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Yorodumi- PDB-5lch: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with (S)-1-allyl-2-(3-met... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lch | ||||||
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Title | VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with (S)-1-allyl-2-(3-methoxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid (compound 42) | ||||||
Components | Metallo-beta-lactamase VIM-2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.94 Å | ||||||
Authors | Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2017 Title: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors. Authors: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5lch.cif.gz | 108.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5lch.ent.gz | 82.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5lch.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5lch_validation.pdf.gz | 803.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5lch_full_validation.pdf.gz | 804.9 KB | Display | |
Data in XML | 5lch_validation.xml.gz | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5lch_validation.cif.gz | 19.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lch | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5lcaC 5lcfC 5le1C 5lm6C 4c1dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28352.836 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: (S)-1-allyl-2-(3-methoxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Plasmid: OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / Details (production host): PLASMID DERIVED NON-GENOMIC Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q9K2N0 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-6TU / ( | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M Magnesium Formate, 24.5% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 1 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, 5 mM (S)-1-allyl-2-(3-methoxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid, 16 mg/mL protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.542 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: May 25, 2016 / Details: OSMIC HF | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→20.17 Å / Num. obs: 15884 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 10.17 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 49856 / Scaling rejects: 13 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4C1D Resolution: 1.94→20.165 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 14.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 54.12 Å2 / Biso mean: 13.5849 Å2 / Biso min: 3.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.94→20.165 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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