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- PDB-5drr: Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa LpxC/LPC-058 complex -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5drr | |||||||||
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Title | Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa LpxC/LPC-058 complex | |||||||||
![]() | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase | |||||||||
![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / LpxC / Lipid A / Inhibitor / Gram-negative bacteria / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | |||||||||
Function / homology | ![]() UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lee, C.-J. / Najeeb, J. / Zhou, P. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Drug design from the cryptic inhibitor envelope. Authors: Lee, C.J. / Liang, X. / Wu, Q. / Najeeb, J. / Zhao, J. / Gopalaswamy, R. / Titecat, M. / Sebbane, F. / Lemaitre, N. / Toone, E.J. / Zhou, P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 143.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 109.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5droC ![]() 5drpC ![]() 5drqC ![]() 3p3eS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33146.617 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C40S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / Gene: lpxC, envA, PA4406 / Plasmid: PET21B / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P47205, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-5EN / | #4: Chemical | ChemComp-NO3 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 2.4 - 2.6 M ammonium nitrate, PH range: 4.8 - 5.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 26, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.59→28.319 Å / Num. all: 46207 / Num. obs: 46207 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.26 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.047 / Net I/av σ(I): 10.909 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 230581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3P3E Resolution: 1.59→28.319 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.93 Å2 / Biso mean: 26.5204 Å2 / Biso min: 13.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.59→28.319 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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