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- PDB-5ee7: Crystal structure of the human glucagon receptor (GCGR) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ee7
タイトルCrystal structure of the human glucagon receptor (GCGR) in complex with the antagonist MK-0893
要素Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / 7TM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / response to starvation / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / response to nutrient / peptidoglycan catabolic process / cellular response to glucagon stimulus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation ...regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / response to starvation / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / response to nutrient / peptidoglycan catabolic process / cellular response to glucagon stimulus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / generation of precursor metabolites and energy / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / cell wall macromolecule catabolic process / Glucagon-type ligand receptors / lysozyme / lysozyme activity / glucose homeostasis / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / positive regulation of gene expression / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, glucagon receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...GPCR, family 2, glucagon receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5MV / OLEIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Endolysin / Glucagon receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jazayeri, A. / Dore, A.S. / Lamb, D. / Krishnamurthy, H. / Southall, S.M. / Baig, A.H. / Bortolato, A. / Koglin, M. / Robertson, N.J. / Errey, J.C. ...Jazayeri, A. / Dore, A.S. / Lamb, D. / Krishnamurthy, H. / Southall, S.M. / Baig, A.H. / Bortolato, A. / Koglin, M. / Robertson, N.J. / Errey, J.C. / Andrews, S.P. / Brown, A.J.H. / Cooke, R.M. / Weir, M. / Marshall, F.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Extra-helical binding site of a glucagon receptor antagonist.
著者: Jazayeri, A. / Dore, A.S. / Lamb, D. / Krishnamurthy, H. / Southall, S.M. / Baig, A.H. / Bortolato, A. / Koglin, M. / Robertson, N.J. / Errey, J.C. / Andrews, S.P. / Teobald, I. / Brown, A.J. ...著者: Jazayeri, A. / Dore, A.S. / Lamb, D. / Krishnamurthy, H. / Southall, S.M. / Baig, A.H. / Bortolato, A. / Koglin, M. / Robertson, N.J. / Errey, J.C. / Andrews, S.P. / Teobald, I. / Brown, A.J. / Cooke, R.M. / Weir, M. / Marshall, F.H.
履歴
登録2015年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,37118
ポリマ－51,2791
非ポリマー5,09217
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint46 kcal/mol
Surface area22170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.583, 71.476, 183.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glucagon receptor,Endolysin,Glucagon receptor / GL-R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / GL-R


分子量: 51279.461 Da / 分子数: 1
変異: G154A R173A A182L S190A G223A M276A E362F G207E K344A F387A V193F,G154A R173A A182L S190A G223A M276A E362F G207E K344A F387A V193F,G154A R173A A182L S190A G223A M276A E362F G207E K344A F387A V193F
由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimeric fusion of human Glucagon receptor and T4-Lysozyme
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GCGR / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P47871, UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-5MV / 3-[[4-[(1~{S})-1-[3-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-5-(6-methoxynaphthalen-2-yl)pyrazol-1-yl]ethyl]phenyl]carbonylamino]propanoic acid / MK-0893


分子量: 588.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H27Cl2N3O4
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: OVAL SHAPED
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6 / 詳細: ADA BUFFER, SODIUM POTASSIUM TARTRATE, PEG 400 / PH範囲: 5.5 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→32.73 Å / Num. obs: 16065 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L6R

4l6r


解像度: 2.5→19.971 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 777 4.86 %Random
Rwork0.2256 ---
obs0.2275 15996 89.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3331 0 264 24 3619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7964888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5451344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.65640.3151310.27572489X-RAY DIFFRACTION90
2.6564-2.8610.26831400.26552537X-RAY DIFFRACTION92
2.861-3.14790.29441270.24462560X-RAY DIFFRACTION91
3.1479-3.60110.24341230.23362502X-RAY DIFFRACTION89
3.6011-4.52820.22871340.19732556X-RAY DIFFRACTION90
4.5282-19.97150.27931220.21532575X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53340.6391-0.30891.1018-0.2169-0.08690.04970.019-0.02910.04090.0187-0.03170.0340.052200.18020.0184-0.01220.2131-0.00130.2355-22.887614.8775-54.3628
20.0199-0.05870.0570.1399-0.02680.0161-0.48630.2893-0.48580.39440.38520.4384-0.7040.91900.420.0960.04610.3210.06350.2479-16.950717.2713-29.6347
3-1.084-0.72950.2788-0.1881-0.7766-0.4311-0.14160.0740.12530.076-0.0831-0.1991-0.06890.2283-00.239-0.0017-0.01310.18730.00760.2806-13.96912.896-46.2249
40.03570.00760.0612-0.0433-0.0217-0.0517-0.6143-0.7292-0.27830.3475-0.3756-0.10240.7634-0.9375-00.4028-0.06040.07530.5019-0.03910.2446-15.621817.6143-65.7095
50.2429-0.26310.0946-0.15550.06230.1-0.12040.2763-0.4136-0.2797-0.21370.6029-0.05060.4991-00.43010.00640.02380.40540.03210.5568-5.061817.841-68.0404
60.5616-0.2704-0.1797-0.2587-0.665-0.0686-0.2150.129-0.1264-0.0057-0.1593-0.29580.1853-0.30100.1998-0.02920.01260.1881-0.00290.2175-11.2633.4815-41.4619
70.2028-0.0616-0.19860.317-0.01290.0374-0.51550.2031-0.57860.3436-0.1151-0.14660.42430.8286-00.20140.0582-0.03320.25840.14360.4059-3.80635.2315-33.0144
80.08840.1386-0.1098-0.11180.0406-0.0213-0.1626-0.4494-0.0591-0.52830.14920.4460.56310.366900.21180.0063-0.00610.27430.06910.28950.52843.7386-53.4429
90.3388-0.23890.27370.155-0.1573-0.1012-0.9174-0.3382-0.9611-0.68080.2638-0.24310.4405-0.3278-00.5292-0.00930.1010.58210.00980.4799-4.34395.6859-64.0427
100.5454-0.0440.106-0.3128-0.6553-0.17160.1588-0.01580.08680.08160.0881-0.15020.00280.055200.17970.01050.02150.1476-0.03290.2346-14.0358-7.5055-41.545
110.1718-0.1734-0.44480.130.02680.0075-0.57140.53080.57731.64730.40160.5192-0.01810.043200.7380.15090.22240.2816-0.05750.3037-26.474-3.7054-22.4966
12-0.4899-0.3403-0.0490.13630.5193-0.21160.1042-0.0379-0.0677-0.08540.0350.0406-0.2164-0.334300.1928-0.0105-0.01050.27570.02140.1962-22.0492-0.8325-41.4661
130.08360.0280.03570.1351-0.11610.0637-0.83270.66640.3147-0.01290.4026-0.6611-0.73240.7425-00.3666-0.0488-0.01260.43910.07560.3511-16.7591-5.5674-62.4409
140.0158-0.2065-0.03480.0526-0.15020.15960.11790.459-0.15430.5839-0.33580.78930.67711.0471-00.35190.0231-0.0330.4481-0.13470.3802-24.1711.2353-62.1255
15-0.1995-0.54950.2346-0.2708-0.298-0.0440.1157-0.06470.19070.07870.16750.04180.06410.0745-00.16440.0163-0.01430.1865-0.00690.2351-24.46049.6661-43.1324
160.14220.24560.2230.14460.206-0.0956-0.2433-1.3458-2.20760.04340.503-0.8305-0.53570.01-00.55750.11720.12620.2296-0.2685-0.4902-28.479820.7096-26.5461
17-0.1311-0.7273-0.08770.07240.3286-0.2948-0.12710.21140.30250.6224-0.2444-0.41190.00340.1704-00.7137-0.0266-0.14540.71510.13180.5984-2.1014-7.1879-13.5009
180.07520.05060.00330.1197-0.01140.0476-0.86070.34380.08491.141.55570.14110.8339-0.505401.08950.2026-0.28010.82540.01690.54352.4454-9.1852-3.1713
190.11270.0554-0.1516-0.1470.16570.0446-0.8851-0.83030.00950.69860.18860.12790.4721-0.193301.2340.096-0.18060.94840.10150.71294.4492-17.42810.3288
20-0.003-0.0197-0.03330.079-0.00380.0019-0.61450.20540.23721.1426-0.5138-0.01060.78340.1895-00.88250.08770.10960.83480.25380.72832.8982-22.8781-7.5463
210.7060.0730.66930.1327-0.1820.1449-0.8907-0.11-1.23360.2137-0.18371.5596-0.35951.2032-01.0178-0.1011-0.06420.89830.3280.815-11.6013-10.7938-6.6293
220.062-0.11630.06360.009-0.0341-0.03091.08971.4810.40520.5785-0.2345-0.0833-0.2657-0.1818-01.27830.204-0.08511.13010.0650.8988-20.10175.4733-2.7434
23-0.0209-0.02250.11370.2720.0892-0.0113-0.1491-0.2727-0.45280.7536-0.26810.2299-0.72740.059301.02510.0252-0.06140.83040.08720.511-11.72422.1946-8.7191
24-0.0802-0.1250.09040.00950.15740.00340.3155-1.01540.2190.8377-0.0952-0.04210.5706-0.060401.47010.2372-0.02091.2234-0.01021.2026-13.434811.1604-1.8133
250.11710.1292-0.21670.08670.07340.18811.1508-0.03780.0655-0.0759-0.8865-0.144-1.15590.2682-01.4912-0.0884-0.10321.29010.15951.0375-5.551114.5094-7.9817
260.08160.2342-0.2487-0.02850.09150.0935-0.5157-0.27091.13651.1177-0.1484-1.1365-1.24240.0747-01.0297-0.0851-0.08040.74480.10960.702-5.43078.1906-14.4428
270.04690.05790.03180.0273-0.1141-0.05640.13140.39860.49190.181-1.0881-0.0906-1.2955-0.769901.332-0.139-0.02980.56810.13040.4332-11.99875.8869-20.6738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 138 through 160 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 161 through 172 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 194 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 195 through 200 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 212 through 226 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 227 through 255 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 259 through 272 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 273 through 285 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 286 through 305 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 306 through 331 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 332 through 343 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 344 through 364 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 365 through 372 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 378 through 387 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 388 through 404 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 405 through 418 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 1000 through 1018 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 1022 through 1034 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 1035 through 1048 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 1049 through 1057 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 1058 through 1078 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 1079 through 1090 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 1091 through 1104 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 1105 through 1122 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 1123 through 1139 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 1140 through 1152 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'A' and (resid 1153 through 1159 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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