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- PDB-5u86: Structure of the Aquifex aeolicus LpxC/LPC-069 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u86
タイトルStructure of the Aquifex aeolicus LpxC/LPC-069 complex
要素UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / LpxC lipid A antibiotic LPS / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-81V / PHOSPHATE ION / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Najeeb, J. / Lee, C.-J. / Zhou, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094475 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115355 米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2017
タイトル: Curative Treatment of Severe Gram-Negative Bacterial Infections by a New Class of Antibiotics Targeting LpxC.
著者: Lemaitre, N. / Liang, X. / Najeeb, J. / Lee, C.J. / Titecat, M. / Leteurtre, E. / Simonet, M. / Toone, E.J. / Zhou, P. / Sebbane, F.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4189
ポリマ－31,4531
非ポリマー9658
水7,945441
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.990, 65.990, 132.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase / UDP-3-O-[R-3-hydroxymyristoyl]-N-acetylglucosamine deacetylase


分子量: 31453.012 Da / 分子数: 1 / 変異: C181A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: lpxC, envA, aq_1772 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O67648, UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase

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非ポリマー , 6種, 449分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-81V / N-[(2S,3S)-4,4-difluoro-3-hydroxy-1-(hydroxyamino)-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}ethynyl)benzamide


分子量: 487.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27F2N3O5
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.25 mg/mL compound, 4 mg/mL protein, 50 mM potassium chloride, 12.5 mM HEPES pH 7.0, 1 mM dithiothreitol, 25 microM zinc sulfate, 0.5% DMSO, 1.25 M diammonium hydrogen phosphate, 0.05 M Tris ...詳細: 0.25 mg/mL compound, 4 mg/mL protein, 50 mM potassium chloride, 12.5 mM HEPES pH 7.0, 1 mM dithiothreitol, 25 microM zinc sulfate, 0.5% DMSO, 1.25 M diammonium hydrogen phosphate, 0.05 M Tris pH 7.7, 2.5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→29.531 Å / Num. obs: 41386 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 12.4 % / Net I/σ(I): 20.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DRO

5dro


解像度: 1.62→29.531 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 15.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1537 2009 4.86 %
Rwork0.1388 --
obs0.1396 41379 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→29.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 0 59 441 2656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8993371
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1061504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6199-1.66050.21121420.16752814X-RAY DIFFRACTION100
1.6605-1.70530.20351430.16242793X-RAY DIFFRACTION100
1.7053-1.75550.17261420.15162793X-RAY DIFFRACTION100
1.7555-1.81220.17311440.15432819X-RAY DIFFRACTION100
1.8122-1.87690.18491400.15062833X-RAY DIFFRACTION100
1.8769-1.95210.17541440.14922785X-RAY DIFFRACTION100
1.9521-2.04090.16841430.14482792X-RAY DIFFRACTION100
2.0409-2.14850.17691470.1382826X-RAY DIFFRACTION100
2.1485-2.2830.15571420.13732824X-RAY DIFFRACTION100
2.283-2.45920.14731440.13942810X-RAY DIFFRACTION100
2.4592-2.70660.14671440.14062792X-RAY DIFFRACTION100
2.7066-3.09780.17221430.14732814X-RAY DIFFRACTION100
3.0978-3.90150.11381450.12472843X-RAY DIFFRACTION100
3.9015-29.53610.13431460.12382832X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.24810.09132.25650.93350.24951.2707-0.1294-0.20020.50770.0549-0.03550.0146-0.07-0.0560.16090.0918-0.00760.0070.10050.00170.0848-26.912830.6512-16.911
21.93890.103-0.06971.2327-0.20271.39470.00860.13930.1473-0.095-0.0505-0.0709-0.02690.10460.04190.06220.0017-0.00290.06640.01420.0746-25.186625.7023-24.7554
32.4353-0.9260.31082.0994-0.29050.05750.0199-0.059-0.0168-0.0397-0.08880.145-0.0236-0.17840.07690.0671-0.0230.02770.08260.02520.0625-38.097919.7068-20.6872
41.633-0.25511.34961.50080.17873.4320.11440.1546-0.2306-0.0694-0.0253-0.05220.36270.3138-0.0610.15590.02390.01540.0973-0.00190.1338-23.91612.2308-18.8572
53.99970.7973-0.44621.5866-0.33411.2955-0.0228-0.19-0.20790.0062-0.0156-0.05580.07950.09650.04860.11380.01670.00120.0611-0.00040.0543-16.197713.9176-11.6346
62.19691.0186-1.00611.904-0.76852.37930.0757-0.2111-0.1170.1535-0.097-0.04940.08710.2212-0.00980.08140.0167-0.01580.09760.00740.0787-14.00214.726-5.0627
71.28310.37680.62271.6486-0.08862.67160.03480.0045-0.1118-0.0491-0.03640.00270.14470.03130.00740.07470.01570.00870.04690.00090.0677-26.771610.2381-20.5173
86.02511.28113.32663.35110.82186.5671-0.00820.64010.0272-0.5260.02650.05940.0559-0.1011-0.01290.21010.03060.02990.1626-0.00130.0879-25.769910.3389-33.4151
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 129 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 130 through 167 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 168 through 191 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 192 through 221 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 222 through 252 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 253 through 270 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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