PDB-5s57: Tubulin-Z2856434883-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s57

タイトル

Tubulin-Z2856434883-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s57.cif.gz	910.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s57.ent.gz	751 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s57_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s57_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5s57_validation.xml.gz	81.7 KB	表示
CIF形式データ	5s57_validation.cif.gz	108.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s57	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7daf-d 5s5b-d 5s5t-d 6fii-d 5s5c-d 6d88-d 5s5z-d 5xkh-d 5ca0-d 5gon-d 5s5y-d 6i5c-d 5s50-d 4ihj-d 4zi7-d 6kpp-d 7dae-d 4o2a-d 5c8y-d 5s4w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.680, 159.270, 180.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 7種, 247分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-WZS / 1-{4-[(2-phenylethyl)amino]piperidin-1-yl}ethan-1-one 分子量: 246.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→63.38 Å / Num. obs: 111197 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.686 % / B_iso Wilson estimate: 77.11 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 1.073 / Net I/σ(I): 10.63 / Num. measured all: 743498 / Scaling rejects: 766

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.45-2.51	6.903	2.926	0.64	56112	8151	8129	0.264	3.165	99.7
2.51-2.58	6.797	2.19	0.86	53817	7932	7918	0.36	2.371	99.8
2.58-2.66	6.469	1.657	1.15	49978	7736	7726	0.47	1.802	99.9
2.66-2.74	6.606	1.358	1.43	49806	7547	7539	0.573	1.474	99.9
2.74-2.83	6.844	0.979	2.01	49849	7292	7284	0.723	1.06	99.9
2.83-2.93	7.07	0.717	2.73	49696	7034	7029	0.833	0.774	99.9
2.93-3.04	6.983	0.501	3.81	47482	6805	6800	0.904	0.541	99.9
3.04-3.16	6.934	0.348	5.28	45652	6590	6584	0.955	0.376	99.9
3.16-3.3	6.811	0.261	6.92	42798	6292	6284	0.974	0.283	99.9
3.3-3.46	6.364	0.187	8.97	38589	6071	6064	0.985	0.204	99.9
3.46-3.65	6.426	0.147	11.16	36579	5732	5692	0.99	0.16	99.3
3.65-3.87	6.734	0.113	14.37	36269	5453	5386	0.994	0.122	98.8
3.87-4.14	6.819	0.079	19.6	34988	5132	5131	0.997	0.085	100
4.14-4.47	6.668	0.061	23.62	31933	4794	4789	0.998	0.067	99.9
4.47-4.9	6.383	0.051	27.54	28160	4418	4412	0.998	0.056	99.9
4.9-5.48	6.023	0.052	26.35	24406	4055	4052	0.998	0.057	99.9
5.48-6.33	6.808	0.053	27.99	24120	3544	3543	0.998	0.057	100
6.33-7.75	6.612	0.043	33.19	20134	3045	3045	0.999	0.047	100
7.75-10.96	5.964	0.031	42.88	14344	2407	2405	0.999	0.034	99.9
10.96-63.38	6.344	0.026	51.85	8786	1398	1385	0.999	0.028	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.45→63.38 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	5590	5.03 %
R_work	0.2068	105587	-
obs	0.2088	111177	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 217.66 Å² / B_iso mean: 89.4599 Å² / B_iso min: 46.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→63.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17348	0	200	232	17780
B_iso mean	-	-	83.13	70.15	-
残基数	-	-	-	-	2192

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.45-2.48	0.3833	164	0.3668	3495	3659	100
2.48-2.51	0.3951	195	0.3782	3462	3657	100
2.51-2.54	0.3946	184	0.353	3473	3657	100
2.54-2.57	0.3755	182	0.3395	3509	3691	100
2.57-2.6	0.3556	188	0.3236	3468	3656	100
2.6-2.64	0.3341	199	0.3182	3448	3647	100
2.64-2.68	0.33	173	0.3139	3513	3686	100
2.68-2.72	0.331	186	0.3131	3473	3659	100
2.72-2.76	0.3997	195	0.3032	3507	3702	100
2.76-2.8	0.3179	184	0.2889	3460	3644	100
2.8-2.85	0.3176	178	0.2856	3528	3706	100
2.85-2.9	0.3304	182	0.2852	3511	3693	100
2.9-2.96	0.3278	176	0.2864	3467	3643	100
2.96-3.02	0.3753	204	0.2715	3524	3728	100
3.02-3.09	0.321	193	0.2626	3480	3673	100
3.09-3.16	0.3073	189	0.2496	3505	3694	100
3.16-3.24	0.2636	188	0.2459	3495	3683	100
3.24-3.33	0.2591	188	0.2356	3520	3708	100
3.33-3.42	0.2704	170	0.2415	3514	3684	100
3.42-3.53	0.2765	167	0.2309	3529	3696	100
3.53-3.66	0.2748	216	0.2356	3460	3676	99
3.66-3.81	0.2596	166	0.2266	3510	3676	99
3.81-3.98	0.23	168	0.1943	3534	3702	100
3.98-4.19	0.2083	200	0.1819	3542	3742	100
4.19-4.45	0.2145	185	0.1684	3538	3723	100
4.45-4.8	0.2053	184	0.1549	3555	3739	100
4.8-5.28	0.2081	183	0.1642	3582	3765	100
5.28-6.04	0.2298	200	0.1876	3582	3782	100
6.04-7.61	0.2161	186	0.1855	3651	3837	100
7.61-63.38	0.1838	217	0.1519	3752	3969	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0398	-0.1139	0.3067	4.9267	1.5055	2.8193	-0.0582	0.1848	0.2824	-1.0435	0.5809	-0.676	-1.2866	0.5382	-0.4937	1.0896	-0.2789	0.2762	0.7336	-0.2189	0.7071	32.6639	90.3816	50.8336
2	5.0619	1.3909	-2.9099	9.095	-0.6973	1.8035	0.3466	-0.2902	-0.1681	0.6667	0.0936	-0.3124	0.0042	0.6991	-0.3542	0.5832	-0.0195	0.0313	0.6053	-0.1911	0.4375	30.3058	74.9795	59.087
3	2.0933	-0.5584	0.6067	5.4689	0.8682	6.3423	0.0268	-0.1018	0.0319	0.0954	0.0034	0.2448	-0.3188	-0.158	-0.0297	0.4753	0.0289	0.0973	0.4321	-0.1128	0.5259	17.4694	85.5141	66.873
4	2.2364	-0.9326	0.1902	7.649	2.0509	3.6762	-0.072	-0.1573	0.1697	0.6663	0.0533	0.2081	-0.0437	-0.0248	0.0166	0.6025	-0.0137	0.1074	0.6034	-0.0935	0.5647	19.2859	84.2466	73.3151
5	2.1718	0.6875	2.2015	6.2325	4.9009	7.6882	0.0691	-0.07	-0.2991	0.7743	0.4942	-0.6301	1.0694	0.9371	-0.4719	0.687	0.1473	-0.0445	0.6466	-0.1763	0.8042	32.5446	63.0023	61.7762
6	7.3127	-2.9765	-1.5903	5.9451	1.3573	6.7361	0.1666	0.1534	1.1173	-0.2783	-0.0813	0.1269	-1.2086	-0.2143	-0.0491	0.6791	-0.0211	-0.0022	0.4959	0.0128	0.6187	15.9424	70.6163	19.1384
7	2.5064	0.0327	0.1863	2.9943	1.7288	4.0524	0.0114	0.07	0.1522	-0.1483	0.0574	0.0206	-0.2825	0.0791	-0.0712	0.4672	-0.0081	0.0333	0.5196	-0.0882	0.5283	20.1293	56.6585	25.2974
8	6.969	-2.7921	2.2734	3.8124	-0.4249	3.8756	-0.1923	-0.2229	-0.0962	0.2152	-0.0069	0.5749	-0.2507	-1.0701	0.1861	0.5602	0.0277	0.0721	0.7212	-0.1856	0.616	6.2187	60.9386	42.7783
9	1.3078	-1.5167	-1.0229	4.2155	3.2898	4.5089	-0.0328	-0.1708	-0.2007	0.6608	0.115	-0.0561	0.6864	0.3406	-0.062	0.5629	-0.068	-0.0004	0.5601	-0.0435	0.6145	20.8534	42.1186	31.4105
10	2.0519	-0.4045	-0.1886	3.1449	-0.0987	2.2235	-0.0409	0.2478	0.2184	-0.2418	0.0596	0.0046	-0.1432	0.0584	-0.0202	0.5205	-0.0932	0.0105	0.5368	-0.0308	0.5534	19.8231	33.4206	-12.0412
11	1.7721	-0.3153	-0.1809	1.8364	1.014	2.0595	-0.0263	-0.0352	0.0509	0.1354	-0.0857	0.2671	0.0493	-0.2168	0.1148	0.4691	-0.078	0.037	0.4644	-0.0467	0.5139	7.678	26.3707	3.2998
12	7.1806	-3.4184	-0.115	9.5913	0.6018	1.9337	-0.0402	0.8768	0.1095	-0.6377	0.0703	0.1067	0.0956	-0.2871	-0.0413	0.7401	-0.1887	0.0148	0.9771	0.008	0.4521	16.9696	9.6708	-44.0488
13	2.0254	-0.3365	-0.3981	2.3568	-0.1341	3.2599	-0.1681	0.5345	-0.1503	-0.3663	0.2264	-0.1041	0.4207	0.0869	-0.0715	0.7631	-0.1055	0.0612	0.7472	-0.2297	0.5467	22.6183	-2.1676	-34.107
14	2.5556	-2.8426	-1.6741	6.9632	0.6637	1.5629	0.402	0.7977	-1.1073	-0.4387	-0.3917	1.3409	0.2475	-0.634	-0.0936	0.9528	-0.1543	-0.0451	1.0401	-0.2203	0.8749	1.5263	-5.9612	-25.0755
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16	4.548	-0.939	-3.4975	2.7035	-0.2985	3.1566	-0.4687	0.2036	-0.8594	0.0545	0.0783	0.1172	1.3299	0.1712	0.2332	1.1594	0.0719	0.068	0.7211	-0.2759	0.9435	30.4146	-16.8759	-24.2911
17	3.1132	-0.6778	0.488	3.944	0.3353	3.746	-0.1527	-0.5602	0.3788	0.9796	0.2209	-0.4459	-0.5827	0.1058	-0.0583	1.0298	-0.1441	-0.0403	0.9421	-0.2231	0.8812	28.0869	93.7661	81.8806
18	0.2629	-0.5614	-0.9314	1.825	2.1279	2.383	-0.0246	-0.0747	-0.0039	0.7407	0.6084	-0.6296	0.8856	0.8252	-0.6097	0.8009	0.1063	0.011	0.8915	-0.2608	0.826	42.9573	28.554	3.9432
19	6.5445	1.7873	-1.9835	7.2038	1.3734	6.8585	-0.8325	0.8299	-0.6406	-0.4786	0.7074	-0.0975	1.5134	-0.1863	0.1155	1.1294	-0.2089	0.2227	0.8594	-0.1357	0.7616	6.456	55.6845	69.8134
20	5.3397	-0.3573	3.8335	4.8298	-2.643	6.9295	-0.2617	-0.2955	0.1624	0.4563	-0.1563	-0.8554	-0.5118	1.5593	0.3789	1.0158	0.0536	-0.1195	1.1003	0.0194	0.862	17.0013	65.4017	102.6167
21	6.0083	0.5781	3.5361	4.6919	-1.0426	7.5652	0.0972	-0.4165	-0.7929	1.2483	-0.074	-0.8331	0.9076	1.6362	0.0064	1.389	0.4301	0.0152	0.9871	0.0852	1.0095	12.0316	53.4489	106.0697
22	2.9357	1.3065	-0.8304	4.9966	-1.1794	2.485	-0.7329	0.019	-0.7371	0.4321	0.489	-0.3567	1.1939	0.0601	0.0815	1.5382	0.1856	0.2864	0.6692	0.0814	0.9804	-2.3312	51.6916	99.5914
23	3.7699	0.3681	-2.1378	1.0505	0.9439	6.0899	-0.4797	0.2108	-0.6671	0.043	0.3497	-0.1126	1.2334	-0.1566	0.1024	1.0836	-0.025	0.1475	0.564	0.0138	0.7497	1.3331	59.2302	87.8055
24	7.9313	0.7255	2.8571	4.9474	-1.3813	2.3728	-0.5165	0.0889	-0.3223	0.7047	0.2869	-0.1603	1.9515	-0.0603	0.1713	1.0478	0.0145	0.0864	0.8252	0.0015	0.7895	-4.8327	60.0576	83.218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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