[日本語] English
万見
- PDB-4yc0: Crystal structure of ADP-ribosyltransferase Vis in complex with M... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yc0
タイトルCrystal structure of ADP-ribosyltransferase Vis in complex with M6 Inhibitor
要素Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5OF / Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio splendidus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ravulapalli, R. / Merrill, A.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Characterization of Vis Toxin, a Novel ADP-Ribosyltransferase from Vibrio splendidus.
著者: Ravulapalli, R. / Lugo, M.R. / Pfoh, R. / Visschedyk, D. / Poole, A. / Fieldhouse, R.J. / Pai, E.F. / Merrill, A.R.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2412
ポリマ－27,0371
非ポリマー2041
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.230, 52.160, 101.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Putative NAD(+)--arginine ADP-ribosyltransferase Vis / Putative mono(ADP-ribosyl)transferase / mART / Toxin Vis


分子量: 27037.045 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 20-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio splendidus (バクテリア) / 遺伝子: V12B01_18061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A3UNN4, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-5OF / 2-(4-oxidanylidene-3~{H}-phthalazin-1-yl)ethanoic acid


分子量: 204.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% Jeffamine ED-2001, 0.1 M Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.4 Å / Num. obs: 69774 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.04
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y1W

4y1w


解像度: 1.5→46.4 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 2092 5 %
Rwork0.1581 --
obs0.1593 41825 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1759 0 15 313 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9272468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3791083
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.53490.22891370.20412606X-RAY DIFFRACTION100
1.5349-1.57330.20161370.18832603X-RAY DIFFRACTION100
1.5733-1.61580.21341380.17482616X-RAY DIFFRACTION100
1.6158-1.66340.18791380.16622618X-RAY DIFFRACTION100
1.6634-1.71710.18231360.17152594X-RAY DIFFRACTION100
1.7171-1.77840.19531390.16892637X-RAY DIFFRACTION100
1.7784-1.84970.2031380.16432621X-RAY DIFFRACTION100
1.8497-1.93380.17581390.15912630X-RAY DIFFRACTION100
1.9338-2.03580.16711380.14992624X-RAY DIFFRACTION100
2.0358-2.16330.18041390.14642649X-RAY DIFFRACTION100
2.1633-2.33040.19351390.15422639X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.56490.17561410.14512671X-RAY DIFFRACTION100
2.5649-2.9360.18411400.15592667X-RAY DIFFRACTION100
2.936-3.69880.16861430.15342720X-RAY DIFFRACTION100
3.6988-46.42440.17161500.15992838X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55790.2569-0.14660.12390.13380.3062-0.08320.0017-0.22750.09210.01650.23610.1016-0.1714-0.00330.13340.00520.03730.14770.03840.1951-7.2031-25.4298-6.0365
21.02220.06540.30840.31560.05881.10660.0572-0.0645-0.1880.0699-0.0448-0.13260.03940.170.02990.07860.0235-0.0070.13350.02040.146517.646-19.5056-8.9493
30.6777-0.02110.16530.0994-0.21470.8341-0.03040.00730.00180.0477-0.01370.0252-0.108-0.0323-0.03530.10980.0123-0.01610.0876-0.01420.0865-0.1305-11.7274-12.6777
40.75180.2149-0.01440.5209-0.37551.0303-0.0053-0.05930.03020.050.03180.0132-0.0779-0.005200.10380.0069-0.01550.0978-0.00650.0768-0.0939-12.2595-11.4653
50.1938-0.2663-0.05150.1466-0.01590.2308-0.22170.15520.0529-0.0035-0.1213-0.4386-0.08530.4928-0.07020.19120.001-0.04470.13430.03960.17466.8337-3.6494-23.5592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 49 through 107 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 108 through 153 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 154 through 219 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 240 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る