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- PDB-5egl: The structural and biochemical characterization of acyl-coa hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5egl
タイトルThe structural and biochemical characterization of acyl-coa hydrolase from Staphylococcus aureus in complex with Butyryl Coenzyme A, Coenzyme A, and Coenzyme A disulfide
要素Acyl CoA Hydrolase
キーワードHYDROLASE / Acyl CoA thioesterase / Staphylococcus aureus / Coenzyme A / Hotdog thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyl-CoA metabolic process / fatty acid catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain profile. / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5NG / Butyryl Coenzyme A / COENZYME A / HotDog ACOT-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Khandokar, Y.B. / Srivastava, P.S. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structural and biochemical characterization of acyl-coa hydrolase from Staphylococcus aureus
著者: Khandokar, Y.B. / Srivastava, P.S. / Forwood, J.K.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl CoA Hydrolase
B: Acyl CoA Hydrolase
C: Acyl CoA Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1166
ポリマ－59,9783
非ポリマー3,1383
水3,963220
1
A: Acyl CoA Hydrolase
B: Acyl CoA Hydrolase
C: Acyl CoA Hydrolase
ヘテロ分子

A: Acyl CoA Hydrolase
B: Acyl CoA Hydrolase
C: Acyl CoA Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,23212
ポリマ－119,9566
非ポリマー6,2766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area20450 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area40170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.260, 142.260, 163.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-380-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acyl CoA Hydrolase


分子量: 19992.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1878 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: A0A0H3K033
#2: 化合物 ChemComp-BCO / Butyryl Coenzyme A / S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} butanethioate (non-preferred name) / S-ブチリル補酵素A


分子量: 837.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-5NG / [[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyldisulfanyl]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate / CoA-disulfide


分子量: 1533.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H70N14O32P6S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月7日
放射モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.84 Å / Num. obs: 57467 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.02717 / Net I/σ(I): 13.83
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.23 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1894精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NCP

4ncp


解像度: 2.1→39.835 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 2939 5.11 %
Rwork0.2125 --
obs0.2142 57459 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3895 0 197 220 4312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1125682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1811524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041619
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005706
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13440.29511110.27542573X-RAY DIFFRACTION100
2.1344-2.17120.34991420.27332547X-RAY DIFFRACTION100
2.1712-2.21070.27811380.25822554X-RAY DIFFRACTION100
2.2107-2.25320.25771260.24942573X-RAY DIFFRACTION100
2.2532-2.29920.28491570.24662539X-RAY DIFFRACTION100
2.2992-2.34920.30151510.24352536X-RAY DIFFRACTION100
2.3492-2.40390.27941500.24092542X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.4640.291460.23792559X-RAY DIFFRACTION100
2.464-2.53060.29271340.24392564X-RAY DIFFRACTION100
2.5306-2.6050.28971370.24522564X-RAY DIFFRACTION100
2.605-2.68910.27521390.23942583X-RAY DIFFRACTION100
2.6891-2.78520.26371200.24462610X-RAY DIFFRACTION100
2.7852-2.89670.26291530.24442571X-RAY DIFFRACTION100
2.8967-3.02850.27921370.24692581X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-3.18810.27781370.23532595X-RAY DIFFRACTION100
3.1881-3.38770.26051510.22062601X-RAY DIFFRACTION100
3.3877-3.64910.23331330.20682617X-RAY DIFFRACTION100
3.6491-4.0160.23321340.18632631X-RAY DIFFRACTION100
4.016-4.59640.18631440.16022646X-RAY DIFFRACTION100
4.5964-5.78810.1841370.17222704X-RAY DIFFRACTION100
5.7881-39.84250.24351620.20742830X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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