[日本語] English
万見
- PDB-5mih: Crystal structure of the lectin LecA from Pseudomonas aeruginosa ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mih
タイトルCrystal structure of the lectin LecA from Pseudomonas aeruginosa in complex with a phenyl-epoxy-galactopyranoside
要素PA-I galactophilic lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / GALACTOSE BINDING PROTEIN / covalent lectin inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7NU / Chem-ETE / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wagner, S. / Hauk, D. / Hofmann, M. / Joachim, I. / Sommer, R. / Muller, R. / Imberty, A. / Varrot, A. / Titz, A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Covalent Lectin Inhibition and Application in Bacterial Biofilm Imaging.
著者: Wagner, S. / Hauck, D. / Hoffmann, M. / Sommer, R. / Joachim, I. / Muller, R. / Imberty, A. / Varrot, A. / Titz, A.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,52213
ポリマ－51,0814
非ポリマー1,4429
水12,268681
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.343, 73.771, 101.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 121 / Label seq-ID: 1 - 121

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
PA-I galactophilic lectin / PA-IL / Galactose-binding lectin


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N TERMINAL METHIONINE PROCESSED
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05097
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖
ChemComp-7NU / phenyl 6,7-anhydro-D-glycero-beta-D-galacto-heptopyranoside / Phenyl 6,7-dideoxy-6,7-epoxy-beta-D-galacto-heptopyranoside(6D) / phenyl 6,7-anhydro-D-glycero-beta-D-galacto-heptoside / phenyl 6,7-anhydro-D-glycero-D-galacto-heptoside / phenyl 6,7-anhydro-D-glycero-galacto-heptoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 268.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16O6
#4: 化合物 ChemComp-ETE / 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / テトラエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 208.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 % / 解説: parallelepipoid
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 25% peg 2KMME 100mM sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→27.3 Å / Num. obs: 36960 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/av σ(I): 14.4 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / CC1/2: 0.954 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDS2016データ削減
Aimless0.5.24データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OKO

1oko


解像度: 1.8→27.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.853 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19362 1907 5.2 %RANDOM
Rwork0.14853 ---
obs0.1509 35035 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å21.13 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→27.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3604 0 94 681 4379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.9475291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07638047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9575496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48325.928167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.40115528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.443158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2961.321972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2961.321971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8991.9712472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8981.9712473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8411.5311888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.841.5311889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8492.2232808
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.46817.5924542
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.19716.8114372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A73700.08
12B73700.08
21A74400.06
22C74400.06
31A73520.09
32D73520.09
41B74640.08
42C74640.08
51B75600.07
52D75600.07
61C73380.08
62D73380.08
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 128 -
Rwork0.198 2531 -
obs--96.76 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る