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- PDB-5llf: Structure of Polyphosphate Kinase 2 mutant D117N from Francisella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5llf
タイトルStructure of Polyphosphate Kinase 2 mutant D117N from Francisella tularensis with polyphosphate
要素Polyphosphate kinase 2
キーワードTRANSFERASE / Polyphosphate kinase / polyphosphate metabolism / nucleotide metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorus metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / polyphosphate kinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyphosphate kinase 2, PA0141 / Polyphosphate phosphotransferase / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6YW / Chem-6YX / Chem-6YY / PHOSPHATE ION / ADP/GDP-polyphosphate phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Roach, P.L. / Parnell, A.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
DTRAHDTRA-11-1-007 米国
引用
ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Substrate recognition and mechanism revealed by ligand-bound polyphosphate kinase 2 structures.
著者: Parnell, A.E. / Mordhorst, S. / Kemper, F. / Giurrandino, M. / Prince, J.P. / Schwarzer, N.J. / Hofer, A. / Wohlwend, D. / Jessen, H.J. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Oyston, P.C.F. / Andexer, J.N. / Roach, P.L.
#1: ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2016
タイトル: Biochemical and structural characterization of polyphosphate kinase 2 from the intracellular pathogen Francisella tularensis.
著者: Batten, L.E. / Parnell, A.E. / Wells, N.J. / Murch, A.L. / Oyston, P.C. / Roach, P.L.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyphosphate kinase 2
B: Polyphosphate kinase 2
C: Polyphosphate kinase 2
D: Polyphosphate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,66516
ポリマ－128,5364
非ポリマー4,12812
水4,414245
1
A: Polyphosphate kinase 2
B: Polyphosphate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5867
ポリマ－64,2682
非ポリマー2,3175
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Polyphosphate kinase 2
D: Polyphosphate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0799
ポリマ－64,2682
非ポリマー1,8117
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.440, 165.940, 255.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Polyphosphate kinase 2


分子量: 32134.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
遺伝子: ppk2, FTT_1564, BZ14_1190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5NEQ5, ATP-polyphosphate phosphotransferase

-
非ポリマー , 6種, 257分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-6YX / [oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 1937.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H26O73P24
#4: 化合物 ChemComp-6YY / bis[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] hydrogen phosphate


分子量: 897.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H13O34P11
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-6YW / [oxidanyl-[oxidanyl-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxy-phosphoryl]oxy-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 497.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H8O19P6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32.5 % MPD/PEG100/PEG3350, 0.1 M Bicine/Trizma base pH 8.5, 0.09 M NPS, 0.5 mM polyP, 2.5 mM AMPPCH2P

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→69.57 Å / Num. obs: 68434 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YEG

4yeg


解像度: 2.31→69.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2472 -4.99 %
Rwork0.1978 --
obs0.2002 68367 99.44 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→69.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8841 0 208 245 9294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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