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- PDB-6jp4: Crystal structure of the catalytic domain of a multi-domain algin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jp4
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of a multi-domain alginate lyase Dp0100 from thermophilic bacterium Defluviitalea phaphyphila
要素Alginate lyase
キーワードLYASE / alpha barrel+beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


mannuronate-specific alginate lyase / poly(beta-D-mannuronate) lyase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cell envelope / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate-binding module family 96 / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Alginate lyase / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 ...: / Carbohydrate-binding module family 96 / Heparinase II, N-terminal / Domain of unknown function (DUF4962) / Alginate lyase / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CACODYLATE ION / : / Alginate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Defluviitalea phaphyphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.069 Å
データ登録者Ji, S.Q. / Dix, S.R. / Aziz, A. / Sedelnikova, S.E. / Li, F.L. / Rice, D.W.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31670001 中国
Royal Society170392 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The molecular basis of endolytic activity of a multidomain alginate lyase fromDefluviitalea phaphyphila, a representative of a new lyase family, PL39.
著者: Ji, S. / Dix, S.R. / Aziz, A.A. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Rafferty, J.B. / Bullough, P.A. / Tzokov, S.B. / Agirre, J. / Li, F.L. / Rice, D.W.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase
B: Alginate lyase
C: Alginate lyase
D: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,54031
ポリマ－353,0714
非ポリマー1,46927
水14,988832
1
A: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,99213
ポリマ－88,2681
非ポリマー72512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,73110
ポリマ－88,2681
非ポリマー4649
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5487
ポリマ－88,2681
非ポリマー2816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Alginate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2681
ポリマ－88,2681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)261.324, 394.812, 112.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1176-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alginate lyase


分子量: 88267.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Defluviitalea phaphyphila (バクテリア)
参照: UniProt: A0A4Y5UXE1*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 859分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: 15% PEG 6000, 0.1 M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.069→98.898 Å / Num. obs: 348350 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 32.327 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.069→2.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 16738 / CC1/2: 0.541

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimlessデータ削減
pointlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.069→98.898 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.203 / SU B: 9.46 / SU ML: 0.123 / Average fsc free: 0.8638 / Average fsc work: 0.8715 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 17175 4.931 %
Rwork0.2221 331147 -
all0.223 --
obs-348322 99.458 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 45.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.517 Å20 Å20 Å2
2---0.122 Å20 Å2
3---1.639 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.069→98.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21800 0 73 832 22705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01322364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01818027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.63830067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3871.58141522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1953076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89223.911128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.36153018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.261578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0227288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.24283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1810.216191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.211125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.29017
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0910.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1870.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.180.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.250.212
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1530.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5572.25312321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5572.25312320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6773.36515388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.6773.36515389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.192.29810043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.192.29810044
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4813.31814679
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4813.31814680
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.9125.9325052
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.9125.92925050
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0430.0527629
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.040.0527673
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.040.059732
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.040.0527603
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0390.059738
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0380.059733
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.069-2.1230.35711870.34823739X-RAY DIFFRACTION96.7887
2.123-2.1810.34212780.3223600X-RAY DIFFRACTION99.1827
2.181-2.2450.30512050.29323059X-RAY DIFFRACTION99.463
2.245-2.3140.29511440.27222408X-RAY DIFFRACTION99.4343
2.314-2.3890.27511510.25521755X-RAY DIFFRACTION99.5956
2.389-2.4730.25810380.24221101X-RAY DIFFRACTION99.5906
2.473-2.5670.26110270.22820378X-RAY DIFFRACTION99.6555
2.567-2.6710.23710050.21219656X-RAY DIFFRACTION99.749
2.671-2.790.239590.20618812X-RAY DIFFRACTION99.783
2.79-2.9260.2269300.20417991X-RAY DIFFRACTION99.8575
2.926-3.0850.2329310.20517139X-RAY DIFFRACTION99.8618
3.085-3.2720.2358720.22316201X-RAY DIFFRACTION99.7429
3.272-3.4980.2527870.23215322X-RAY DIFFRACTION99.8327
3.498-3.7780.2397640.22614229X-RAY DIFFRACTION100
3.778-4.1380.2167100.20413156X-RAY DIFFRACTION99.9928
4.138-4.6260.1865890.17411966X-RAY DIFFRACTION99.992
4.626-5.3420.2035250.18210631X-RAY DIFFRACTION100
5.342-6.5410.2414820.2228967X-RAY DIFFRACTION100
6.541-9.2470.1873810.1837017X-RAY DIFFRACTION99.9865
9.247-120.2652100.2274020X-RAY DIFFRACTION99.7406
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86490.2311-0.09160.6372-0.44330.8827-0.0051-0.06540.0996-0.01880.03660.0623-0.0634-0.0889-0.03150.01620.0296-0.01560.1853-0.0260.0668-24.9445116.7892-16.41
22.138-0.5460.12040.7326-0.02350.46460.06940.1987-0.3604-0.0025-0.03750.15210.0554-0.0179-0.0320.0429-0.0597-0.02020.3098-0.12080.1874-31.794993.7211-67.0071
31.28440.23380.00170.8206-0.17630.4546-0.07780.06970.0524-0.03450.15160.20540.0345-0.1866-0.07380.2867-0.00790.00830.32650.26780.5211-74.4405165.7516-44.9573
40.2415-0.31440.24091.1615-0.17850.4779-0.0808-0.11810.19310.13420.10970.0512-0.3129-0.1336-0.02890.67130.0140.02270.72890.03670.7946-72.7475156.31464.613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 770
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 770
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 770
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 770

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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