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- PDB-5lm4: Structure of the thermostalilized EAAT1 cryst-II mutant in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lm4
タイトルStructure of the thermostalilized EAAT1 cryst-II mutant in complex with L-ASP and the allosteric inhibitor UCPH101
要素Excitatory amino acid transporter 1,Neutral amino acid transporter B(0),Excitatory amino acid transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / excitatory amino acid transporter 1 / human glutamate transporter / SLC1A3 / UCPH101
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC1A3 causes episodic ataxia 6 (EA6) / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / neurotransmitter uptake / cranial nerve development / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / glutamine secretion / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / L-glutamine import across plasma membrane / L-glutamine transmembrane transporter activity ...Defective SLC1A3 causes episodic ataxia 6 (EA6) / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / neurotransmitter uptake / cranial nerve development / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / glutamine secretion / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / L-glutamine import across plasma membrane / L-glutamine transmembrane transporter activity / glutamine transport / L-serine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / auditory behavior / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate import across plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / symporter activity / transepithelial transport / intracellular sodium ion homeostasis / cellular response to cocaine / antiporter activity / glutamate binding / neurotransmitter transport / amino acid transport / protein homotrimerization / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / neuromuscular process controlling balance / RHOH GTPase cycle / response to light stimulus / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of synaptic transmission / transport across blood-brain barrier / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / RAC1 GTPase cycle / chloride transmembrane transport / erythrocyte differentiation / basal plasma membrane / sensory perception of sound / response to wounding / centriolar satellite / melanosome / signaling receptor activity / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / neuron projection / ciliary basal body / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / neuronal cell body / synapse / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / : / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Z6 / ASPARTIC ACID / Excitatory amino acid transporter 1 / Neutral amino acid transporter B(0)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Canul-Tec, J. / Assal, R. / Legrand, P. / Reyes, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
ERC starting grant309657 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure and allosteric inhibition of excitatory amino acid transporter 1.
著者: Canul-Tec, J.C. / Assal, R. / Cirri, E. / Legrand, P. / Brier, S. / Chamot-Rooke, J. / Reyes, N.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excitatory amino acid transporter 1,Neutral amino acid transporter B(0),Excitatory amino acid transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0394
ポリマ－56,4601
非ポリマー5793
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.110, 123.110, 89.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Excitatory amino acid transporter 1,Neutral amino acid transporter B(0),Excitatory amino acid transporter 1 / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 1 / GLAST-1 / Solute carrier family 1 member 3 / ...Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 1 / GLAST-1 / Solute carrier family 1 member 3 / ATB(0) / Baboon M7 virus receptor / RD114/simian type D retrovirus receptor / Sodium-dependent neutral amino acid transporter type 2 / Solute carrier family 1 member 5 / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 1 / GLAST-1 / Solute carrier family 1 member 3


分子量: 56460.324 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 1-149,UNP residues 158-230,UNP residues 243-542
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SLC1A3, EAAT1, GLAST, GLAST1, SLC1A5, ASCT2, M7V1, RDR, RDRC
プラスミド: pcDNA3 / Cell (発現宿主): embrionic / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embrionic kidney / 参照: UniProt: P43003, UniProt: Q15758
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4
#4: 化合物 ChemComp-6Z6 / 2-Amino-5,6,7,8-tetrahydro-4-(4-methoxyphenyl)-7-(naphthalen-1-yl)-5-oxo-4H-chromene-3-carbonitrile


分子量: 422.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 28% PEG 400, 100 mM Tris pH 8.2, 50 mM Calcium chloride, 50 mM Barium Chloride
PH範囲: 8.0 - 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月6日
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45.82 Å / Num. all: 290672 / Num. obs: 14115 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 121.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.68 Å / 冗長度: 21.2 % / Rmerge(I) obs: 6.71 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.434 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSVERSION May 1, 2016 BUILT=20160517データ削減
XSCALEVERSION May 1, 2016 BUILT=20160517データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NWX

2nwx


解像度: 3.1→45.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7792 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.444
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 528 4.92 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2188 10725 75.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 111.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.8649 Å20 Å20 Å2
2--4.8649 Å20 Å2
3----9.7298 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2959 0 42 0 3001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013037HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.124127HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1038SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes465HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3037HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion425SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3874SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.47 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 64 5.08 %
Rwork0.1951 1196 -
all0.1975 1260 -
obs--31.65 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -468.133 Å / Origin y: 289.3662 Å / Origin z: 4.302 Å
111213212223313233
T-0.3258 Å2-0.0982 Å2-0.0199 Å2-0.127 Å20.0768 Å2---0.3757 Å2
L2.7422 °20.0453 °2-0.0679 °2-2.1312 °20.111 °2--3.6344 °2
S-0.113 Å °0.1016 Å °0.2185 Å °-0.0234 Å °-0.0348 Å °-0.6523 Å °-0.2443 Å °1.0947 Å °0.1478 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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