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- PDB-5fpy: Structure of hepatitis C virus (HCV) full-length NS3 complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fpy
タイトルStructure of hepatitis C virus (HCV) full-length NS3 complex with small-molecule ligand 5-bromo-1-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid (AT21457) in an alternate binding site.
要素SERINE PROTEASE NS3
キーワードHYDROLASE / HEPATITIS C VIRUS / HCV / NS3 COMPLEX / PROTEASE-HELICASE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / FRAGMENT SCREENING / ALTERNATE BINDING SITE / AT21457.
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA Helicase; Chain A, domain 3 / RNA Helicase Chain A , domain 3 / Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...RNA Helicase; Chain A, domain 3 / RNA Helicase Chain A , domain 3 / Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-bromo-1-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Davies, T.G. / Jhoti, H. / Ludlow, R.F. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Verdonk, M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Detection of Secondary Binding Sites in Proteins Using Fragment Screening.
著者: Ludlow, R.F. / Verdonk, M.L. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Jhoti, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Molecular Views of Viral Polyprotein Processing Revealed by the Crystal Structure of the Hepatitis C Virus Bifunctional Protease-Helicase.
著者: Yao, N. / Reichert, P. / Taremi, S.S. / Prosise, W.W. / Weber, P.C.
#2: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Discovery of an Allosteric Mechanism for the Regulation of Hcv Ns3 Protein Function.
著者: Saalau-Bethell, S.M. / Woodhead, A.J. / Chessari, G. / Carr, M.G. / Coyle, J. / Graham, B. / Hiscock, S.D. / Murray, C.W. / Pathuri, P. / Rich, S.J. / Richardson, C.J. / Williams, P.A. / Jhoti, H.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEASE NS3
B: SERINE PROTEASE NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,2474
ポリマ－141,7392
非ポリマー5082
水13,115728
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area50820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.902, 109.773, 142.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.91357, 0.40632, -0.01705), (0.40667, 0.91303, -0.03154), (0.00275, -0.03575, -0.99936)
ベクター: 40.619, -10.025, -80.331)

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要素

#1: タンパク質 SERINE PROTEASE NS3 / HEPACIVIRIN / NS3P / P70


分子量: 70869.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE BK) (C型肝炎ウイルス)
株: GENOTYPE 1B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P26663, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-R2N / 5-bromo-1-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid / 5-ブロモ-1-メチル-2-インド-ルカルボン酸


分子量: 254.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8BrNO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細5-BROMO-1-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID (R2N): ASTEX COMPOUND REGISTRY AT21457.
配列の詳細N-TERM HIS TAG (37). DELETION 1-2. DELETION 632-686.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.6
詳細: 0.2M MES/NAOH, 14% W/V PEG 6000, 10% V/V MPD. PROTEIN CONC. = 6 MG/ML., pH 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→47 Å / Num. obs: 52097 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 52.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.52→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CSEARCH位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FPS

5fps


解像度: 2.52→46.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.558 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.82 / SU Rfree Blow DPI: 0.293 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.288
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY DISORDERED REGIONS WERE DELETED. THERE'S ALSO A HINT OF THE LIGAND PARALLEL-STACKING WITH TRP A501 BUT ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY DISORDERED REGIONS WERE DELETED. THERE'S ALSO A HINT OF THE LIGAND PARALLEL-STACKING WITH TRP A501 BUT DENSITY IS NOT SUFFICIENTLY GOOD TO BE CERTAIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2354 5.1 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.166 46396 95.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.2762 Å20 Å20 Å2
2---5.3851 Å20 Å2
3----8.8911 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9416 0 28 728 10172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0119674HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1213249HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3067SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes158HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1545HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it9674HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1345SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11518SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 178 5.17 %
Rwork0.214 3262 -
all0.22 3440 -
obs--96.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2222-0.1861-0.48470.8246-0.20440.78110.1353-0.04060.1828-0.00950.031-0.0191-0.1075-0.0605-0.1662-0.15470.00660.0514-0.1549-0.0241-0.02465.319615.1134-31.6625
20.97110.0191-0.24960.43120.08541.1171-0.0271-0.0554-0.00660.02240.0327-0.0711-0.06330.205-0.0055-0.1759-0.03860.0523-0.1009-0.0105-0.01142.33917.0493-49.5155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|705 - A|631 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|705 - B|631 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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