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万見
- PDB-5lcf: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 3-oxo-2-phenylisoind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lcf
タイトルVIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 3-oxo-2-phenylisoindoline-4-carboxylic acid (compound 30)
要素Metallo-beta-lactamase VIM-2
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6TJ / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors.
著者: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2016年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9457
ポリマ－28,3531
非ポリマー5936
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.460, 65.637, 70.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Beta-lactamase / Beta-lactamase VIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 ...Beta-lactamase / Beta-lactamase VIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase vim-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein


分子量: 28352.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
プラスミド: OPINF / 詳細 (発現宿主): PLASMID DERIVED NON-GENOMIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: Q9K2N0

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非ポリマー , 5種, 253分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-6TJ / 3-oxidanylidene-2-phenyl-1~{H}-isoindole-4-carboxylic acid


分子量: 253.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11NO3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Magnesium Formate, 21% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 5 mM 3-oxo-2-phenylisoindoline-4-carboxylic acid, 16 mg/mL protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月13日 / 詳細: OSMIC HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 16377 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 14.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.06 / Net I/av σ(I): 26.418 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 110191
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.86-1.935.70.163197.9
1.93-26.80.135199.9
2-2.096.90.113199.6
2.09-2.216.90.1199.8
2.21-2.346.90.088199.9
2.34-2.526.90.0781100
2.52-2.786.90.0661100
2.78-3.186.90.0541100
3.18-4.016.90.0431100
4.01-506.50.034198.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.8 Å24.05 Å
Translation5.8 Å24.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
CrystalClearデータ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C1D

4c1d


解像度: 1.86→24.055 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1642 1623 9.94 %
Rwork0.1266 --
obs0.1303 16334 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.86 Å2 / Biso mean: 15.2723 Å2 / Biso min: 5.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→24.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1653 0 34 249 1936
Biso mean--23.83 27.55 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7712378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6671000
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8601-1.91480.19841310.1551171130298
1.9148-1.97660.16221270.13051201132899
1.9766-2.04720.1861230.112112141337100
2.0472-2.12910.15761450.110112041349100
2.1291-2.2260.16481370.116711981335100
2.226-2.34320.17281280.118712291357100
2.3432-2.48990.18711340.116112101344100
2.4899-2.68190.15811400.123512311371100
2.6819-2.95140.15911390.13312201359100
2.9514-3.37740.15891400.121112521392100
3.3774-4.25140.1371310.117112521383100
4.2514-24.05670.17471480.152513291477100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.92280.756-0.0732.59990.34762.53940.02530.0750.068-0.19770.0125-0.005-0.06720.0795-0.03330.07160.02030.01010.07470.00720.0317-36.51783.76667.3047
20.81920.08040.245.50595.54475.615-0.03090.09430.0986-0.290.0142-0.0393-0.2738-0.12660.01130.10060.0142-0.0070.09970.0350.0704-43.467385.76721.6057
31.82750.04760.27440.79770.08660.99220.0289-0.1636-0.05480.0661-0.0198-0.02370.0546-0.0009-0.00440.08430.00250.00470.07080.0120.0536-34.532579.763620.0582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 88 )A40 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 102 )A89 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 260 )A103 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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