PDB-5s53: Tubulin-Z1349163663-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s53

タイトル

Tubulin-Z1349163663-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s53.cif.gz	917.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s53.ent.gz	757.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s53_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s53_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	5s53_validation.xml.gz	81.8 KB	表示
CIF形式データ	5s53_validation.cif.gz	107.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s53	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5u-d 5iyz-d 5ezy-d 5cb4-d 6bry-d 5nfz-d 5jh7-d 6fkl-d 5kx5-d 5s4v-d 5s5k-d 4i4t-d 4zhq-d 7dae-d 5la6-d 5ca1-d 5s60-d 5s4t-d 7dad-d 5s59-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.320, 159.310, 178.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 132分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-WZM / 6-[cyclobutyl(methyl)amino]pyridazine-3-carboxamide 分子量: 206.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→68.19 Å / Num. obs: 77724 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.745 % / B_iso Wilson estimate: 79.96 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.126 / R_rim(I) all: 0.137 / Χ²: 1.028 / Net I/σ(I): 11.24 / Num. measured all: 524219 / Scaling rejects: 819

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.75-2.82	6.89	2.542	0.79	39266	5773	5699	0.466	2.75	98.7
2.82-2.9	7.057	1.83	1.09	39289	5628	5567	0.636	1.975	98.9
2.9-2.98	7.039	1.418	1.43	38235	5472	5432	0.718	1.532	99.3
2.98-3.07	6.979	1.013	1.98	36969	5336	5297	0.822	1.095	99.3
3.07-3.18	6.977	0.784	2.6	35513	5125	5090	0.888	0.847	99.3
3.18-3.29	6.874	0.596	3.39	34226	5008	4979	0.922	0.645	99.4
3.29-3.41	6.608	0.446	4.3	31679	4817	4794	0.954	0.484	99.5
3.41-3.55	6.456	0.344	5.46	29799	4641	4616	0.969	0.374	99.5
3.55-3.71	6.36	0.308	5.88	24135	4477	3795	0.973	0.335	84.8
3.71-3.89	6.997	0.216	8.55	29759	4284	4253	0.988	0.233	99.3
3.89-4.1	6.847	0.142	11.94	27065	4052	3953	0.993	0.154	97.6
4.1-4.35	6.872	0.101	16.19	26479	3861	3853	0.997	0.11	99.8
4.35-4.65	6.688	0.071	20.88	24152	3622	3611	0.998	0.078	99.7
4.65-5.02	6.21	0.063	22.19	21244	3426	3421	0.998	0.069	99.9
5.02-5.5	6.236	0.069	21.5	19524	3132	3131	0.997	0.075	100
5.5-6.15	6.896	0.067	23.62	19716	2859	2859	0.998	0.072	100
6.15-7.1	6.785	0.053	27.92	17118	2524	2523	0.998	0.058	100
7.1-8.7	6.369	0.034	39.62	13750	2163	2159	0.999	0.037	99.8
8.7-12.3	5.929	0.023	55.04	10091	1705	1702	1	0.025	99.8
12.3-68.19	6.273	0.019	65.17	6210	1004	990	1	0.021	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.75→68.19 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2669	3795	4.88 %
R_work	0.2176	73908	-
obs	0.22	77703	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 250.85 Å² / B_iso mean: 100.758 Å² / B_iso min: 48.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→68.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17468	0	201	116	17785
B_iso mean	-	-	95.43	77.17	-
残基数	-	-	-	-	2209

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.75-2.78	0.4632	146	0.4352	2716	2862	99
2.78-2.82	0.4647	148	0.413	2688	2836	98
2.82-2.86	0.3983	131	0.387	2734	2865	99
2.86-2.9	0.4129	132	0.3675	2719	2851	99
2.9-2.94	0.4646	149	0.3604	2737	2886	99
2.94-2.99	0.4187	144	0.3446	2712	2856	99
2.99-3.04	0.3428	146	0.314	2713	2859	99
3.04-3.09	0.318	150	0.3024	2719	2869	99
3.09-3.15	0.3225	129	0.273	2750	2879	100
3.15-3.21	0.3116	123	0.2818	2725	2848	99
3.21-3.27	0.3187	152	0.2634	2750	2902	99
3.27-3.35	0.292	131	0.259	2736	2867	99
3.35-3.42	0.334	148	0.2517	2756	2904	100
3.42-3.51	0.2997	138	0.2391	2747	2885	99
3.51-3.6	0.3063	140	0.2462	2737	2877	99
3.6-3.71	0.3252	120	0.2445	2123	2243	77
3.71-3.83	0.2929	136	0.2353	2753	2889	100
3.83-3.97	0.373	121	0.265	2674	2795	96
3.97-4.12	0.2386	150	0.2011	2782	2932	100
4.12-4.31	0.2572	129	0.1891	2801	2930	100
4.31-4.54	0.1958	135	0.1732	2783	2918	100
4.54-4.82	0.2175	164	0.1655	2775	2939	100
4.82-5.2	0.2414	141	0.1783	2783	2924	100
5.2-5.72	0.2662	161	0.1939	2801	2962	100
5.72-6.55	0.2796	146	0.2065	2851	2997	100
6.55-8.25	0.2071	147	0.1795	2857	3004	100
8.25-68.19	0.1852	138	0.1654	2986	3124	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6319	-0.2361	0.5293	5.9138	0.7441	3.6004	-0.0824	0.3274	0.1227	-0.4768	0.1906	-0.3941	-0.6405	0.2557	-0.1256	0.7413	-0.1342	0.1379	0.8768	-0.1472	0.624	32.1814	90.3321	50.3307
2	1.0914	0.0821	-1.8737	7.4203	-0.114	4.0877	0.0761	-0.3939	0.1418	0.821	-0.1135	-0.2693	0.4839	0.7621	-0.0159	0.6169	0.0755	-0.0641	0.8832	-0.1427	0.4888	30.1315	74.9721	58.6387
3	1.631	0.557	0.936	5.1345	0.9047	6.6847	0.0201	-0.0873	0.1487	0.1257	-0.0571	0.4114	-0.0525	-0.3305	0.0139	0.5409	0.054	0.0919	0.7626	-0.1311	0.6146	17.216	85.3774	66.4925
4	1.0094	-0.5997	-0.2308	4.5726	1.7964	2.3508	-0.2061	-0.1231	0.0693	0.8508	0.2349	0.2217	0.3043	0.0096	-0.0298	0.7855	0.0155	0.0932	1.0526	-0.1551	0.6466	19.2388	84.1964	72.9573
5	3.7751	0.2656	2.6866	7.1873	5.0148	8.1335	-0.3291	-0.1998	0.1537	1.0188	0.243	-0.1997	1.2485	0.9398	0.0731	0.7171	0.1035	-0.0362	0.749	-0.0656	0.7451	32.5907	62.9315	61.314
6	7.0341	-2.2272	-0.6838	9.7568	2.3687	7.6478	0.1492	0.4799	0.5944	-0.6627	-0.1604	0.2818	-1.1729	-0.1419	0.0194	0.5866	-0.0082	0.0088	0.6578	-0.0179	0.5504	15.7377	70.4682	18.8702
7	2.0325	0.7431	0.0984	3.267	1.6084	5.2012	0.1048	0.0542	0.1423	-0.042	-0.0846	0.0017	-0.2067	0.0272	-0.0197	0.4509	0.0792	0.0079	0.7623	-0.1152	0.5582	20.1565	56.6787	25.1763
8	6.4145	-4.2959	0.8187	7.0218	-0.5128	3.5262	-0.0895	-0.0945	-0.0334	0.1983	-0.0958	0.7367	-0.0181	-1.3461	0.1544	0.6743	0.0338	0.0917	1.1334	-0.1968	0.6281	5.6565	60.6792	42.2066
9	0.9458	-2.0354	-1.4745	6.0536	3.2065	5.6074	-0.3241	-0.2703	-0.0449	1.1291	0.2411	-0.0636	0.9035	0.4151	0.0323	0.5484	-0.1117	-0.0675	0.7633	-0.0902	0.6215	20.9282	42.4255	31.3454
10	1.9309	-0.7123	-0.4427	4.7086	0.4451	2.4456	-0.0128	0.5434	-0.0357	-0.4428	0.0004	-0.0403	-0.1512	0.1473	0.0078	0.4156	-0.086	0.0411	0.7666	-0.0463	0.4826	20.2188	33.5457	-12.0771
11	1.3287	-0.7727	0.5989	2.3153	0.7276	2.4007	-0.0046	-0.004	-0.0284	0.092	-0.0825	0.1962	0.0497	-0.4472	0.0788	0.4356	-0.1024	0.0774	0.7904	-0.0644	0.5054	7.8346	26.4249	3.0701
12	5.7282	-2.6667	1.3881	7.4636	-1.8482	1.9494	-0.103	0.797	0.3616	-0.8302	0.1305	-0.1604	0.0513	-0.3405	-0.0488	0.8666	-0.1724	0.1092	1.2729	-0.1422	0.6529	17.2064	10.1401	-44.1078
13	2.8493	0.2226	-0.4523	1.8218	-0.8049	2.7691	-0.1035	0.6978	-0.3597	-0.3401	0.1765	-0.2247	0.2752	0.0644	-0.0436	0.76	-0.0695	0.1241	1.1738	-0.3191	0.6938	22.8737	-1.8048	-34.3174
14	3.8285	-3.7401	-2.944	7.4164	0.7648	3.4206	0.3951	0.5465	-0.5922	-0.65	-0.1073	0.4299	0.3119	0.1212	-0.3318	0.7661	-0.1084	-0.047	1.0808	-0.3352	0.8082	0.6952	-5.6725	-25.8299
15	4.0809	-2.0434	0.2589	3.9777	-1.4198	4.3497	-0.3406	0.1741	-0.3481	0.0513	0.3603	0.4387	0.1257	-0.8621	0.0011	0.7341	-0.1778	0.0799	1.0841	-0.2383	0.6982	8.7322	-1.39	-20.9347
16	8.6243	-0.6301	-5.6729	4.0834	0.7195	3.6141	-0.3494	0.0408	-1.1368	0.2428	0.0063	-0.1167	0.6594	0.1951	0.1351	0.7807	0.1859	-0.0589	0.9818	-0.3012	0.8791	30.5703	-16.7721	-24.636
17	7.0581	-4.1053	0.4177	9.2826	2.6874	2.9873	-0.2939	-0.8463	-0.0168	1.4712	0.4767	-0.4383	0.4134	0.6863	-0.1841	1.3968	-0.1034	-0.1009	1.2943	-0.1871	0.8417	28.1318	93.8333	81.3785
18	0.5546	-0.4177	-0.4387	0.35	-0.0952	0.1759	0.0293	-0.1627	0.0042	0.763	0.4643	-0.6471	0.8411	0.8355	-0.5374	0.9044	0.0499	0.03	1.4892	-0.3892	1.0304	43.1746	28.4924	3.893
19	4.2913	1.2774	-0.9597	4.6142	0.2499	4.1709	-0.4469	0.9339	-0.4505	-0.3818	0.2359	-0.0247	1.4572	-0.6721	0.2386	1.5943	-0.2681	0.284	1.4451	-0.2221	0.8954	6.4896	55.6895	69.4556
20	3.8364	0.2825	5.3755	4.8009	-2.4222	9.9025	0.3374	-0.6976	0.2195	0.2326	-0.3324	-0.6168	-0.0693	1.1064	-0.0383	0.995	-0.0668	0.0035	1.5687	0.0465	0.9347	16.5614	65.348	102.4465
21	7.0014	0.4632	4.3838	4.2575	-1.526	3.8398	0.2756	-0.634	-0.9019	0.8739	-0.1594	-0.5794	0.205	0.622	-0.0906	1.3049	0.1376	0.153	1.3208	0.0625	0.9013	11.7858	53.2901	105.2486
22	3.0755	1.4368	-0.831	2.7678	0.132	4.8785	-0.4906	0.1934	-0.6899	0.1809	0.3801	-0.2864	1.7386	0.2617	0.1442	1.6791	0.2218	0.4188	1.065	0.0183	1.0307	-2.242	51.1165	99.2123
23	5.3647	0.7583	-1.9175	3.1392	1.8608	7.0971	-0.5923	-0.1366	-0.7173	-0.3772	0.5071	-0.3392	0.943	-0.3225	0.0051	1.2575	-0.0506	0.1428	0.9338	0.0484	0.73	1.0636	59.4093	87.4068
24	5.1974	-2.4285	-2.6437	4.3134	1.1046	6.7041	-0.4266	1.0192	-0.035	-0.018	0.3455	0.2126	0.0561	-0.4492	0.2723	0.6967	-0.082	0.1506	1.0434	-0.0986	0.8975	-8.2374	64.3728	79.0778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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