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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpq
タイトルStructure and substrate induced conformational changes of the secondary citrate-sodium symporter CitS revealed by electron crystallography
要素CITRATE\:SODIUM SYMPORTER
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SECONDARY TRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å
データ登録者Kebbel, F. / Kurz, M. / Arheit, M. / Gruetter, M.G. / Stahlberg, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure and substrate-induced conformational changes of the secondary citrate/sodium symporter CitS revealed by electron crystallography.
著者: Fabian Kebbel / Mareike Kurz / Marcel Arheit / Markus G Grütter / Henning Stahlberg /
要旨: The secondary Na+/citrate symporter CitS of Klebsiella pneumoniae is the best-characterized member of the 2-hydroxycarboxylate transporter family. The recent projection structure gave insight into ...The secondary Na+/citrate symporter CitS of Klebsiella pneumoniae is the best-characterized member of the 2-hydroxycarboxylate transporter family. The recent projection structure gave insight into its overall structural organization. Here, we present the three-dimensional map of dimeric CitS obtained with electron crystallography. Each monomer has 13 a-helical transmembrane segments; six are organized in a distal helix cluster and seven in the central dimer interface domain. Based on structural analyses and comparison to VcINDY, we propose a molecular model for CitS, assign the helices, and demonstrate the internal structural symmetry. We also present projections of CitS in several conformational states induced by the presence and absence of sodium and citrate as substrates. Citrate binding induces a defined movement of a helices within the distal helical cluster. Based on this, we propose a substrate translocation site and conformational changes that are in agreement with the transport model of ‘‘alternating access’’.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation ...database_2 / diffrn_radiation / em_image_scans / em_single_particle_entity
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2387
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CITRATE\:SODIUM SYMPORTER
B: CITRATE\:SODIUM SYMPORTER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1622
ポリマ－54,1622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 CITRATE\:SODIUM SYMPORTER / CITS


分子量: 27081.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
配列の詳細THE SAMPLE SEQUENCE HAS UNIPROT ACCESSION B5Y216. BUT THE REGISTER OF THE RESIDUES ON THE EM VOLUME ...THE SAMPLE SEQUENCE HAS UNIPROT ACCESSION B5Y216. BUT THE REGISTER OF THE RESIDUES ON THE EM VOLUME MAP IS UNKNOWN, HENCE THE MODEL IS BUILT IN AS A POLY-ALA MODEL. THE COORDINATES REPRESENTS THE TRANSMEMBRANE HELICES OF THE CITRATE:SODIUM SYMPORTER

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 79
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: secondary citrate-sodium symporter CitS / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 4.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5

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データ収集

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG / 日付: 2012年12月31日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
回折平均測定温度: 87 K
検出器日付: 2012年12月12日
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 6 Å / Num. obs: 11480 / % possible obs: 79 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
2DXモデル構築
2DX精密化
2DXデータスケーリング
2DX位相決定
3次元再構成解像度: 6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
精密化最高解像度: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3110 0 0 0 3110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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