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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ezy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T2R-TTL-taccalonolide AJ complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Complex / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / positive regulation of axon guidance / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / microtubule depolymerization / COPI-mediated anterograde transport / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) Sus scrofa (ブタ) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Yu, Y. / Chen, Q. / Yang, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Mechanism of microtubule stabilization by taccalonolide AJ 著者: Wang, Y. / Yu, Y. / Li, G.B. / Li, S.A. / Wu, C. / Gigant, B. / Qin, W. / Chen, H. / Wu, Y. / Chen, Q. / Yang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ezy.cif.gz | 869.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ezy.ent.gz | 708.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ezy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ezy_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ezy_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5ezy_validation.xml.gz | 94.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ezy_validation.cif.gz | 135.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5ezy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4i55S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4 #2: タンパク質 | 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856 #3: タンパク質 | | 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043 #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
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-非ポリマー , 8種, 1562分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-GDP / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-ACP / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 6% polyethylene glycol 4000, 8% glycerol, 0.1 M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, pH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 188559 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I55 解像度: 2.05→45.202 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.202 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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