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- PDB-5ji8: Crystal structure of the BRD9 bromodomain and hit 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ji8
タイトルCrystal structure of the BRD9 bromodomain and hit 1
要素Bromodomain-containing protein 9
キーワードPROTEIN BINDING / BRD9 / bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II ...GBAF complex / SWI/SNF complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of cell differentiation / lysine-acetylated histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3512 / Domain of unknown function (DUF3512) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-1,3-benzothiazole-6-carboxamide / Bromodomain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Wang, N. / Li, F. / Bao, H. / Li, J. / Wu, J. / Ruan, K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: NMR Fragment Screening Hit Induces Plasticity of BRD7/9 Bromodomains
著者: Wang, N. / Li, F. / Bao, H. / Li, J. / Wu, J. / Ruan, K.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2502
ポリマ－13,0571
非ポリマー1931
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)24.498, 34.090, 39.519
Angle α, β, γ (deg.)70.090, 75.280, 73.240
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 9 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.8


分子量: 13057.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 137-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD9, UNQ3040/PRO9856
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H8M2
#2: 化合物 ChemComp-6KT / 2-amino-1,3-benzothiazole-6-carboxamide


分子量: 193.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N3OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 0.1M Bis-Tris PH6.4, 27% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 20295 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 13.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/av σ(I): 15.305 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.42-1.442.40.202193
1.44-1.472.40.172192.6
1.47-1.52.30.149193.7
1.5-1.532.40.138192.5
1.53-1.562.30.127192.8
1.56-1.62.20.114193.7
1.6-1.642.30.108194.6
1.64-1.682.40.101194.8
1.68-1.732.40.092194.6
1.73-1.792.30.079195.3
1.79-1.852.20.076194.2
1.85-1.932.20.074195.2
1.93-2.012.40.069195.7
2.01-2.122.40.062195.4
2.12-2.252.40.062196.2
2.25-2.432.20.055196.3
2.43-2.672.40.052196.9
2.67-3.062.40.048197.5
3.06-3.852.20.044197.1
3.85-502.40.04196.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HME

3hme


解像度: 1.42→28.107 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 19.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1704 918 4.98 %
Rwork0.1497 --
obs0.1507 18442 86.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 52 Å2 / Biso mean: 22.0771 Å2 / Biso min: 6.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→28.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数803 0 20 156 979
Biso mean--31.84 29.41 -
残基数----100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9071149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.624318
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4205-1.49540.2166700.1871590166055
1.4954-1.58910.1899970.15862151224874
1.5891-1.71170.18291510.14862647279891
1.7117-1.8840.16651570.152774293195
1.884-2.15650.16741280.14342746287495
2.1565-2.71660.18041380.15032841297997
2.7166-28.11250.16231770.14812775295297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.8912 Å / Origin y: 0.7266 Å / Origin z: 1.3584 Å
111213212223313233
T0.0752 Å20.0092 Å2-0.0054 Å2-0.0872 Å20.0282 Å2--0.0686 Å2
L4.0718 °20.2847 °2-0.5373 °2-2.8556 °20.349 °2--2.2993 °2
S-0.0688 Å °-0.1772 Å °0.0807 Å °0.0031 Å °0.0438 Å °0.0326 Å °0.0778 Å °0.0149 Å °0.0232 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA139 - 238
2X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 169
3X-RAY DIFFRACTION1allB0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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