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- PDB-5cna: REFINED STRUCTURE OF CONCANAVALIN A COMPLEXED WITH ALPHA-METHYL-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cna
タイトルREFINED STRUCTURE OF CONCANAVALIN A COMPLEXED WITH ALPHA-METHYL-D-MANNOPYRANOSIDE AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION AND COMPARISON WITH THE SACCHARIDE-FREE STRUCTURE
要素CONCANAVALIN A
キーワードLECTIN(AGGLUTININ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-mannopyranoside / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Emmerich, C. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Raftery, J. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Refined structure of concanavalin A complexed with methyl alpha-D-mannopyranoside at 2.0 A resolution and comparison with the saccharide-free structure.
著者: Naismith, J.H. / Emmerich, C. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Raftery, J. / Kalb, A.J. / Yariv, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: High-Resolution Structures of Single-Metal-Substituted Concanavalin A: The Co,Ca-Protein at 1.6 Angstroms and the Ni,Ca-Protein at 2.0 Angstroms
著者: Emmerich, C. / Helliwell, J.R. / Redshaw, M. / Naismith, J.H. / Harrop, S.J. / Raftery, J. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Refined Structure of Cadmium-Substituted Concanavalin a at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Naismith, J.H. / Habash, J. / Harrop, S. / Helliwell, J.R. / Hunter, W.N. / Wan, T.C.M. / Weisgerber, S. / Kalb(Gilboa), A.J. / Yariv, J.
#3: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Faraday Trans. / 年: 1993
タイトル: High-Resolution Crystallographic Studies of Native Concanavalin a Using Rapid Laue Data Collection Methods and the Introduction of a Monochromatic Large-Angle Oscillation Technique (Lot)
著者: Weisgerber, S. / Helliwell, J.R.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1992
タイトル: Non-Glycosylated Recombinant Pro-Concanavalin a is Active without Polypeptide Cleavage
著者: Min, W. / Dunn, A.J. / Jones
#5: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: The Structure of the Saccharide Binding-Site of Concanavalin A
著者: Derewenda, Z. / Yariv, J. / Helliwell, J.R. / Kalb(Gilboa), A.J. / Dodson, E.J. / Papiz, M.Z. / Wan, T. / Campbell, J.
履歴
登録1994年2月11日処理サイト: BNL
置き換え1994年5月31日ID: 4CNA
改定 1.01994年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONCANAVALIN A
B: CONCANAVALIN A
C: CONCANAVALIN A
D: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,68217
ポリマ－102,4904
非ポリマー1,19213
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11320 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area32660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.700, 128.600, 67.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: ALA A 207 - ASP A 208 OMEGA = 0.18 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: ALA B 207 - ASP B 208 OMEGA =359.31 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: ALA C 207 - ASP C 208 OMEGA = 0.18 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
4: ALA D 207 - ASP D 208 OMEGA = 1.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: THE ATOMS LABELLED OD1 AND OD2 IN ASP 10 OF EACH SUBUNIT HAVE BEEN INTERCHANGED COMPARED WITH THE LABELS IN THE PUBLISHED PAPERS.

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
CONCANAVALIN A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
遺伝子: CDNA / 器官: BEAN / 参照: UniProt: P02866
#2: 糖
ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 542分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DERIVED FROM THE CDNA SEQUENCE OF MIN ET AL., 1992, ...THE SEQUENCE HAS NOT BEEN REPORTED. IT WAS DERIVED FROM THE CDNA SEQUENCE OF MIN ET AL., 1992, LISTED AS REFERENCE 3 ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
180-150 mg/mlprotein11
20.05 MPIPES12
30.1 M12NaNO3
41 mM12MnCl2
51 mM12CaCl2
62 mg/ml12NaN3
70.1 Mmethyl alpha-D-mannopyranoside12

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 58871 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 62198 / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR2.1モデル構築
X-PLOR2.1精密化
X-PLOR2.1位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 1
詳細: THE THREE RAMACHANDRAN OUTLIERS THR A 120, HIS A 121 AND SER B 204) DESCRIBED IN NAISMITH ET AL. ARE IN POORLY DEFINED REGIONS OF ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数
Rwork0.199 -
obs0.199 58871
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7236 0 61 533 7830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.15
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.15
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.989
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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