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万見
- PDB-4al9: Crystal structure of the lectin PA-IL from Pseudomonas aeruginoas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4al9
タイトルCrystal structure of the lectin PA-IL from Pseudomonas aeruginoas in complex with melibiose
要素PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / GALACTOSE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-melibiose / alpha-D-galactopyranose / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Blanchard, B. / Imberty, A. / Varrot, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Secondary Sugar Binding Site Identified for Leca Lectin from Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Blanchard, B. / Imberty, A. / Varrot, A.
履歴
登録2012年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32015年9月16日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
B: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
C: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
D: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
E: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
F: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
G: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
H: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,55829
ポリマ－102,1618
非ポリマー2,39621
水13,601755
1
A: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
B: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
C: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
D: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,08614
ポリマ－51,0814
非ポリマー1,00510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
F: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
G: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
H: PA-I GALACTOPHILIC LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,47215
ポリマ－51,0814
非ポリマー1,39111
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.070, 58.130, 75.940
Angle α, β, γ (deg.)101.13, 92.89, 100.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9865, -0.0824, -0.1414), (-0.0568, -0.638, 0.7679), (-0.1535, 0.7656, 0.6247)-40.63, -52.36, 21.23
2given(-0.9341, -0.3164, 0.1653), (-0.3172, 0.5234, -0.7908), (0.1637, -0.7912, -0.5893)-45.79, -28.48, -35.73
3given(0.9149, 0.4035, -0.0136), (0.4035, -0.9132, 0.0567), (0.0104, -0.0574, -0.9983)12.27, -58.61, -16.02
4given(-0.9799, 0.1022, 0.1712), (0.08604, -0.558, 0.8254), (0.1799, 0.8235, 0.538)-7.316, 0.6541, 0.5206
5given(-0.9223, 0.3375, -0.1882), (0.3513, 0.53, -0.7718), (-0.1607, -0.778, -0.6074)-9.065, -8.392, -18.78
6given(0.9058, -0.4237, 0.0016), (-0.4221, -0.9026, -0.0846), (0.0372, 0.0759, -0.9964)-2.679, -11.88, -18.52

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
PA-I GALACTOPHILIC LECTIN / PA-IL / GALACTOSE-BINDING LECTIN


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N TERMINAL METHIONINE PROCESSED / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05097

-
糖 , 2種, 8分子

#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose / alpha-melibiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-melibiose
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 768分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 15% PEG5KMME, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.6, 100MM KSCN, 20% GLYCEROL (ADDED FOR CRYPROTECTION)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30.95 Å / Num. obs: 76423 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 65.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OKO

1oko


解像度: 1.75→30.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.542 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21134 3824 5 %RANDOM
Rwork0.16659 ---
obs0.16881 72599 92.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.49 Å2-0.19 Å2
2--0.06 Å2-1.16 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7208 0 146 755 8109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.027627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.93910451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.872311939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0725988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92325.891331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.2061516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21156
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2442064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.24913
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.23849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.23749
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1040.230
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2930.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1720.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 175 -
Rwork0.23 3440 -
obs--58.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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