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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xhg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trastuzumab Fab fragment bearing Ne-(o-azidobenzyloxycarbonyl)-L-lysine | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / FAB | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / (2-azidophenyl)methyl hydrogen carbonate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Kuratani, M. / Yanagisawa, T. / Sakamoto, K. / Yokoyama, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioconjug. Chem. / 年: 2017 タイトル: Extensive Survey of Antibody Invariant Positions for Efficient Chemical Conjugation Using Expanded Genetic Codes. 著者: Kato, A. / Kuratani, M. / Yanagisawa, T. / Ohtake, K. / Hayashi, A. / Amano, Y. / Kimura, K. / Yokoyama, S. / Sakamoto, K. / Shiraishi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xhg.cif.gz | 361 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xhg.ent.gz | 305.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xhg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xhg_validation.pdf.gz | 505.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xhg_full_validation.pdf.gz | 516.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xhg_validation.xml.gz | 47.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xhg_validation.cif.gz | 72.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/5xhg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/5xhg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 ACBD
#1: 抗体 | 分子量: 23467.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: humanized mouse 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 23425.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: humanized mouse 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 (大腸菌) |
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-非ポリマー , 5種, 1275分子
#3: 化合物 | ChemComp-OAZ / ( | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG 3350, Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→30 Å / Num. obs: 230256 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 1.3 % / Net I/σ(I): 7.92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.76→25.438 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→25.438 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.188 Å / Origin y: 63.57 Å / Origin z: 7.8992 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |