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- PDB-5zhp: M3 muscarinic acetylcholine receptor in complex with a selective ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zhp
タイトルM3 muscarinic acetylcholine receptor in complex with a selective antagonist
要素Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein coupled receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / quaternary ammonium group binding / saliva secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / positive regulation of smooth muscle contraction ...negative regulation of heart rate by acetylcholine / G protein-coupled acetylcholine receptor binding / Muscarinic acetylcholine receptors / quaternary ammonium group binding / saliva secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / response to acetylcholine / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / positive regulation of smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of smooth muscle contraction / acetylcholine binding / G alpha (q) signalling events / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of vasoconstriction / ligand-gated ion channel signaling pathway / smooth muscle contraction / asymmetric synapse / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / basal plasma membrane / calcium-mediated signaling / postsynaptic density membrane / positive regulation of insulin secretion / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / dendrite / synapse / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Muscarinic acetylcholine receptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Chem-9EC / CITRIC ACID / Endolysin / Muscarinic acetylcholine receptor M3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu, H. / Hofmann, J. / Fish, I. / Schaake, B. / Eitel, K. / Bartuschat, A. / Kaindl, J. / Rampp, H. / Banerjee, A. / Hubner, H. ...Liu, H. / Hofmann, J. / Fish, I. / Schaake, B. / Eitel, K. / Bartuschat, A. / Kaindl, J. / Rampp, H. / Banerjee, A. / Hubner, H. / Clark, M.J. / Vincent, S.G. / Fisher, J. / Heinrich, M. / Hirata, K. / Liu, X. / Sunahara, R.K. / Shoichet, B.K. / Kobilka, B.K. / Gmeiner, P.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
US National Institutes of HealthGM106990 米国
German Research FoundationGm 13/10 and GRK 1910 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure-guided development of selective M3 muscarinic acetylcholine receptor antagonists
著者: Liu, H. / Hofmann, J. / Fish, I. / Schaake, B. / Eitel, K. / Bartuschat, A. / Kaindl, J. / Rampp, H. / Banerjee, A. / Hubner, H. / Clark, M.J. / Vincent, S.G. / Fisher, J.T. / Heinrich, M.R. ...著者: Liu, H. / Hofmann, J. / Fish, I. / Schaake, B. / Eitel, K. / Bartuschat, A. / Kaindl, J. / Rampp, H. / Banerjee, A. / Hubner, H. / Clark, M.J. / Vincent, S.G. / Fisher, J.T. / Heinrich, M.R. / Hirata, K. / Liu, X. / Sunahara, R.K. / Shoichet, B.K. / Kobilka, B.K. / Gmeiner, P.
履歴
登録2018年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
B: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6468
ポリマ－95,8562
非ポリマー1,7906
水00
1
A: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8544
ポリマ－47,9281
非ポリマー9263
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
2
B: Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7924
ポリマ－47,9281
非ポリマー8643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.110, 53.050, 124.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.70, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Muscarinic acetylcholine receptor M3,Endolysin,Endolysin,Muscarinic acetylcholine receptor M3 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 47928.141 Da / 分子数: 2 / 変異: S154R,C1054A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Chrm3, Chrm-3, e
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08483, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 5分子

#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-9EC / (1R,2R,4S,5S,7s)-7-({[4-fluoro-2-(thiophen-2-yl)phenyl]carbamoyl}oxy)-9,9-dimethyl-3-oxa-9-azatricyclo[3.3.1.0~2,4~]nonan-9-ium


分子量: 389.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22FN2O3S
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 40-43% PEG300, 300-400 mM ammonium citrate, 0.1M tris-HCI, pH7.5, 1mM 6o,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 29106 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.63
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 2511 / CC1/2: 0.536 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U15

4u15


解像度: 3.1→19.984 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 2184 7.57 %
Rwork0.2291 --
obs0.232 28842 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 122 0 6324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.478865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7523718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3111039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.16720.34081480.34531567X-RAY DIFFRACTION96
3.1672-3.24050.37791280.32931601X-RAY DIFFRACTION96
3.2405-3.32120.36481160.30631679X-RAY DIFFRACTION98
3.3212-3.41060.31691280.31091607X-RAY DIFFRACTION99
3.4106-3.51040.37011400.28481673X-RAY DIFFRACTION99
3.5104-3.62310.28981410.26831621X-RAY DIFFRACTION99
3.6231-3.75180.27421420.24721684X-RAY DIFFRACTION100
3.7518-3.90090.29041330.24431663X-RAY DIFFRACTION100
3.9009-4.0770.25451310.24531694X-RAY DIFFRACTION100
4.077-4.290.28311330.22341666X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.55580.25011590.20571652X-RAY DIFFRACTION100
4.5558-4.90270.22191340.20031688X-RAY DIFFRACTION100
4.9027-5.38730.24841390.2151685X-RAY DIFFRACTION100
5.3873-6.14690.27691550.24991678X-RAY DIFFRACTION99
6.1469-7.67090.2881250.22321737X-RAY DIFFRACTION100
7.6709-19.98460.20421320.16891763X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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