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万見
- PDB-5wbr: Structure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wbr
タイトルStructure of human Ketohexokinase complexed with hits from fragment screening
要素Ketohexokinase
キーワードTRANSFERASE / Ketohexokinase / Fragment-based drug discovery / SBDD
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential fructosuria / ketohexokinase / Fructose catabolism / ketohexokinase activity / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose ...Essential fructosuria / ketohexokinase / Fructose catabolism / ketohexokinase activity / regulation of glycogen metabolic process / response to sucrose / response to fructose / fructose metabolic process / response to zinc ion / response to glucose / response to insulin / extracellular exosome / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketohexokinase / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A3Y / CITRIC ACID / Ketohexokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Pandit, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery of Fragment-Derived Small Molecules for in Vivo Inhibition of Ketohexokinase (KHK).
著者: Huard, K. / Ahn, K. / Amor, P. / Beebe, D.A. / Borzilleri, K.A. / Chrunyk, B.A. / Coffey, S.B. / Cong, Y. / Conn, E.L. / Culp, J.S. / Dowling, M.S. / Gorgoglione, M.F. / Gutierrez, J.A. / ...著者: Huard, K. / Ahn, K. / Amor, P. / Beebe, D.A. / Borzilleri, K.A. / Chrunyk, B.A. / Coffey, S.B. / Cong, Y. / Conn, E.L. / Culp, J.S. / Dowling, M.S. / Gorgoglione, M.F. / Gutierrez, J.A. / Knafels, J.D. / Lachapelle, E.A. / Pandit, J. / Parris, K.D. / Perez, S. / Pfefferkorn, J.A. / Price, D.A. / Raymer, B. / Ross, T.T. / Shavnya, A. / Smith, A.C. / Subashi, T.A. / Tesz, G.J. / Thuma, B.A. / Tu, M. / Weaver, J.D. / Weng, Y. / Withka, J.M. / Xing, G. / Magee, T.V.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketohexokinase
B: Ketohexokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,74511
ポリマ－68,1532
非ポリマー1,5919
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area24320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.190, 86.160, 137.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ketohexokinase / Hepatic fructokinase


分子量: 34076.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KHK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50053, ketohexokinase

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非ポリマー , 5種, 46分子

#2: 化合物 ChemComp-A3Y / 6-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]-2-[(3S)-3-(hydroxymethyl)piperidin-1-yl]-4-(trifluoromethyl)pyridine-3-carbonitrile


分子量: 413.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26F3N5O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 17% PEG 8k, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.5
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→38.255 Å / Num. all: 31956 / Num. obs: 31956 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 88.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.108 / Net I/av σ(I): 7 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 210546
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.58-2.726.72.50.33096546101.0352.7092.50.8100
2.72-2.886.11.5620.52659943460.6831.7091.5621.299.7
2.88-3.086.90.6921.12846641140.2810.7480.6922.9100
3.08-3.3370.3552.22669938310.1440.3840.3555.6100
3.33-3.656.80.19542385835190.080.2110.19510.1100
3.65-4.086.30.1057.32044132290.0450.1140.10518.699.9
4.08-4.716.40.04816.11810228230.020.0520.04835.399.5
4.71-5.776.80.038201669424550.0160.0410.03843.4100
5.77-8.156.10.02827.11174819140.0120.030.02852.899.5
8.15-38.2556.30.01251.8697411150.0050.0140.01298.898.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3NBV

3nbv


解像度: 2.58→38.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9447 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9257 / SU R Cruickshank DPI: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.315 / SU Rfree Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2415 1595 5.05 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.2063 31568 98.91 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.96 Å2 / Biso mean: 76.64 Å2 / Biso min: 43.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5985 Å20 Å20 Å2
2--8.0019 Å20 Å2
3----7.4034 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→38.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4547 0 167 37 4751
Biso mean--96.35 66.36 -
残基数----597
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1679SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes719HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4815HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion586SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5388SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4815HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6586HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.86
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 148 5.43 %
Rwork0.2345 2580 -
all0.2348 2728 -
obs--98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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