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万見
- PDB-5vnd: Crystal structure of FGFR1-Y563C (FGFR4 surrogate) covalently bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vnd
タイトルCrystal structure of FGFR1-Y563C (FGFR4 surrogate) covalently bound to H3B-6527
要素Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードtransferase/transferase inhibitor / FGFR4 / H3B-56527 / Covalent compound / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / diphosphate metabolic process / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / vitamin D3 metabolic process ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / diphosphate metabolic process / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / regulation of phosphate transport / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / response to sodium phosphate / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / positive regulation of phospholipase activity / chordate embryonic development / receptor-receptor interaction / mesenchymal cell proliferation / positive regulation of parathyroid hormone secretion / auditory receptor cell development / paraxial mesoderm development / FGFR1b ligand binding and activation / regulation of postsynaptic density assembly / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / fibroblast growth factor receptor activity / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / skeletal system morphogenesis / inner ear morphogenesis / middle ear morphogenesis / Formation of paraxial mesoderm / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of stem cell proliferation / PI-3K cascade:FGFR1 / midbrain development / positive regulation of MAP kinase activity / regulation of cell differentiation / fibroblast growth factor binding / PI3K Cascade / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / epithelial to mesenchymal transition / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chondrocyte differentiation / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / calcium ion homeostasis / FRS-mediated FGFR1 signaling / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell maturation / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of neuron differentiation / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / stem cell proliferation / stem cell differentiation / Signal transduction by L1 / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / Negative regulation of FGFR1 signaling / sensory perception of sound / positive regulation of neuron projection development / receptor protein-tyrosine kinase / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / MAPK cascade / heparin binding / protein autophosphorylation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / gene expression / in utero embryonic development / protein phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / postsynapse / positive regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9ES / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tsai, J.H.C. / Reynolds, D. / Fekkes, P. / Smith, P. / Larsen, N.A.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2017
タイトル: H3B-6527 Is a Potent and Selective Inhibitor of FGFR4 in FGF19-Driven Hepatocellular Carcinoma.
著者: Joshi, J.J. / Coffey, H. / Corcoran, E. / Tsai, J. / Huang, C.L. / Ichikawa, K. / Prajapati, S. / Hao, M.H. / Bailey, S. / Wu, J. / Rimkunas, V. / Karr, C. / Subramanian, V. / Kumar, P. / ...著者: Joshi, J.J. / Coffey, H. / Corcoran, E. / Tsai, J. / Huang, C.L. / Ichikawa, K. / Prajapati, S. / Hao, M.H. / Bailey, S. / Wu, J. / Rimkunas, V. / Karr, C. / Subramanian, V. / Kumar, P. / MacKenzie, C. / Hurley, R. / Satoh, T. / Yu, K. / Park, E. / Rioux, N. / Kim, A. / Lai, W.G. / Yu, L. / Zhu, P. / Buonamici, S. / Larsen, N. / Fekkes, P. / Wang, J. / Warmuth, M. / Reynolds, D.J. / Smith, P.G. / Selvaraj, A.
履歴
登録2017年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 1
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,72923
ポリマ－70,1512
非ポリマー2,57821
水4,414245
1
A: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,45813
ポリマ－35,0751
非ポリマー1,38212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,27110
ポリマ－35,0751
非ポリマー1,1969
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area29390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.494, 58.925, 65.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 463 - 765 / Label seq-ID: 7 - 309

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 ...FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 35075.309 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 458-765 / 変異: C486A, Y561C, C582S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 star / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-9ES / N-{2-[(6-{[(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)carbamoyl](methyl)amino}pyrimidin-4-yl)amino]-5-(4-ethylpiperazin-1-yl)phenyl}propanamide


分子量: 631.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36Cl2N8O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG10000, 0.1M MES pH6.2, 0.3M Ammonium Sulphate, 5% Ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→99.37 Å / Num. obs: 46172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. measured all: 4591 / Num. unique obs: 4550 / Rpim(I) all: 0.532 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4V05

4v05


解像度: 2.2→99.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.53 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22333 1989 5.1 %RANDOM
Rwork0.17822 ---
obs0.18059 37022 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å2-0.81 Å2
2--2.45 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→99.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4691 0 166 245 5102
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8962.0086674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.13310962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4115595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69224.354209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.63915857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5931530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.021054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.724.9452386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7194.9472387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6727.3862978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6677.3842977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8395.4712563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8395.4712563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.6447.9763696
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.33939.7025634
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.33839.7075635
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 34034 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 149 -
Rwork0.26 2717 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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