PDB-6t8w: Complement factor B in complex with (-)-4-(1-((5,7-Dimethyl-1H-in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t8w

タイトル

Complement factor B in complex with (-)-4-(1-((5,7-Dimethyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic acid

要素

Complement factor B

キーワード

HYDROLASE / Complement immune / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / blood microparticle / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Sweeney, A.M. / Wiesmann, C. / Adams, C. / Mainolfi, N. / Liao, S.M. / Argikar, U.A. ...

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of 4-((2S,4S)-4-Ethoxy-1-((5-methoxy-7-methyl-1H-indol-4-yl)methyl)piperidin-2-yl)benzoic Acid (LNP023), a Factor B Inhibitor Specifically Designed To Be Applicable to ...
著者: Mainolfi, N. / Ehara, T. / Karki, R.G. / Anderson, K. / Mac Sweeney, A. / Liao, S.M. / Argikar, U.A. / Jendza, K. / Zhang, C. / Powers, J. / Klosowski, D.W. / Crowley, M. / Kawanami, T. / ...

履歴

登録	2019年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t8w.cif.gz	140.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t8w.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t8uC 6t8vC 1dleS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t8v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (5) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Complement factor B

BBB: Complement factor B

ヘテロ分子

67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Complement factor B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.696, 97.656, 61.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.309, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	Complement factor B / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B 分子量: 32955.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MVW / 5,7-dimethyl-4-[[(2~{S})-2-phenylpiperidin-1-yl]methyl]-1~{H}-indole 分子量: 318.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₆N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1 MM ZNCL2, 1 mM inhibitor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→60.87 Å / Num. obs: 69872 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 13.55
反射シェル	解像度: 1.7→1.75 Å / R_merge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 3.86 / Num. unique obs: 5823 / R_rim(I) all: 0.356

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DLE

1dle

解像度: 1.7→53.813 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.696 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2383	3486	5.001 %
R_work	0.1975	-	-
all	0.199	-	-
obs	-	69712	99.289 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.015 Å²	0 Å²	-0.133 Å²
2-	-	0.022 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→53.813 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4447	0	75	343	4865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.67	1.657	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.513	5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.445	22.543	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.383	15	796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.025	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.108	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.598	2.583	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.706	3.852	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.812	3.022	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.567	4.357	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.104	36.087	7096
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	8648

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.351	257	0.304	4880	0.307	5147	0.676	0.71	99.8057	0.235
1.744-1.792	0.312	252	0.281	4784	0.283	5041	0.772	0.792	99.9008	0.217
1.792-1.844	0.26	244	0.256	4648	0.256	4899	0.864	0.864	99.8571	0.201
1.844-1.9	0.285	238	0.241	4526	0.244	4781	0.861	0.879	99.6444	0.19
1.9-1.963	0.279	230	0.247	4363	0.249	4623	0.874	0.892	99.3511	0.198
1.963-2.031	0.241	222	0.201	4214	0.203	4485	0.914	0.927	98.9075	0.172
2.031-2.108	0.262	214	0.199	4060	0.203	4297	0.902	0.921	99.4647	0.178
2.108-2.194	0.233	207	0.195	3937	0.197	4155	0.925	0.939	99.7353	0.18
2.194-2.291	0.261	197	0.219	3750	0.221	3994	0.914	0.929	98.8232	0.196
2.291-2.403	0.228	189	0.186	3583	0.188	3785	0.932	0.942	99.6565	0.181
2.403-2.533	0.232	179	0.182	3416	0.185	3617	0.932	0.946	99.3918	0.179
2.533-2.686	0.259	172	0.196	3250	0.199	3450	0.915	0.937	99.1884	0.198
2.686-2.871	0.264	160	0.199	3042	0.202	3248	0.909	0.931	98.5837	0.206
2.871-3.1	0.253	147	0.197	2804	0.2	2995	0.912	0.935	98.5309	0.213
3.1-3.395	0.205	138	0.19	2613	0.191	2775	0.939	0.945	99.1351	0.21
3.395-3.794	0.233	122	0.195	2332	0.197	2490	0.938	0.943	98.5542	0.217
3.794-4.377	0.19	110	0.159	2080	0.161	2223	0.955	0.964	98.5155	0.192
4.377-5.352	0.201	93	0.144	1768	0.147	1894	0.959	0.973	98.2577	0.181
5.352-7.532	0.206	73	0.191	1388	0.192	1472	0.949	0.956	99.2527	0.234
7.532-53.813	0.249	42	0.21	788	0.211	839	0.943	0.958	98.9273	0.265

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関連情報:EMDBヘッダ

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