PDB-7bra: Bacillus subtilis IRG1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bra

タイトル

Bacillus subtilis IRG1

要素

Bacillus subtilis IRG1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / IRG1 / cis-Aconitate decarboxylase / Immune-responsive gene 1 protein

機能・相同性

機能・相同性情報

lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.785 Å

データ登録者

Park, H.H. / Chun, H.L.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Enzymatic reaction mechanism of cis-aconitate decarboxylase based on the crystal structure of IRG1 from Bacillus subtilis.
著者: Chun, H.L. / Lee, S.Y. / Lee, S.H. / Lee, C.S. / Park, H.H.

履歴

登録	2020年3月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bra.cif.gz	200.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bra.ent.gz	156.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7bra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/7bra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hp0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7e9d-d 6qii-d 1fpm-2 4h0y-d 1eg7-2 3l2d-3 4fl9-d 6ruz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacillus subtilis IRG1

B: Bacillus subtilis IRG1

ヘテロ分子

96.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.213, 110.870, 167.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bacillus subtilis IRG1 分子量: 47851.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P54956*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M CAPS pH 9.8 1.5M Ammonium sulfate 0.2M Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 125 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→39.39 Å / Num. obs: 105057 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.3 % / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 30.47
反射シェル	解像度: 1.78→1.82 Å / Num. unique obs: 6857 / R_sym value: 1.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HP0

2hp0

解像度: 1.785→39.387 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	5250	5.002 %
R_work	0.1746	-	-
all	0.176	-	-
obs	-	104967	99.382 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.433 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.286 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.147 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.785→39.387 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6734	0	38	886	7658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	6910
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	6476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.819	1.641	9364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.32	1.58	14998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.64	5	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.469	21.886	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.958	15	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.441	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.261	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	6338
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.221	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.334	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.165	2.367	3558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.166	2.367	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.709	3.536	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.709	3.537	4445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.285	2.698	3352
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.285	2.696	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.554	3.913	4920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.555	3.908	4909
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.055	30.461	8200
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.975	29.611	7936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.785-1.831	0.296	352	0.25	6907	X-RAY DIFFRACTION	94.236
1.831-1.882	0.256	394	0.233	7144	X-RAY DIFFRACTION	99.4984
1.882-1.936	0.272	384	0.221	6859	X-RAY DIFFRACTION	99.328
1.936-1.996	0.233	345	0.204	6726	X-RAY DIFFRACTION	99.1447
1.996-2.061	0.228	347	0.195	6542	X-RAY DIFFRACTION	99.884
2.061-2.133	0.213	347	0.18	6322	X-RAY DIFFRACTION	99.9251
2.133-2.214	0.198	339	0.175	6092	X-RAY DIFFRACTION	99.9068
2.214-2.304	0.196	290	0.169	5941	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
2.304-2.407	0.198	311	0.17	5648	X-RAY DIFFRACTION	99.9497
2.407-2.524	0.204	268	0.169	5463	X-RAY DIFFRACTION	99.9477
2.524-2.66	0.204	277	0.165	5176	X-RAY DIFFRACTION	99.9633
2.66-2.822	0.213	244	0.168	4931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.822-3.016	0.184	230	0.164	4635	X-RAY DIFFRACTION	99.9794
3.016-3.258	0.19	236	0.17	4299	X-RAY DIFFRACTION	99.978
3.258-3.568	0.201	228	0.168	3954	X-RAY DIFFRACTION	99.8806
3.568-3.988	0.184	175	0.156	3643	X-RAY DIFFRACTION	99.9215
3.988-4.604	0.158	172	0.145	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
4.604-5.635	0.226	132	0.183	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.9654
5.635-7.955	0.173	112	0.203	2184	X-RAY DIFFRACTION	100
7.955-30	0.173	67	0.169	1268	X-RAY DIFFRACTION	98.4513

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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