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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uqg
タイトルCrystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with inhibitor p200
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel (TIMバレル) / delta CBS / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMPデヒドロゲナーゼ / purine nucleotide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Aldolase class I ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8L4 / イノシン酸 / : / : / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with inhibitor p200
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,19634
ポリマ－348,1998
非ポリマー5,99726
水13,854769
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,09817
ポリマ－174,0994
非ポリマー2,99913
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23290 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area49200 Å2
手法PISA
2
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,09817
ポリマ－174,0994
非ポリマー2,99913
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23560 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area48140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.887, 137.963, 116.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 43524.820 Da / 分子数: 8
変異: the CBS domain (residues 92-195) is replaced with glycine.
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター), (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター)
遺伝子: guaB, CJ14980A_1064, guaB, Cj8486_1016 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic
参照: UniProt: A0A1B3XFT6, UniProt: A5KFK9, IMPデヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 5種, 795分子

#2: 化合物
ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP / イノシン酸


分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N4O8P
#3: 化合物
ChemComp-8L4 / 3-(2-{[(4-chlorophenyl)carbamoyl]amino}propan-2-yl)-N-hydroxybenzene-1-carboximidamide


分子量: 346.811 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19ClN4O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 769 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5 % (w/v) 2-propanol, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 194228 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 9561 / CC1/2: 0.558 / Rsym value: 0.772 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R7J

4r7j


解像度: 2.03→35.905 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.94
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2034 9631 4.96 %random
Rwork0.1659 ---
obs0.1678 194122 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→35.905 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21174 0 392 769 22335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00821917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15229577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3718134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1073444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0242-2.04720.29232860.24335321X-RAY DIFFRACTION86
2.0472-2.07130.28772970.2356139X-RAY DIFFRACTION99
2.0713-2.09660.27052880.21586121X-RAY DIFFRACTION99
2.0966-2.12310.25653270.20456165X-RAY DIFFRACTION99
2.1231-2.1510.25633540.20216078X-RAY DIFFRACTION99
2.151-2.18050.26083130.19336175X-RAY DIFFRACTION99
2.1805-2.21160.23723360.19016106X-RAY DIFFRACTION99
2.2116-2.24470.24683020.18716127X-RAY DIFFRACTION100
2.2447-2.27970.22123070.18216199X-RAY DIFFRACTION99
2.2797-2.31710.24073120.17996170X-RAY DIFFRACTION100
2.3171-2.3570.2333410.17616127X-RAY DIFFRACTION100
2.357-2.39990.22493160.1796203X-RAY DIFFRACTION100
2.3999-2.4460.23633050.17816159X-RAY DIFFRACTION100
2.446-2.4960.21823700.1676085X-RAY DIFFRACTION100
2.496-2.55020.21853170.17156205X-RAY DIFFRACTION100
2.5502-2.60950.21143000.16886204X-RAY DIFFRACTION100
2.6095-2.67480.20473350.17146137X-RAY DIFFRACTION100
2.6748-2.74710.24393170.1786200X-RAY DIFFRACTION100
2.7471-2.82790.21253260.17236201X-RAY DIFFRACTION100
2.8279-2.91910.21083190.17496205X-RAY DIFFRACTION100
2.9191-3.02340.22743450.18296117X-RAY DIFFRACTION100
3.0234-3.14440.21523250.17866216X-RAY DIFFRACTION100
3.1444-3.28740.20892990.17166228X-RAY DIFFRACTION100
3.2874-3.46060.20243240.17216196X-RAY DIFFRACTION100
3.4606-3.67720.20793600.16216195X-RAY DIFFRACTION100
3.6772-3.96080.16483070.14246212X-RAY DIFFRACTION100
3.9608-4.35870.16073180.13496232X-RAY DIFFRACTION100
4.3587-4.9880.14753260.12856222X-RAY DIFFRACTION100
4.988-6.27890.1733270.1516237X-RAY DIFFRACTION100
6.2789-35.91050.16683320.14776309X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61832.3746-1.78736.4412-4.75164.58610.1333-0.21310.01270.3090.01230.109-0.2650.0722-0.20350.15390.0227-0.00540.1845-0.02450.2065-50.472225.241148.4424
21.314-0.0778-0.42973.587-0.01721.27440.0540.0193-0.0533-0.1789-0.1032-0.35490.04410.14690.04920.15180.0110.01890.20680.00570.2457-34.562211.273733.1594
34.1225-0.0281-0.2178.1713-2.05584.31880.00210.98510.1469-0.85290.0682-0.6996-0.1236-0.0621-0.02530.32760.07910.12830.38580.00140.3442-27.78363.14626.5162
40.5847-0.0227-0.21350.8472-0.15590.99750.0123-0.064-0.06460.0027-0.0289-0.16670.04740.19780.02160.1611-0.0032-0.0160.20730.01160.2567-36.35778.586945.2068
50.46770.0608-0.0882.22780.55331.1073-0.07140.0846-0.0762-0.2950.0622-0.08480.1262-0.0370.01280.1541-0.008-0.01370.16020.00450.1432-48.28977.886429.185
63.1947-0.29361.00310.74910.17132.5709-0.0070.0318-0.0564-0.0884-0.01770.12320.0046-0.0519-0.01780.24930.0103-0.00170.12640.01140.2619-52.174627.013236.2568
71.51270.2076-0.17291.2807-0.2980.68310.0172-0.1015-0.00690.05380.0009-0.00060.0692-0.0249-0.03370.1931-0.0056-0.01850.18740.02880.1468-65.8843-4.644560.5032
85.5098-2.6258-0.13434.250.18632.57010.01760.308-0.7732-0.21150.07820.07870.85870.0469-0.11190.4446-0.0494-0.06410.23610.00180.2832-74.093-24.66660.4485
94.1774-1.67150.55862.4447-0.44731.35950.0419-0.4403-0.27080.23910.07660.10590.2442-0.1625-0.06840.3048-0.0664-0.02970.21680.03720.1933-75.7701-17.530768.3165
100.928-1.20340.18554.6444-0.13180.3551-0.1106-0.1819-0.03790.40390.11430.0480.0852-0.1360.00180.23380.00810.03280.31020.05530.2218-81.1712-4.757273.7193
111.2158-0.2736-0.20840.7473-0.02170.7552-0.0234-0.09650.06460.06310.032-0.02310.0001-0.0735-0.0140.17540.0003-0.00670.19670.01740.1697-71.37080.652963.9442
121.86450.0193-0.17341.52090.20820.5090.06180.1426-0.1989-0.1538-0.07560.15570.0714-0.12090.04360.2234-0.0194-0.02190.18910.01390.1664-74.4326-5.826748.5418
130.68940.0432-0.38721.880.25582.3710.06060.0134-0.0163-0.0259-0.0009-0.0852-0.0317-0.0196-0.03240.1274-0.0288-0.010.2008-0.00530.2593-56.19754.532250.6698
141.4130.9412-0.42615.8597-2.16152.96340.06710.0071-0.148-0.0404-0.11350.21580.36220.04510.10420.25670.0015-0.00280.2493-0.03760.2001-90.4593-16.4686-5.2152
152.54630.5645-1.41391.3875-0.91312.537-0.010.04990.16160.0621-0.00930.1173-0.1515-0.13830.03830.24030.014-0.03050.1977-0.01510.2047-110.66-1.96611.9772
164.10451.1886-0.58177.3282-0.60650.98890.2032-0.10180.7320.13420.0750.3305-0.7752-0.1262-0.20740.40920.08320.02490.3293-0.06840.3329-121.09254.32096.7678
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182.6196-3.0090.42114.3825-0.9720.6005-0.06710.0973-0.00330.02030.0295-0.0155-0.0493-0.15930.05730.2334-0.0085-0.02950.27550.00220.1899-120.1083-18.89612.422
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45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 350 through 422 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 423 through 441 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 442 through 481 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'G' and (resid 0 through 62 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'G' and (resid 63 through 218 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'G' and (resid 219 through 382 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'G' and (resid 383 through 441 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'G' and (resid 442 through 481 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'H' and (resid 0 through 62 )
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'H' and (resid 63 through 235 )
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'H' and (resid 236 through 263 )
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'H' and (resid 264 through 366 )
57X-RAY DIFFRACTION57chain 'H' and (resid 367 through 390 )
58X-RAY DIFFRACTION58chain 'H' and (resid 391 through 441 )
59X-RAY DIFFRACTION59chain 'H' and (resid 442 through 481 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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