203	0.2782	3258	X-RAY DIFFRACTION	64
2.197-2.2228	0.3388	184	0.2673	3843	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2228-2.2499	0.3304	252	0.2777	4406	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2499-2.2783	0.3467	246	0.2626	4719	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2783-2.3083	0.2857	225	0.2555	4930	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3083-2.3399	0.3041	246	0.2525	5042	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3399-2.3733	0.2929	266	0.2553	4918	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3733-2.4086	0.3125	282	0.24	5032	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4086-2.4462	0.3	263	0.2408	5049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4462-2.4863	0.2744	261	0.2338	5046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4863-2.5291	0.3208	243	0.2377	5111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5291-2.575	0.2912	242	0.2348	5108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.575-2.6245	0.3022	332	0.2245	4988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6245-2.678	0.2618	304	0.2212	4996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.678-2.7361	0.2798	229	0.2175	5126	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7361-2.7997	0.2543	241	0.2211	5121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7997-2.8695	0.2962	261	0.2237	5082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8695-2.947	0.2726	243	0.2243	5114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.947-3.0335	0.2654	283	0.2114	5087	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0335-3.1312	0.2613	243	0.2162	5119	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1312-3.2428	0.2705	263	0.2115	5069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2428-3.3722	0.2558	256	0.2015	5125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3722-3.5252	0.2182	287	0.1783	5104	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5252-3.7103	0.2002	260	0.1777	5161	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7103-3.9416	0.1999	301	0.1558	5124	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9416-4.2441	0.1676	257	0.1507	5169	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2441-4.6678	0.1602	281	0.1349	5158	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6678-5.3356	0.1857	282	0.1364	5144	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3356-6.6936	0.1977	294	0.1627	5158	X-RAY DIFFRACTION	98
6.6936-22.701	0.1448	271	0.1344	5335	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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