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- PDB-5ekv: Co-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ekv
タイトルCo-crystal structure of eIF4E with nucleotide mimetic inhibitor.
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
キーワードTRANSLATION / Complex / inhibitor / eIF4E
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA ...eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / stem cell population maintenance / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / negative regulation of neuron differentiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / behavioral fear response / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA export from nucleus / translation repressor activity / translation initiation factor binding / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / ISG15 antiviral mechanism / G1/S transition of mitotic cell cycle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5PQ / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Nowicki, M.W. / Walkinshaw, M.D. / Fischer, P.M.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of nucleotide-mimetic and non-nucleotide inhibitors of the translation initiation factor eIF4E: Synthesis, structural and functional characterisation.
著者: Soukarieh, F. / Nowicki, M.W. / Bastide, A. / Poyry, T. / Jones, C. / Dudek, K. / Patwardhan, G. / Meullenet, F. / Oldham, N.J. / Walkinshaw, M.D. / Willis, A.E. / Fischer, P.M.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7706
ポリマ－53,9834
非ポリマー7872
水00
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3853
ポリマ－26,9912
非ポリマー3931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
2
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3853
ポリマ－26,9912
非ポリマー3931
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.480, 100.780, 136.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein


分子量: 25130.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta PLysS / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / eIF4E-binding protein 1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by insulin 1 / PHAS-I


分子量: 1861.240 Da / 分子数: 2 / Fragment: eIF4E binding sequence, UNP residues 51-64 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Natural sequence from 4EBP / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物 ChemComp-5PQ / 3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-7-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylamino]-4-oxidanyl-cyclobut-3-ene-1,2-dione


分子量: 393.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N6O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 21-31% PEG 8000, 1-3% (NH4)2SO4, 100 mM HEPES, pH 7.5, 1 round of seeding

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月3日 / 詳細: PILATUS 6M
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.61→81.068 Å / Num. all: 6413 / Num. obs: 6413 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.179 / Rrim(I) all: 0.336 / Rsym value: 0.282 / Net I/av σ(I): 2.522 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 21083
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.61-3.813.40.4231.729878890.2640.4233.195.5
3.81-4.043.40.3522.128528470.2210.3523.696.3
4.04-4.313.30.2922.527058110.1850.2924.297.7
4.31-4.663.30.2443.125397630.1540.244599
4.66-5.113.30.2562.923637060.1620.2564.798.1
5.11-5.713.30.3042.421796590.1920.3044.299.4
5.71-6.593.30.358219095810.2280.3583.698.1
6.59-8.073.10.2662.715364980.1770.2664.198.9
8.07-11.423.20.0987.613304120.0640.0989.499.7
11.42-50.392.80.0827.16832470.0590.0821096.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.9データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V8W

2v8w


解像度: 3.61→50.39 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3417 301 4.72 %
Rwork0.2665 6082 -
obs0.2701 6383 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 31.05 Å2 / Biso mean: 18.8734 Å2 / Biso min: 14.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.61→50.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3209 0 56 0 3265
Biso mean--21.03 --
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7644530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6531243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6102-4.5480.34811440.28122931307596
4.548-50.39490.33531570.25193151330898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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