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- PDB-5llm: Structure of the thermostabilized EAAT1 cryst mutant in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5llm
タイトルStructure of the thermostabilized EAAT1 cryst mutant in complex with L-ASP and the allosteric inhibitor UCPH101
要素Excitatory amino acid transporter 1,Neutral amino acid transporter B(0),Excitatory amino acid transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / excitatory amino acid transporter 1 / human glutamate transporter / SLC1A3 / UCPH101
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC1A3 causes episodic ataxia 6 (EA6) / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / auditory behavior / membrane protein complex / neurotransmitter uptake / cranial nerve development / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / glutamine secretion / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity ...Defective SLC1A3 causes episodic ataxia 6 (EA6) / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / auditory behavior / membrane protein complex / neurotransmitter uptake / cranial nerve development / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / glutamine secretion / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamine import across plasma membrane / L-glutamate import / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / ligand-gated channel activity / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / D-aspartate import across plasma membrane / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate import across plasma membrane / transepithelial transport / symporter activity / intracellular sodium ion homeostasis / neurotransmitter transport / cellular response to cocaine / antiporter activity / glutamate binding / amino acid transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein homotrimerization / neuromuscular process controlling balance / RHOH GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / response to light stimulus / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of synaptic transmission / monoatomic ion transport / basal plasma membrane / chloride transmembrane transport / potassium ion transmembrane transport / RAC1 GTPase cycle / erythrocyte differentiation / sensory perception of sound / response to wounding / virus receptor activity / melanosome / signaling receptor activity / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / neuronal cell body / synapse / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / : / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Z6 / ASPARTIC ACID / Excitatory amino acid transporter 1 / Neutral amino acid transporter B(0)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Canul-Tec, J. / Assal, R. / Legrand, P. / Reyes, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ERC Starting Grant309657 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure and allosteric inhibition of excitatory amino acid transporter 1.
著者: Canul-Tec, J.C. / Assal, R. / Cirri, E. / Legrand, P. / Brier, S. / Chamot-Rooke, J. / Reyes, N.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excitatory amino acid transporter 1,Neutral amino acid transporter B(0),Excitatory amino acid transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0914
ポリマ－56,5121
非ポリマー5793
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.270, 123.270, 89.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Excitatory amino acid transporter 1,Neutral amino acid transporter B(0),Excitatory amino acid transporter 1 / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 1 / GLAST-1 / Solute carrier family 1 member 3 / ...Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 1 / GLAST-1 / Solute carrier family 1 member 3 / ATB(0) / Baboon M7 virus receptor / RD114/simian type D retrovirus receptor / Sodium-dependent neutral amino acid transporter type 2 / Solute carrier family 1 member 5 / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 1 / GLAST-1 / Solute carrier family 1 member 3


分子量: 56512.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SLC1A3, EAAT1, GLAST, GLAST1, SLC1A5, ASCT2, M7V1, RDR, RDRC
プラスミド: pCDNA3 / Cell (発現宿主): embryonic / 細胞株 (発現宿主): HEK-293.2sus / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic kidney / 参照: UniProt: P43003, UniProt: Q15758
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#4: 化合物 ChemComp-6Z6 / 2-Amino-5,6,7,8-tetrahydro-4-(4-methoxyphenyl)-7-(naphthalen-1-yl)-5-oxo-4H-chromene-3-carbonitrile


分子量: 422.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 28% PEG 400, 100 mM Tris pH 8.2, 50 mM Calcium chloride, 50 mM barium chloride
PH範囲: 8.0 - 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射モノクロメーター: channel cut monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→45.89 Å / Num. obs: 12338 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.1 % / Biso Wilson estimate: 135.93 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 3.25→3.34 Å / 冗長度: 26.9 % / Rmerge(I) obs: 6.772 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / CC1/2: 0.22 / Rpim(I) all: 1.333 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSMay 1, 2016 BUILT=20160517データ削減
XSCALEMay 1, 2016 BUILT=20160517データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NWX

2nwx


解像度: 3.25→34.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8695 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8651 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.446
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 474 4.79 %RANDOM
Rwork0.2194 ---
obs0.2204 9888 80.18 %-
原子変位パラメータBiso mean: 130.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8862 Å20 Å20 Å2
2--4.8862 Å20 Å2
3----9.7723 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.466 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.25→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3027 0 42 0 3069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.064223HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1059SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes476HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3108HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion433SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3888SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.63 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 58 4.25 %
Rwork0.2036 1307 -
all0.2047 1365 -
obs--39.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5586-0.3130.05662.45790.00923.0567-0.02470.0534-0.3764-0.1129-0.0889-0.1520.65010.45540.1136-0.02870.07740.0036-0.1596-0.013-0.4171-54.2504446.0964-4.1214
25.5903-0.7952-0.35433.21220.74521.1273-0.06870.4068-0.4134-0.06540.02-0.76770.38570.78460.0487-0.08390.29150.07220.04950.0887-0.3181-37.801442.1112-5.0307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|37 - 111 A|171 - 283}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|112 - 147 A|291 - 487}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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