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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yd6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PG-bound Nurr1-LBD | ||||||
![]() | Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / NURR1 / LBD / PROSTAGLANDIN / MICHAEL ADDITION | ||||||
機能・相同性 | ![]() general adaptation syndrome / habenula development / central nervous system neuron differentiation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / midbrain dopaminergic neuron differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of respiratory gaseous exchange ...general adaptation syndrome / habenula development / central nervous system neuron differentiation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / midbrain dopaminergic neuron differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of respiratory gaseous exchange / dopaminergic neuron differentiation / neuron maturation / dopamine biosynthetic process / fat cell differentiation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to amphetamine / adult locomotory behavior / post-embryonic development / neuron migration / SUMOylation of intracellular receptors / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sreekanth, R. / Yoon, H.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Nurr1 bound to cyclopentenone prostaglandin A2 and its mechanism of action in ameliorating dopaminergic neurodegeneration in Drosophila 著者: Rajan, S. / Toh, H.T. / Lim, K.H. / Yoon, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 381.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 312.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ovlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30576.256 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 328-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-8SU / (~{ #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, MES PH 5.5 AND MGCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→94.08 Å / Num. obs: 46996 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.47 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6778 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OVL 解像度: 2.34→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 19.847 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.265
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.042 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.34→20 Å
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拘束条件 |
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