PDB-5k8v: Crystal Structure of Mus musculus Protein Arginine Methyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k8v

タイトル

Crystal Structure of Mus musculus Protein Arginine Methyltransferase 4 (CARM1 130-487) with CP1

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural studies of protein arginine methyltransferase 2 reveal its interactions with potential substrates and inhibitors.
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Troffer-Charlier, N. / Strub, J.M. / van Haren, M.J. / Martin, N.I. / Cianferani, S. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年1月18日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k8v.cif.gz	799.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k8v.ent.gz	681.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5k8v_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k8v_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5k8v_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	5k8v_validation.cif.gz	75 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/5k8v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5fubC 5fulC 5fwaC 5fwdC 5g02C 5jmqC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s7c-d 2y1w-d 5ish-d 5k8x-d 5lv3-d 5lv2-2 5tbj-d 6s77-d 5is6-d 5lv2-1 6s70-d 6s79-d 5isg-d 5tbi-d 5is9-d 5tbh-d 5isd-d 6s7a-d 6s71-d 5isa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.084, 98.094, 206.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-732- HOH
2	1	A-762- HOH
3	1	A-763- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 614分子

#2: 化合物	ChemComp-6RE / [[2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]ethylamino]-azanyl-methylidene]azanium 分子量: 323.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM, PEG 2000 MME 15 %, NaCl 100 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→47.72 Å / Num. obs: 73068 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 29.61 Å² / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.282 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 2.132 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2386: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.25→47.716 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	3600	4.93 %	Random selection
R_work	0.1924	-	-	-
obs	0.1945	72983	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10989	0	170	596	11755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11432
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477	15462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.37	6762
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1688
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2022

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2501-2.2797	0.322	133	0.3002	2577	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2797-2.3109	0.323	120	0.2948	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3109-2.3439	0.2986	128	0.2831	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3439-2.3789	0.3288	132	0.2758	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3789-2.4161	0.3129	147	0.2743	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4161-2.4557	0.3193	143	0.266	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4557-2.498	0.304	129	0.2594	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.498-2.5434	0.281	136	0.2468	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5434-2.5924	0.285	136	0.253	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5924-2.6453	0.2897	140	0.2393	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6453-2.7028	0.2728	147	0.2273	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7028-2.7656	0.2719	117	0.2166	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7656-2.8348	0.292	143	0.2233	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8348-2.9114	0.28	140	0.2108	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9114-2.9971	0.2409	123	0.2082	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9971-3.0938	0.251	155	0.2029	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0938-3.2044	0.2626	141	0.1972	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2044-3.3326	0.2216	133	0.1873	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3326-3.4843	0.2286	124	0.1779	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4843-3.6679	0.2155	138	0.1594	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6679-3.8976	0.211	157	0.1543	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8976-4.1984	0.1745	146	0.1374	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1984-4.6206	0.1592	138	0.1267	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6206-5.2884	0.1771	134	0.1296	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2884-6.66	0.1981	152	0.1785	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-47.727	0.2198	168	0.1966	2857	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4886	-0.3393	-0.0762	1.2357	-0.0453	2.1876	0.0358	-0.2083	0.1701	0.0945	-0.0286	0.0153	-0.1297	-0.0196	0.0003	0.2721	-0.0573	0.0252	0.2457	-0.072	0.2599	55.4521	40.3119	132.8532
2	1.1105	0.3285	0.3688	0.0051	0.1736	0.2866	0.1175	-0.0481	-0.0751	0.0888	-0.0526	0.0496	0.0202	0.0821	0	0.2136	-0.0077	0.0206	0.198	0.0026	0.2948	48.1132	11.8896	118.9685
3	0.6915	0.249	-0.124	1.9117	0.3921	1.2165	0.0171	-0.1102	-0.1049	-0.0527	-0.0063	-0.0402	0.0522	0.0056	-0	0.1749	-0.0188	0.0338	0.2416	-0.0021	0.2346	60.6388	19.225	118.8578
4	1.0208	-0.4313	-0.7913	1.1581	0.5346	2.212	0.0723	0.0719	0.0631	-0.0169	0.0464	-0.009	-0.2118	-0.0996	0.0088	0.2109	0.0338	0.0151	0.1636	0.0175	0.2487	19.1517	19.9093	114.6272
5	0.8299	0.4002	0.2103	0.1038	0.0922	0.0449	0.346	-0.3109	-0.0994	0.1729	-0.2072	-0.0432	0.1305	0.1578	-0.0029	0.3924	-0.0595	0.0307	0.5012	-0.0034	0.2866	38.6514	29.4072	148.1567
6	0.9305	0.169	-0.1133	1.1013	1.1412	1.2296	0.1182	-0.2152	0.1809	0.1014	-0.1028	-0.1295	0.1649	-0.0563	0.0001	0.2524	0.0066	0.0729	0.3003	0.0096	0.3373	17.3278	21.8271	137.5508
7	1.6011	0.1238	0.1534	0.5807	0.4281	1.7811	0.1716	-0.3392	-0.0233	0.1455	-0.0642	-0.0411	-0.0312	-0.0428	0	0.2814	-0.0034	0.0126	0.2742	0.04	0.2465	17.1453	22.5747	139.8878
8	0.7995	0.1053	0.8032	0.4858	-0.0391	0.8199	0.0454	-0.3263	-0.0904	0.016	-0.0177	-0.3214	0.0109	0.4623	-0	0.3713	-0.0282	0.059	0.4287	-0.0539	0.4345	24.7572	30.0571	141.4884
9	1.8744	0.0902	-0.3964	1.1858	-0.4074	1.6645	0.0227	0.0817	0.0733	-0.0257	0.0227	0.0279	-0.1169	0.0185	0	0.3749	0.0395	0.0013	0.3182	0.0028	0.2603	23.2224	42.3958	174.8688
10	0.6036	-0.0203	0.2829	0.4483	-0.2436	0.2178	0.038	0.0641	-0.2113	0.018	0.0355	0.2532	-0.0443	-0.0433	-0	0.2942	0.0297	0.0124	0.3185	-0.0094	0.2718	26.1708	21.154	190.1203
11	0.8787	-0.1063	-0.1269	1.5344	-0.3645	1.3082	-0.0254	0.098	-0.2815	0.0853	0.0197	0.2884	0.0555	-0.0284	0	0.2907	0.0187	0.051	0.3479	-0.0134	0.3942	16.2438	20.2346	190.0563
12	1.1809	0.4831	-0.3877	1.625	-0.0998	1.2335	0.0339	-0.0889	-0.1081	0.0372	-0.0417	-0.1568	-0.015	0.0674	0	0.3032	-0.0059	-0.0228	0.3019	0.0058	0.2841	57.4834	18.0886	194.996
13	0.8811	-0.6243	-0.0514	0.3591	0.1239	0.0182	0.2051	0.3468	-0.2289	-0.0658	-0.1976	0.0524	0.1399	-0.1013	-0.0007	0.4582	0.0308	0.0329	0.4891	-0.0548	0.3291	39.8249	28.207	162.9546
14	0.5317	-0.1193	-0.2988	0.2698	-0.2845	0.6488	0.0211	0.1739	-0.0746	-0.1395	-0.0861	0.0306	0.0557	0.382	-0	0.4458	0.0086	0.0041	0.4456	-0.0234	0.4196	63.8492	23.224	174.5083
15	0.9145	0.0316	0.3989	0.5187	0.2058	0.8191	0.0655	0.2336	-0.2113	-0.12	-0.0982	-0.0849	0.0545	0.134	-0	0.3955	0.0684	0.0307	0.4277	-0.0986	0.3258	58.6446	17.5171	169.1486
16	0.5609	-0.1032	0.3541	0.2079	0.2621	0.688	0.0616	0.2814	-0.1928	-0.0243	-0.1657	0.0883	0.0132	-0.1955	-0	0.3934	0.0338	0.0307	0.4489	-0.0321	0.3212	55.0646	29.899	167.8745

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 135:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:477)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:477)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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