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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cna | |||||||||
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タイトル | REFINED STRUCTURE OF CONCANAVALIN A COMPLEXED WITH ALPHA-METHYL-D-MANNOPYRANOSIDE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON WITH THE SACCHARIDE-FREE STRUCTURE | |||||||||
要素 | CONCANAVALIN A | |||||||||
キーワード | LECTIN(AGGLUTININ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Canavalia ensiformis (タチナタマメ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Naismith, J.H. / Emmerich, C. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Raftery, J. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: Refined structure of concanavalin A complexed with methyl alpha-D-mannopyranoside at 2.0 A resolution and comparison with the saccharide-free structure. 著者: Naismith, J.H. / Emmerich, C. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Raftery, J. / Kalb, A.J. / Yariv, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: High-Resolution Structures of Single-Metal-Substituted Concanavalin A: The Co,Ca-Protein at 1.6 Angstroms and the Ni,Ca-Protein at 2.0 Angstroms 著者: Emmerich, C. / Helliwell, J.R. / Redshaw, M. / Naismith, J.H. / Harrop, S.J. / Raftery, J. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Refined Structure of Cadmium-Substituted Concanavalin a at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Naismith, J.H. / Habash, J. / Harrop, S. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Wan, T.C.M. / Weisgerber, S. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. #3: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1993 タイトル: High-Resolution Crystallographic Studies of Native Concanavalin a Using Rapid Laue Data Collection Methods and the Introduction of a Monochromatic Large-Angle Oscillation Technique (Lot) 著者: Weisgerber, S. / Helliwell, J.R. #4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992 タイトル: Non-Glycosylated Recombinant Pro-Concanavalin a is Active without Polypeptide Cleavage 著者: Min, W. / Dunn, A.J. / Jones #5: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989 タイトル: The Structure of the Saccharide Binding-Site of Concanavalin A 著者: Derewenda, Z. / Yariv, J. / Helliwell, J.R. / Kalb(Gilboa), A.J. / Dodson, E.J. / Papiz, M.Z. / Wan, T. / Campbell, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cna.cif.gz | 204.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cna.ent.gz | 164 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cna.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/5cna | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ALA A 207 - ASP A 208 OMEGA = 0.18 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ALA B 207 - ASP B 208 OMEGA =359.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: ALA C 207 - ASP C 208 OMEGA = 0.18 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: ALA D 207 - ASP D 208 OMEGA = 1.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: THE ATOMS LABELLED OD1 AND OD2 IN ASP 10 OF EACH SUBUNIT HAVE BEEN INTERCHANGED COMPARED WITH THE LABELS IN THE PUBLISHED PAPERS. |
-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) 遺伝子: CDNA / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P02866 #2: 糖 | ChemComp-MMA / |
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-非ポリマー , 4種, 542分子
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DERIVED FROM THE CDNA SEQUENCE OF MIN ET AL., 1992, ...THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DERIVED FROM THE CDNA SEQUENCE OF MIN ET AL., 1992, LISTED AS REFERENCE 3 ABOVE. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 58871 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 62198 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 1 詳細: THE THREE RAMACHANDRAN OUTLIERS THR A 120, HIS A 121 AND SER B 204) DESCRIBED IN NAISMITH ET AL. ARE IN POORLY DEFINED REGIONS OF ELECTRON DENSITY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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