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万見
- EMDB-2387: Structure and substrate induced conformational changes of the sec... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2387
タイトルStructure and substrate induced conformational changes of the secondary citrate/sodium symporter CitS revealed by electron crystallography
マップデータ3D reconstruction of CitS in Sodium Acetate buffer, pH 4.5
試料
  • 試料: CitS dimer
  • タンパク質・ペプチド: CitS
キーワードCitS / Secondary Transporter / Membrane Protein
機能・相同性2-hydroxycarboxylate transporter / 2-hydroxycarboxylate transporter, Proteobacteria/Firmicutes / 2-hydroxycarboxylate transporter family / citrate metabolic process / : / symporter activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Citrate-sodium symporter
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Kebbel F / Kurz M / Arheit M / Gruetter MG / Stahlberg H
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure and substrate-induced conformational changes of the secondary citrate/sodium symporter CitS revealed by electron crystallography.
著者: Fabian Kebbel / Mareike Kurz / Marcel Arheit / Markus G Grütter / Henning Stahlberg /
要旨: The secondary Na+/citrate symporter CitS of Klebsiella pneumoniae is the best-characterized member of the 2-hydroxycarboxylate transporter family. The recent projection structure gave insight into ...The secondary Na+/citrate symporter CitS of Klebsiella pneumoniae is the best-characterized member of the 2-hydroxycarboxylate transporter family. The recent projection structure gave insight into its overall structural organization. Here, we present the three-dimensional map of dimeric CitS obtained with electron crystallography. Each monomer has 13 a-helical transmembrane segments; six are organized in a distal helix cluster and seven in the central dimer interface domain. Based on structural analyses and comparison to VcINDY, we propose a molecular model for CitS, assign the helices, and demonstrate the internal structural symmetry. We also present projections of CitS in several conformational states induced by the presence and absence of sodium and citrate as substrates. Citrate binding induces a defined movement of a helices within the distal helical cluster. Based on this, we propose a substrate translocation site and conformational changes that are in agreement with the transport model of ‘‘alternating access’’.
履歴
登録2013年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年6月19日-
マップ公開2013年6月19日-
更新2013年9月4日-
現状2013年9月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 46.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 46.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4bpq
  • 表面レベル: 46.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_2387.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of CitS in Sodium Acetate buffer, pH 4.5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 100 pix.
= 100. Å		1 Å/pix.
x 100 pix.
= 100. Å		1 Å/pix.
x 100 pix.
= 100. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 46.200000000000003 / ムービー #1: 46.2
最小 - 最大-151.810104370000005 - 244.377960209999998
平均 (標準偏差)0.38074851 (±19.640151979999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-49-49-49
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 100.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z100.000100.000100.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-49-49-49
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-151.810244.3780.381

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CitS dimer

全体名称: CitS dimer
要素
  • 試料: CitS dimer
  • タンパク質・ペプチド: CitS

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超分子 #1000: CitS dimer

超分子名称: CitS dimer / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 2 / Number unique components: 1
分子量理論値: 95 KDa

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分子 #1: CitS

分子名称: CitS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 集合状態: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 細胞中の位置: inner membrane
分子量理論値: 95 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43(DE3)
配列UniProtKB: Citrate-sodium symporter / GO: membrane => GO:0016020

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度1.35 mg/mL
緩衝液pH: 4.5
詳細: 20 mM sodium acetate, pH 4.5, 500 mM NaCl, 15 mM MgCl2, 2 mM DTT, 2 mM NaN3
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 20 mM sodium acetate, pH 4.5, 200 mM NaCl, 15 mM MgCl2, 2 mM DTT, 2 mM NaN3
グリッド詳細: 400 mesh Co grid with 2 micrometer holes from Quantifoil, covered with a very thin additional continuous carbon film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4.5 seconds
詳細Dialysis
結晶化詳細: Dialysis

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 85 K / 最高: 90 K / 平均: 87 K
詳細Pre-exposure recorded on TVIPS-F416 of 0.1 ms, to reduce beam-induced resolution loss in subsequent image on film
日付2012年12月31日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 79 / 平均電子線量: 6 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 °

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画像解析

詳細Images were unbent using 2dx.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: 2dx
結晶パラメータ単位格子 - A: 96 Å / 単位格子 - B: 106 Å / 単位格子 - C: 200 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 2 21 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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