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- PDB-5lnu: Crystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1-I320 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lnu
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana Pdx1-I320 complex
要素Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
キーワードLYASE / beta/alpha barrel / pyridoxal phosphate synthase / glutamine amidotransferase / vitamin B6 biosythesis
機能・相同性
機能・相同性情報


response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / amino acid metabolic process / response to UV-B / response to salt stress ...response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / amino acid metabolic process / response to UV-B / response to salt stress / endomembrane system / response to oxidative stress / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4~{S})-4-azanyl-5-oxidanyl-pent-1-en-3-one / PHOSPHATE ION / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. ...Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. / Tews, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Diamond Light SourceFunding for PhD of M. Rodrigues 英国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
著者: Rodrigues, M.J. / Windeisen, V. / Zhang, Y. / Guedez, G. / Weber, S. / Strohmeier, M. / Hanes, J.W. / Royant, A. / Evans, G. / Sinning, I. / Ealick, S.E. / Begley, T.P. / Tews, I.
履歴
登録2016年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,08616
ポリマ－136,8614
非ポリマー1,22512
水18,6821037
1
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)414,25848
ポリマ－410,58412
非ポリマー3,67436
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area46770 Å2
ΔGint-466 kcal/mol
Surface area101750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.117, 178.117, 115.963
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / PLP synthase subunit PDX1.3


分子量: 34215.297 Da / 分子数: 4 / 断片: PLP synthase subunit Pdx1.3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PDX13, GIP2, PDX1L3, RSR4, At5g01410, T10O8.120 / プラスミド: pET-21a-d(+) / 詳細 (発現宿主): NdeI/XhoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8L940, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-KIK / (4~{S})-4-azanyl-5-oxidanyl-pent-1-en-3-one


分子量: 115.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1037 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.78 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH8.5, 0.13 M sodium acetate pH5.5, 12.25%(w/v) PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→52.2 Å / Num. obs: 141425 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 408071 / Scaling rejects: 240
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.73-1.762.90.4452078971320.8410.3160.5481.999.7
9.48-52.23.20.02128218770.9990.0130.02529.999.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.73→46.346 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1912 7069 5.01 %
Rwork0.1624 --
obs0.1638 141161 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.18 Å2 / Biso mean: 24.1782 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→46.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8289 0 68 1037 9394
Biso mean--30.33 33.81 -
残基数----1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81311535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1943194
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.73-1.74970.32612260.288445514777100
1.7497-1.77030.32300.280345514781100
1.7703-1.79180.28992240.279545044728100
1.7918-1.81450.31232440.262345224766100
1.8145-1.83840.27832340.252745644798100
1.8384-1.86360.27282450.24145274772100
1.8636-1.89020.28092330.232344694702100
1.8902-1.91840.25472590.22584500475999
1.9184-1.94840.25542320.21224490472299
1.9484-1.98040.25262290.2034512474199
1.9804-2.01450.24382470.19584442468999
2.0145-2.05110.2332240.19184481470598
2.0511-2.09060.23542230.18674436465998
2.0906-2.13330.21622150.18084410462596
2.1333-2.17960.20832140.17424256447094
2.1796-2.23030.20922450.164155440092
2.2303-2.28610.20432350.15894451468697
2.2861-2.34790.18932410.152644824723100
2.3479-2.4170.19122610.153345424803100
2.417-2.4950.18782510.15144824733100
2.495-2.58420.1942530.146445564809100
2.5842-2.68770.18682100.146445574767100
2.6877-2.810.16082390.138545194758100
2.81-2.95810.17012470.146645384785100
2.9581-3.14340.18482320.14745384770100
3.1434-3.3860.17842560.145544634719100
3.386-3.72660.14942310.13554508473999
3.7266-4.26550.1471990.12374098429790
4.2655-5.37290.1292350.12714470470599
5.3729-46.36250.16632550.151545184773100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98990.2051-0.20440.9297-0.1190.30260.0275-0.1921-0.0880.1738-0.0349-0.0533-0.01870.02980.01070.17020.0017-0.03620.14650.02930.144322.3963-32.8653-10.3939
20.70960.0397-0.08520.2016-0.08252.04770.03260.0388-0.08760.0339-0.0216-0.01460.0504-0.0049-0.02030.1090.0051-0.00430.06670.01720.130813.4691-35.6848-29.2678
32.53760.07850.01242.9736-0.17412.2794-0.0064-0.2469-0.00350.31960.06050.1759-0.1151-0.1023-0.04260.15670.03830.01180.12830.0560.15692.6119-39.0671-8.2565
41.3595-0.2535-0.03111.23710.01090.5934-0.0821-0.2654-0.13050.24350.10650.16050.0603-0.0522-0.02090.17460.02610.03480.14760.06860.1794-17.3881-35.7259-10.4415
50.6592-0.21190.00360.36220.01591.1494-0.0249-0.0264-0.12510.01250.00760.09710.0218-0.04710.00290.0908-0.00420.01140.09860.01740.1611-23.8263-30.0147-29.0418
63.4684-0.69120.41981.90830.46883.08170.0026-0.3483-0.01250.2620.07630.1533-0.1061-0.0195-0.06330.18410.00830.08250.14180.05510.1903-32.3849-21.933-8.3803
71.5067-0.46410.06611.08390.2660.89180.07610.3913-0.224-0.2323-0.05260.05220.05850.0041-0.01270.1706-0.0006-0.03370.246-0.09130.1893-16.9749-35.8611-66.7194
80.8863-0.1206-0.17580.3768-0.28941.33070.02950.1313-0.1236-0.0467-0.03550.00580.01880.0423-0.00550.10650.0089-0.00320.1076-0.0470.151-7.839-35.6671-48.9831
92.1854-0.028-1.65131.00640.45994.14170.03850.3617-0.163-0.22070.0434-0.0851-0.0448-0.0058-0.0380.14980.0108-0.0280.1797-0.08960.20490.0492-40.0751-63.0601
101.62750.5132-0.0361.09350.00450.5324-0.09880.3646-0.1062-0.29830.0701-0.0841-0.0404-0.04970.03120.20860.02330.0350.2159-0.05790.147522.2712-32.6853-66.6643
110.49960.3905-0.10110.6179-0.32381.6616-0.00840.1013-0.0571-0.0538-0.0039-0.043-0.0744-0.01120.00230.08910.03390.03070.1074-0.01980.145527.2979-23.9641-48.8265
121.34950.546-1.17151.4656-0.96783.08230.0420.28280.0574-0.27330.0704-0.1033-0.0583-0.174-0.07050.17780.03860.04990.1601-0.04090.191934.6453-20.0772-62.7114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 22:138)A22 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 139:226)A139 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 227:298)A227 - 298
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 21:136)B21 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 137:225)B137 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 226:298)B226 - 298
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 22:136)C22 - 136
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 137:206)C137 - 206
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 207:297)C207 - 297
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 23:138)D23 - 138
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 139:205)D139 - 205
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 206:297)D206 - 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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