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万見
- PDB-4zhx: Novel binding site for allosteric activation of AMPK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zhx
タイトルNovel binding site for allosteric activation of AMPK
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / allosteric activation / nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy ...[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / protein kinase regulator activity / protein localization to lipid droplet / negative regulation of TOR signaling / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / lipid biosynthetic process / cAMP-dependent protein kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / positive regulation of protein localization / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / regulation of macroautophagy / fatty acid homeostasis / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to calcium ion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of glycolytic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of circadian rhythm / ADP binding / Wnt signaling pathway / fatty acid biosynthetic process / autophagy / cytoplasmic stress granule / cellular response to prostaglandin E stimulus / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / axon / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / chromatin binding / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / Kinase associated domain 1, KA1 / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain ...PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / Kinase associated domain 1, KA1 / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / TATA-Binding Protein / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4O7 / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-C1V / Chem-C2Z / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Langendorf, C.G. / Ngoei, K.R. / Issa, S.M.A. / Ling, N. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Sakamoto, K. / Scott, J.W. / Oakhill, J.S. / Kemp, B.E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of allosteric and synergistic activation of AMPK by furan-2-phosphonic derivative C2 binding.
著者: Langendorf, C.G. / Ngoei, K.R. / Scott, J.W. / Ling, N.X. / Issa, S.M. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Sakamoto, K. / Oakhill, J.S. / Kemp, B.E.
履歴
登録2015年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,11514
ポリマ－265,2976
非ポリマー2,8198
水2,468137
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9417
ポリマ－132,6483
非ポリマー1,2934
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11240 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area41730 Å2
手法PISA
2
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,1747
ポリマ－132,6483
非ポリマー1,5254
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15200 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area42860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.950, 134.240, 141.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase


分子量: 63918.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAA2, AMPK, AMPK2 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3)
参照: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, [acetyl-CoA carboxylase] kinase, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase

-
5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 4分子 BDEF

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPKb


分子量: 30504.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAB1, AMPK / プラスミド: RSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y478
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 38225.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAG1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: P54619

-
非ポリマー , 5種, 145分子

#4: 化合物 ChemComp-4O7 / (5S,6R,7R,9R,13cR,14R,16aS)-6-methoxy-5-methyl-7-(methylamino)-6,7,8,9,14,15,16,16a-octahydro-5H,13cH-5,9-epoxy-4b,9a,1 5-triazadibenzo[b,h]cyclonona[1,2,3,4-jkl]cyclopenta[e]-as-indacen-14-ol / staurosporine


分子量: 470.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-C1V / 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile / A-769662


分子量: 360.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12N2O3S
#6: 化合物 ChemComp-C2Z / 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid / [5-(5-hydroxy-1,2-oxazol-3-yl)furan-2-yl]phosphonic acid


分子量: 231.099 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6NO6P
#7: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The D271G variant has been previously reported and can be found in the uniprot entry for AMPK alpha- ...The D271G variant has been previously reported and can be found in the uniprot entry for AMPK alpha-2 (P54646 - AAPK2_HUMAN) in the experimental info section.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 8 % PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 1.0 % glucose, 0.001 % cocamidopropyl betaine, 0.1 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→48.66 Å / Num. obs: 56598 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 83.79 Å2 / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 183106 / Scaling rejects: 229
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.2 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.99-3.080.7142.21516646880.5570.47999.4
12.69-48.660.0516.723847390.9830.03395.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.0精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSNovember 2014データ削減
PHASER6.3.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CFE

4cfe


解像度: 2.99→43.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8649 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.359
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2867 5.07 %RANDOM
Rwork0.2252 ---
obs0.2262 56564 98.59 %-
原子変位パラメータBiso max: 229.33 Å2 / Biso mean: 69.7 Å2 / Biso min: 14.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0703 Å20 Å2-0.1024 Å2
2---14.9803 Å20 Å2
3---10.91 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.504 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→43.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14236 0 198 137 14571
Biso mean--56.32 41.86 -
残基数----1807
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5206SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes314HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2175HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15098HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1953SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16096SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d15098HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg20517HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.09
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 202 4.81 %
Rwork0.2574 3994 -
all0.2574 4196 -
obs--98.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3854-1.4765-1.56471.59610.6981.442-0.098-0.10550.0410.16680.149-0.00220.17710.2544-0.051-0.10930.0147-0.0179-0.0230.01610.0246113.4022-11.932923.6376
22.3213-2.2783-1.86512.77291.94682.5134-0.0971-0.0019-0.0631-0.00970.1160.16510.2652-0.0725-0.01880.1356-0.06370.0561-0.066-0.0090.0716111.3796-28.963216.9903
31.49640.8060.87071.04580.49991.4554-0.22870.310.0656-0.22050.2767-0.0513-0.31440.2879-0.0480.1134-0.12320.12770.02630.00210.1279151.2816-58.918749.3216
40.98261.63690.9472.55631.88541.2923-0.07750.230.0386-0.24150.16680.0657-0.1605-0.0832-0.08930.0323-0.04670.0155-0.18130.05250.0054148.8218-41.542454.0181
52.0363-0.7228-1.46712.02670.40632.4597-0.00230.23430.1096-0.07150.010.0991-0.233-0.295-0.0078-0.0385-0.00560.0628-0.04540.03380.057477.818212.864533.4166
61.89230.55891.24261.61060.05983.2128-0.08210.2249-0.1647-0.06550.13580.22050.1739-0.257-0.0537-0.0012-0.050.0745-0.0380.03660.0095115.7344-81.868335.3685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A9 - 728
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B78 - 413
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C9 - 733
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D78 - 316
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E27 - 526
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F26 - 521

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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