PDB-5s5k: Tubulin-Z2472938267-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5k

タイトル

Tubulin-Z2472938267-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5k.cif.gz	910.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5k.ent.gz	750.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5s5k_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5k_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5s5k_validation.xml.gz	80.5 KB	表示
CIF形式データ	5s5k_validation.cif.gz	106.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5k	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

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関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5s5q-d 4i4t-d 4tuy-d 5s5a-d 5s61-d 5nfz-d 5kx5-d 5ezy-d 5iyz-d 5s56-d 5m8d-d 5yl2-d 5m8g-d 5ca0-d 5yz3-d 5s4w-d 5s4q-d 5s4z-d 5lxt-d 7daf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.460, 160.780, 178.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 131分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-S6V / 1-[2-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)ethyl]-3-phenyl-urea 分子量: 247.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.41→73.28 Å / Num. obs: 115926 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.726 % / B_iso Wilson estimate: 74.921 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 10.62 / Num. measured all: 779690 / Scaling rejects: 182

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.41-2.47	6.959	2.641	0.75	59586	8591	8562	0.326	2.854	99.7
2.47-2.54	6.872	2.102	0.95	57218	8343	8326	0.425	2.275	99.8
2.54-2.61	6.711	1.586	1.25	54681	8167	8148	0.542	1.72	99.8
2.61-2.69	6.426	1.369	1.5	50835	7921	7911	0.616	1.491	99.9
2.69-2.78	6.603	0.998	2.02	50674	7682	7674	0.737	1.084	99.9
2.78-2.88	7.09	0.71	2.89	52797	7453	7447	0.854	0.766	99.9
2.88-2.99	7.045	0.538	3.76	50447	7168	7161	0.909	0.581	99.9
2.99-3.11	6.961	0.362	5.37	48242	6936	6930	0.954	0.392	99.9
3.11-3.25	6.905	0.267	7.06	45702	6630	6619	0.974	0.289	99.8
3.25-3.41	6.629	0.194	9	42199	6373	6366	0.985	0.211	99.9
3.41-3.59	6.35	0.144	11.55	38409	6060	6049	0.991	0.157	99.8
3.59-3.81	6.633	0.109	14.49	33318	5722	5023	0.994	0.118	87.8
3.81-4.07	6.693	0.081	18.91	32447	5433	4848	0.996	0.088	89.2
4.07-4.4	6.823	0.062	23.79	34424	5046	5045	0.998	0.067	100
4.4-4.82	6.608	0.05	28.13	30808	4668	4662	0.998	0.054	99.9
4.82-5.39	6.164	0.05	27.63	25977	4219	4214	0.998	0.054	99.9
5.39-6.22	6.792	0.05	29.25	25537	3761	3760	0.998	0.054	100
6.22-7.62	6.769	0.043	33.58	21687	3205	3204	0.998	0.047	100
7.62-10.78	6.137	0.035	40.41	15471	2527	2521	0.998	0.038	99.8
10.78-73.28	6.34	0.033	46.72	9231	1474	1456	0.999	0.036	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.41→73.28 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	5733	4.95 %
R_work	0.2143	110173	-
obs	0.216	115906	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 227.65 Å² / B_iso mean: 89.7992 Å² / B_iso min: 44.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.41→73.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17458	0	207	115	17780
B_iso mean	-	-	79.4	74.73	-
残基数	-	-	-	-	2207

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.41-2.44	0.3939	179	0.3808	3707	3886	100
2.44-2.47	0.3834	192	0.3675	3649	3841	100
2.47-2.5	0.4257	188	0.3579	3673	3861	100
2.5-2.53	0.3948	202	0.3677	3648	3850	100
2.53-2.56	0.3981	203	0.3581	3639	3842	100
2.56-2.6	0.3817	189	0.3475	3697	3886	100
2.6-2.63	0.3846	194	0.3475	3671	3865	100
2.63-2.67	0.3663	198	0.3332	3658	3856	100
2.67-2.71	0.3292	206	0.3278	3675	3881	100
2.71-2.76	0.3266	199	0.3056	3687	3886	100
2.76-2.81	0.3163	192	0.2915	3634	3826	100
2.81-2.86	0.3275	174	0.292	3734	3908	100
2.86-2.91	0.303	207	0.2776	3682	3889	100
2.91-2.97	0.2875	196	0.2682	3669	3865	100
2.97-3.04	0.2739	179	0.2625	3709	3888	100
3.04-3.11	0.3177	198	0.2667	3703	3901	100
3.11-3.18	0.2854	183	0.2538	3696	3879	100
3.18-3.27	0.3025	163	0.2488	3720	3883	100
3.27-3.37	0.3104	196	0.2419	3716	3912	100
3.37-3.48	0.2802	185	0.2293	3693	3878	100
3.48-3.6	0.2573	185	0.2297	3703	3888	100
3.6-3.74	0.2573	155	0.216	3079	3234	82
3.74-3.91	0.2639	173	0.2092	3197	3370	85
3.91-4.12	0.2253	198	0.1946	3691	3889	100
4.12-4.38	0.2184	217	0.1777	3744	3961	100
4.38-4.72	0.1778	182	0.1589	3761	3943	100
4.72-5.19	0.1843	196	0.168	3759	3955	100
5.19-5.94	0.2487	194	0.1947	3794	3988	100
5.94-7.49	0.2213	215	0.1994	3811	4026	100
7.49-73.28	0.1995	195	0.1644	3974	4169	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8593	-0.3066	-0.0453	5.4501	0.6746	3.1807	-0.0691	0.2117	0.1474	-0.6314	0.3274	-0.4578	-0.6773	0.3468	-0.2792	0.7758	-0.0955	0.1281	0.7338	-0.1827	0.6161	32.3359	91.1018	50.0579
2	6.4306	0.4543	-4.1243	2.7776	-2.1684	4.7395	-0.0011	-0.1297	0.1604	0.6074	-0.06	0.2062	0.2258	0.3378	0.0601	0.4728	0.093	-0.0755	0.5922	-0.1874	0.5475	30.0688	75.8096	58.4717
3	2.5683	0.7554	0.2447	3.8759	0.9301	6.2372	0.0202	-0.0918	0.0474	0.2058	-0.0328	0.3318	-0.0863	-0.443	0.0172	0.5632	0.0799	0.0502	0.5524	-0.1485	0.622	17.2414	86.4989	66.1434
4	1.3412	-1.0138	0.0081	8.0732	1.4894	2.2627	-0.1555	-0.078	0.0914	1.0037	0.1597	0.2543	0.0979	0.0031	-0.0101	0.6887	0.0198	0.1216	0.7136	-0.1432	0.624	19.157	85.3305	72.6557
5	3.0998	-0.3029	0.131	7.0366	4.5429	3.1712	-0.2172	-0.2618	-0.2752	1.0441	0.3799	-0.2303	1.4818	0.941	-0.2096	0.702	0.1338	-0.0725	0.6755	-0.1386	0.81	32.372	63.9033	61.2721
6	6.7699	-2.2408	-2.3461	3.9278	1.7716	7.0394	0.2125	0.0098	0.9955	-0.4535	-0.0921	0.1235	-1.2856	-0.2487	-0.087	0.7536	0.0442	-0.0214	0.5524	-0.0639	0.7313	15.9023	70.9573	18.7934
7	2.6618	0.2023	0.0821	2.1547	1.2593	3.8821	0.0462	-0.0287	0.1535	0.0125	-0.0608	0.081	-0.3497	-0.0276	0.0077	0.4287	0.0262	0.0217	0.5447	-0.1204	0.5392	20.1836	57.0793	25.0623
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9	1.1585	-1.5483	-1.2986	5.3768	3.1251	6.071	0.0016	-0.392	-0.0138	0.8153	0.0107	-0.0337	0.7101	0.392	-0.0469	0.4885	-0.0813	-0.0204	0.6355	-0.0594	0.6149	20.9814	42.4629	31.16
10	1.7604	-0.3493	-0.0255	3.1766	0.3215	1.9624	-0.0095	0.2639	0.0639	-0.2928	0.0306	-0.1177	-0.1029	0.1746	-0.0072	0.4911	-0.0462	0.0245	0.6741	-0.0631	0.5423	20.0941	34.1589	-12.1668
11	1.4973	-0.6662	-0.0998	1.9789	0.9917	2.2661	-0.024	-0.0021	0.0017	0.1181	-0.0812	0.2032	0.0407	-0.2367	0.1091	0.3675	-0.0845	0.0476	0.4995	-0.0571	0.4699	7.7396	26.971	3.0519
12	6.0161	-3.5152	0.2569	8.179	-0.3339	2.1119	-0.0283	0.9337	0.0979	-0.9596	0.0493	-0.0597	-0.1059	-0.3083	-0.0097	0.8241	-0.111	0.0463	1.1146	-0.1114	0.5032	17.1169	10.8921	-44.0488
13	2.2775	0.7026	-0.3595	2.2569	-0.1451	2.1545	-0.1389	0.6702	-0.2801	-0.3967	0.2101	-0.3282	0.2871	0.1552	-0.0784	0.6997	-0.0452	0.0765	0.9023	-0.2769	0.6818	22.7682	-1.1403	-34.427
14	2.2146	-1.3935	-2.1314	4.8214	1.7049	2.1134	0.2193	0.1743	-0.8871	-0.753	-0.3282	1.0109	0.1697	-0.7171	0.1195	0.8811	-0.1474	-0.0596	0.9005	-0.2507	0.7783	1.144	-4.9909	-25.5206
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16	8.7397	0.2285	-5.8573	3.2947	-0.492	7.2545	-0.1552	0.022	-0.8296	-0.1561	0.1092	-0.5116	0.6259	0.6704	0.0324	0.9205	0.1503	-0.0496	0.6902	-0.1796	0.8525	30.4442	-16.014	-24.9108
17	3.4255	-0.989	0.74	3.0081	1.2746	3.6596	0.1476	-0.175	0.5443	0.9792	0.0028	-0.1168	0.3218	-0.0173	-0.1422	1.0316	-0.089	-0.0437	0.8194	-0.2932	0.8097	27.9878	94.7512	81.0559
18	0.1613	-0.454	-0.8025	6.7991	6.8024	7.3342	-0.1883	-0.0227	-0.1091	0.9771	0.8866	-0.6137	1.0744	1.3276	-0.8176	0.6456	0.1317	-0.019	1.1264	-0.2432	0.9246	43.0172	29.1588	3.7129
19	4.497	1.3864	-1.4331	5.4641	-0.1128	3.8924	-0.3966	0.7938	-0.5509	-0.2537	0.225	0.107	1.1511	-0.6294	0.1668	1.3067	-0.1831	0.1582	1.088	-0.249	0.9073	6.346	56.9907	69.3275
20	6.6678	0.7753	4.3897	6.1268	-2.3755	4.4455	-0.1623	-0.7858	0.153	0.0835	-0.2282	-0.7383	0.0889	1.298	0.4066	1.0205	0.1368	0.0147	1.3531	-0.0157	0.9771	16.4409	66.6521	102.201
21	5.5712	1.1067	3.321	4.6736	-2.3365	7.368	0.3499	-0.2799	-0.605	0.7974	-0.5399	-0.5893	1.0719	1.4033	0.1805	1.2604	0.3297	0.1106	0.9874	0.1656	0.9217	11.5159	54.6696	105.0764
22	3.1702	1.3361	-1.0102	3.1196	-0.1751	4.0774	-0.2157	0.1122	-0.6297	0.695	0.3352	0.0681	0.7981	0.0006	-0.092	1.3961	0.0758	0.1802	0.8091	0.017	1.0884	-2.3956	52.518	99.0722
23	4.8883	0.9212	-2.9442	2.0082	-0.6387	7.0595	-0.4795	0.3991	-0.6759	-0.1668	0.461	-0.2613	0.6534	-0.1082	-0.0113	1.0189	0.0198	0.0702	0.6392	-0.0825	0.6993	0.9661	60.6974	87.2428
24	7.6282	-4.8851	-4.7039	5.8223	0.4972	7.5669	0.1784	1.3889	-0.7333	0.2954	0.275	0.4476	-0.0147	-1.5361	-0.377	0.8636	-0.1673	0.0833	1.2726	-0.0563	0.8248	-8.2074	65.6926	78.9177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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