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- EMDB-5559: Cryo-em map of one molecule of factor VIII light chain from helic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5559
タイトルCryo-em map of one molecule of factor VIII light chain from helically organized factor VIII light chain molecules bound to lipid nanotubes
マップデータCropped volume from helical reconstruction of membrane-bound Factor vIII light chain bound to single bilayer lipid nanotubes (EMD-5540) with a Gaussian filter of 3.0 applied
試料
  • 試料: Cropped volume corresponding to 2x1 factor VIII light chain molecules from EMD-5540
  • タンパク質・ペプチド: blood coagulation Factor VIII light chain
キーワードmembrane binding / factor VIII light chain / helical organization / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant ...Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Defective F8 cleavage by thrombin / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Golgi lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / oxidoreductase activity / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Stoilova-McPhie S / Lynch GC / Ludtke S / Pettitt BM
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2013
タイトル: Domain organization of membrane-bound factor VIII.
著者: Svetla Stoilova-McPhie / Gillian C Lynch / Steven Ludtke / B Montgomery Pettitt /
要旨: Factor VIII (FVIII) is the blood coagulation protein which when defective or deficient causes for hemophilia A, a severe hereditary bleeding disorder. Activated FVIII (FVIIIa) is the cofactor to the ...Factor VIII (FVIII) is the blood coagulation protein which when defective or deficient causes for hemophilia A, a severe hereditary bleeding disorder. Activated FVIII (FVIIIa) is the cofactor to the serine protease factor IXa (FIXa) within the membrane-bound Tenase complex, responsible for amplifying its proteolytic activity more than 100,000 times, necessary for normal clot formation. FVIII is composed of two noncovalently linked peptide chains: a light chain (LC) holding the membrane interaction sites and a heavy chain (HC) holding the main FIXa interaction sites. The interplay between the light and heavy chains (HCs) in the membrane-bound state is critical for the biological efficiency of FVIII. Here, we present our cryo-electron microscopy (EM) and structure analysis studies of human FVIII-LC, when helically assembled onto negatively charged single lipid bilayer nanotubes. The resolved FVIII-LC membrane-bound structure supports aspects of our previously proposed FVIII structure from membrane-bound two-dimensional (2D) crystals, such as only the C2 domain interacts directly with the membrane. The LC is oriented differently in the FVIII membrane-bound helical and 2D crystal structures based on EM data, and the existing X-ray structures. This flexibility of the FVIII-LC domain organization in different states is discussed in the light of the FVIIIa-FIXa complex assembly and function.
履歴
登録2012年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年5月15日-
マップ公開2013年8月28日-
更新2013年8月28日-
現状2013年8月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j2s
  • 表面レベル: 0.001
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5559_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 330.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cropped volume from helical reconstruction of membrane-bound Factor vIII light chain bound to single bilayer lipid nanotubes (EMD-5540) with a Gaussian filter of 3.0 applied
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.9 Å/pix.
x 28 pix.
= 81.2 Å		2.9 Å/pix.
x 54 pix.
= 156.6 Å		2.9 Å/pix.
x 57 pix.
= 165.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.001 / ムービー #1: 0.001
最小 - 最大-0.01030504 - 0.01894764
平均 (標準偏差)0.00152538 (±0.00413782)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-39-29-21
サイズ545728
Spacing545728
セルA: 165.3 Å / B: 156.6 Å / C: 81.200005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.92.92.9
M x/y/z575428
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z165.300156.60081.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-5029166
NX/NY/NZ106122134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-29-39-21
NC/NR/NS575428
D min/max/mean-0.0100.0190.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cropped volume corresponding to 2x1 factor VIII light chain molec...

全体名称: Cropped volume corresponding to 2x1 factor VIII light chain molecules from EMD-5540
要素
  • 試料: Cropped volume corresponding to 2x1 factor VIII light chain molecules from EMD-5540
  • タンパク質・ペプチド: blood coagulation Factor VIII light chain

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超分子 #1000: Cropped volume corresponding to 2x1 factor VIII light chain molec...

超分子名称: Cropped volume corresponding to 2x1 factor VIII light chain molecules from EMD-5540
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One molecule selected from 15 molecules organized around a 120-Angstrom lipid nanotube
Number unique components: 1
分子量実験値: 80 KDa / 理論値: 80 KDa / 手法: SDS-PAGE

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分子 #1: blood coagulation Factor VIII light chain

分子名称: blood coagulation Factor VIII light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Hemophilia factor light chain A
詳細: 15 molecules organized helically around a 120-Angstrom lipid nanotube
集合状態: 15 subunits helically organized onto lipid nanotube with a length of 114 Angstrom
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞中の位置: blood plasma
分子量実験値: 80 KDa / 理論値: 80 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組換細胞: CHO
配列UniProtKB: Coagulation factor VIII

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5mM CaCl2
グリッド詳細: 300 mesh R2x2 Quantifoil grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot 3.5 seconds before plunging
詳細The protein was mixed in 1:1 w/w ratio with lipid nanotubes solution

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
温度最低: 93 K / 最高: 103 K / 平均: 99 K
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected at 400,000 times magnification
日付2010年4月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 69 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / 詳細: Each image was acquired for 1 second.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.7 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細IHRSR, SPIDER and EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.6 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0.5 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IHRS, SPIDER, EMAN2
詳細: The final 3D reconstructions was calculated from a set of 2043 helical segments cut off from the selected helical tubes at 256 x 256 pixels with 10% overlap.
CTF補正詳細: particle stacks for each micrograph were corrected for CTF (only phase correction)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3cdz


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: UCSF-Chimera, VMD
詳細The 3CDZ chain B coordinates were fitted flexibly within the 3D map with the 'fit to volume' option of the UCSF Chimera software.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: optimal fit
得られたモデル

PDB-3j2s:
Membrane-bound factor VIII light chain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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